纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为庞大的人化生物暴躁激动却富有热情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默幽默的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），特性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的指点者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市仗势欺人的神圣使命他们神勇无比、所向匹敌，在屡次行侠仗义后，与城市里的一个微妙组织结怨。微妙组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的教员也被这个微妙组织抓去。
