南海水下考古队“06”号勘测船开赴南海东经120°北纬20°的海域，对一艘满载着元明时期瓷器的沉船进行最后的勘察定位。当晚，“06”号打捞船在目标海域被一艘不明国籍的货轮撞毁，12名船员中，只有王辞和彭湖两人在海上漂泊三天后获救。王辞、彭湖认为沉船背后有不可告人的阴谋，而这个阴谋很可能就跟那批沉睡在海底的宝藏有关！于是二人冒着生命危险开始了调查工作。他们急切地找到考察队队长徐福的家，因为只有他知道海底沉船的准确位置且沉船的那天晚上他却没有上船，泄密的最大嫌疑人就是徐福。当他们赶到徐福的家里时，看到的却是徐福的遗像和坟墓。线索断了，出师不利，但是他们决不能让一班共同战斗的战友们就这样冤沉海底！
王辞带着队友杨雄的遗物：一块潜水表去看杨雄的未婚妻萧娅。看到这块自己曾经送给杨雄的表，萧娅泪流满面，决意要参与王辞、彭湖的调查活动。彭湖回忆起“06”号出海那天，在码头听到徐福神神秘秘地在与一个叫“黄炳”的人通话，他们费尽周折找到黄炳的家，却发现黄炳刚刚被人杀害。一系列匪夷所思的事情开始接连发生：王辞家中出现恐怖分尸情景；三人不断被不明身份的人追杀；有人匿名给他们一张存有三十万元的银行卡；刚刚被害的黄炳的手机却莫名其妙地出现在王辞的口袋里。这一切究竟跟沉船事故有没有直接或间接的关系？如果是阴谋，那么幕后的人到底是谁？种种疑问反而坚定了他们将事件真相追查到底的决心。三人同心一起踏上了危机四伏的追凶之旅。
沉船事故死难者马文的父亲——玉城巅峰集团老总马怀山借一本名为《沉船》的小说来缅怀爱子，儿子的死给他带来沉重的打击，更让妻子刘文惠整日疯疯癫癫。马怀山决意用自己的方式对沉船事故进行调查。马怀山别有用心的把《沉船》这本小说交给了他的学生，优胜集团总裁尤利。尤利对自己曾经的老师，今日的商业对手——马怀山给他看这本小说的真实目的琢磨不透。这本看起来是虚构，但是又跟“06”号沉船事故情节惊人相似的小说，叙述的到底是真实还是谎言？这背后到底隐藏着什么秘密？心中有鬼的尤利决定派人查探小说作者谢云剑，希望能从小说作者那里得到答案。但作者谢云剑却像是人间蒸发了。
王辞等人从徐福的通话记录中查到事故发生之前，黄炳的外甥黑皮跟徐福有过密切的联系。而黑皮此时因吸毒被关在戒毒所里。事实上，徐福并没有死。他也在为死去的战友们实施着报仇的计划，只是他不能公开露面。此时的徐福经过精心的化装，也在追踪着黑皮。王辞等人找到黑皮的女朋友阿丽，在萧娅的劝导下，阿丽告诉了他们另一个与沉船事件有关的人张一凡。与此同时有人故意将《沉船》这部小说送到王辞等人面前，他们却无法看清送小说的人。他们发现小说中所用人名竟然全是“06”号打捞船上队员的真名，小说的情节也准确记录了“06”号沉没的全过程，逼真的描写就像是有人亲身经历了整个事故。三人难以置信。
彭湖跟踪张一凡，发现他每天准时在酒吧出现。萧娅打扮性感引诱好色的张一凡，却反被他锁在家中欲行不轨，王辞和彭湖赶到之时却见到昏迷不醒的萧娅和已经被人枪杀的张一凡。王辞和彭湖坚决反对萧娅再次冒险调查，萧娅却为了真相和死去的恋人，在两人面前发誓要找到凶手。面对这样的重情有义的女人，除了敬意之外，王辞不由的产生了怜爱之意，但她毕竟是死去战友的恋人呀。王辞下定决心，无论怎样也要找出真凶，为战友报仇，也为保护这个女人。徐福为接近黑皮，找到毒贩与其交易，如愿以偿地进入戒毒所，却发现有人已经潜入戒毒所试图谋杀黑皮。危机四伏的黑皮并没有意识到有人要将自己灭口，在徐福的相助下，黑皮多次死里逃生，黑皮对徐福钦佩至极，尊称他为“四爷”。
《沉船》连载小说再次更新出现。王辞等注意到小说中不仅有关于他们在海上艰难生还的描写，甚至对他们正在调查的事情也了如指掌，这让他们更加肯定小说的作者很有可能就是整个事件的知情者，甚至是事件的策划者。王辞和萧娅即刻赶往石城寻找小说的作者谢云剑，希望从他那里知道事件的真相，却意外发现被人跟踪。一系列的斗智斗勇的激烈交锋后，王辞擒住了神秘人物肖强。肖强自称是受人嘱托暗中保护他们，却绝口不提委托他的人是谁，这更让王辞等人陷入迷惑之中。为了查明这个委托肖强的人的身份，以及是谁给了他们《沉船》这本小说，他们加快了追查的脚步。他们设计放掉肖强，并暗中跟踪。
王辞与萧娅在黄炳的手机里找到黄炳妈妈的电话，二人来到黄炳家见到了黄炳的妈妈，但是黄炳的妈妈却对自己儿子的事情绝口不提，并恼怒地把王辞等人赶了出来。杀手石元在王辞家中杀害了被彭湖抓回的两个跟踪者，嫁祸于王辞、彭湖。警方遂将二人列为通缉对象。身为记者的萧娅想到利用新闻媒体的力量让公众与警方知道他们正在调查的只是沉船的真相，希望抓到制造事故的真凶。同时，公布此事又能震慑那些想伤害他们的人。萧娅连夜写出报道文章并发表在网上。但是萧娅发表在网络上的文章却因为各种势力的阻挠而不能在各大报纸发表。无奈之余，萧娅找到了电视台的摄影记者郭小军，希望可以通过他来帮助王辞和彭湖。
萧娅带着郭小军去见了正在竭力躲避警方追捕的王辞与彭湖，用摄象机拍下他们关于调查沉船事件的自述。整个过程中郭小军对他们经历的事情也流露出惊讶与感动。王辞等希望这卷录象带在电视台播出之后能引起更多人的关注，并借以洗脱他们杀人的罪名。从看守所出来的徐福和黑皮遇上了杀手石元，石元欲杀害黑皮未遂。徐福说服黑皮与他合作，希望引出杀手石元并借机除掉石元，以铲除王辞等人追凶过程中的一大障碍。但关键时刻，石元逃脱，留下了隐患。黑皮不放心女友阿丽遂带着徐福一起来到自己与阿丽的住所，却发现阿丽已惨遭杀害。
黑皮在阿丽死后极度悲伤，誓要找到凶手报仇，却差点葬身在早已埋伏在黑皮家周围的石元的枪下，幸得徐福的又一次相救而免予被杀。徐福耐心劝说黑皮去警局自首，提供线索给警方以帮助王辞等人。黑皮眼看阿丽被害自己被人追杀，答应徐福去自首，却在警察局门口被一辆卡车撞死，而肇事者却趁乱逃逸。萧娅发布在网上的文章被有关权力人士勒令撤下，电视台准备播出的带子也被临时取消。看来与沉船阴谋有关的这个人具有相当大的影响力，这个人会是谁？正在他们百思不解，一筹莫展的时候，萧娅意外的接到《沉船》作者谢云剑的电话。
谢云剑要求见见王辞与彭湖，萧娅安排他们在隐蔽的海滩边见面。从谢云剑处王辞等人肯定了那个一直在暗中提供消息帮助他们的人确实知道沉船背后的真相。但是当追问那个人是谁的时候，谢云剑却绝口不提，甚至流露出莫名的恐惧。同时，谢云剑还告诉他们泄露海底宝藏秘密的人竟然是马怀山的儿子，他们昔日的队友，已经葬身海底的马文！三人大为吃惊。根据谢云剑的提示，王辞等不但将尤利列为重点调查对象，更获知Y国走私头目阮佑龙与尤利来往频繁，有消息称阮佑龙的船曾经在南海海域撞沉过中国的一艘大船。彭湖不顾其他人的强烈反对，决定亲自去Y国，进入境外黑社会集团调查阮佑龙的底细。
