高宗亲政3年，开化派和守旧派的对立愈演愈烈的朝鲜，支持高宗的开化政策的开化派书生们逐个倒在可疑枪手的新式枪下。官兵在书生玄岩集会人群的周围设伏，天上突降大雨，枪手的举动引起军官的注意，从高处射来的子弹命中演讲台上的玄岩。枪手正准备离开时被朴震汉发现，他身中一箭负伤逃走，草丛中枪手和朴震汉对峙，见大队官兵来时枪手逃走。松下、节甘、玄岩在一个月内都死于神秘枪手之下，高宗震怒，众官员被指责，高宗怀疑有幕后主使，书生乌镜和李南柱不知去向，高宗命朴震汉查找。官军四处搜索关于枪手的线索，都城里人心惶惶，左辅厅的捕校韩正勋在城中制止了一场骚乱。守旧派首脑金佑英劝众人不要着急，他有了另立新君的想法，只是重新驯服有些麻烦。朝鲜的火绳枪因射程太近不是新型枪的对手，枪手回到藏身地之后治疗伤口，他们接下来要对付朴震汉，然后杀死乌镜。朴震汉骑马回家，女儿荷莲出门相迎，神秘枪手偷袭未成逃走，朴震汉骑马追赶，枪手无路可逃，躲藏起来之后避开追捕，没想到被朴震汉的儿子朴允江堵住，双方交战，枪手仓促应战。枪手多伤没能命中朴允江，他趁机逃走时又被骑马的朴震汉带人拦戴，枪手很快消失在夜色之中，朴震汉命人包围一处宅院，进入搜查时才知道是商团接手家，主人命人打开所有房门和箱子让官兵检查，朴震汉怀疑枪手可能躲藏在宅子里，仔细搜查后一无所获，无奈只得离开。朴震汉看出枪手的目标是他，他命人对进出城的道路严加盘查。枪手被那处宅院的主人警告，等官兵走后他才离开。朴震汉感觉家中危险，朴允江不想离开，考虑到妹妹他才同意换地方住，他们一起来到译官郑怀令家中。郑怀令和朴震汉是生死之交，朴允江见到郑怀令之女郑秀仁时认出她就是之前撞上的书生，她曾女扮男装在街上和朴允江两次见面，朴允江被安排住下。朴允江来到别馆，他看到很多新奇的东西，对于之前的事情向郑秀仁表示歉意。荷莲担心父亲安危，朴允江过去安慰她。郑秀仁再次扮成书生出门，她要将那本书交给乌镜先生，多次寻找他都没来，但是得到消息说有人在泮村见过他，郑秀仁听完后匆忙赶过去。分集剧情网原创，郑秀仁看到乌镜后跟踪过去，乌镜发现被跟踪，两人见面后郑秀仁说明她的真实身份-玄岩的弟子，摘下帽子后取得乌镜的信任，她将那本书留在家中。乌镜要参加秘密集会，他让秀仁第二天去山沟村找他，两人就此别过。金佑英命人先不要对付朴震汉，直接去杀乌镜，然后找到玄岩死前写的那本书稿，而书稿他们还不知道藏处，玄岩只剩下郑秀仁一个弟子，郑秀仁要按师傅遗愿将书稿交给乌镜。朴允江看到郑秀仁穿着书生装扮出门，他想起当时街上的情形，于是快步追赶过去。朴震汉得知乌镜消息后士兵前往，乌镜身旁只有一名士兵保护，那名士兵被枪手杀害。朴允江拦住郑秀仁，还拨刀相向，郑秀仁从怀里掏出那把小手枪，朴允江要抓她归案，郑秀仁解释原因。枪手已将枪口对准乌镜，朴允江举刀向前时郑秀仁向空中放了一枪。
秀仁拿着枪也没有勇气按下扳机，允江也就是因为这点断定她并不是暗杀者。朴震汗抓获了暗杀凶手，但在即将审问出幕后主使者的时候，犯人突然中毒暴毙，最后一刻也只说出其背后有更厉害的枪手，而没有说出姓名。朴震汗因此成了保守派的眼中钉，陷于危险之境遇。玝璟先生给秀仁送来密信，因为要马上离开朝鲜，约定在麻浦渡口转交玄岩先生的书，允江要与她同去。允江无意透露玝璟先生的下落，却遭来保守派的追杀。玝璟先生遭暗杀，允江急忙带着秀仁逃命。二人夜宿荒山，却意外遇到了黑衣人，虽然秀仁交出玄岩先生的书，但杀手依然举起了枪。
允江秀仁遇到危难之际，父亲及时出现救下了他们，可父亲却为了追捕逃犯，跳下了悬崖。在追捕嫌犯的时候，朴震汉手臂受伤。朴震汉认出了秀仁，警告她和允江不要再参与这件事了，非常危险。玄岩先生的书被保守派首领得到，并被烧毁。秀仁回到家里总是忍不住回想起跟允江在一起的点点滴滴，为了报答允江的救命之恩，秀仁邀请他一起看烟火。允江秀仁一行人到山间放烟火，莲荷却意外被黑衣人拐走，只留下允江送给她的猫头鹰。朴震汗收到威胁信后震怒，把允江投入了大牢，孤身一人前往救其女。允江哀求其父手下放他出去帮助父亲，被释放后速前往华开山。枪手狡诈多疑，临时更改会面地点，父子二人只能孤军奋战，经过重重艰险，终于救出莲荷。
朴震汉与允江一起营救莲荷，虽然成功救下莲荷，但是朴震汗没有放弃，依然执着追杀枪手。允江想要与朴震汉同去，但被拒绝，允江被打晕，朴震汉一人去追赶枪手。朴震汉终不敌枪手，被杀死，允江赶到痛苦欲绝。朴震汉被保守派栽赃，被参有谋反之心，允江与父亲被判谋逆罪，莲荷被抓到义禁府为奴。官兵来家里抓人，好在当时允江外出，免于一难，但莲荷被抓走。在秀仁的帮助下，允江登上了前往忠州的小船，不料枪手再次出现，允江中弹沉入江中。秀仁目睹这一幕，但无能为 力。后来允江被几个人救起，而正是秀仁的小指南针救了允江一命，挡住了子弹。三年后允江作为左右日本关西地方商业圈山本的得力手下——长谷川半藏，再度回到朝鲜，掀起一场腥风血雨。
允江以日商身份归国，在码头用枪解决了混乱。崔元臣邀请他成为贸易伙伴，却被允江给了一个下马威。秀仁去黑市买照相机，却遭到捕校追捕，并在逃跑途中撞到允江，不慎将照相机遗落，归家后以寻找照相机的名义四处打听允江的下落。夜里，允江化身黑衣神枪手突袭知情人孙泽寿家中，并定下十五日之约，希望为父报仇。秀仁找到允江住处希望取回照相机却遭允江避而不见。崔元臣再次找到允江，并终于开始洽谈合作。惠媛以找回照相机为交换，请秀仁当火药技师救急，在合作的商谈处，秀仁与允江终于再次相见。
秀仁与允江在崔元臣面前相见，允江拒不承认自己的身份。秀仁为求证自己的猜想自荐当向导带允江逛街，途中各种试探，最终惹怒允江。原来允江在三年前获救时就下定决心做一个没有历史的新人，因此无法与他人相认才能更好进行复仇大计。杀害朴父的人在被允江追杀的途中自杀，高宗为了进行开化改革秘密召集文士，秀仁的父亲成为改革派的眼中钉。惠媛带允江出行，途中遇到刺客，允江将惠媛救下，惠媛对允江另眼相看。秀仁得知失踪的莲荷的下落并告知允江，允江虽不承认身份，但连夜前去救援，就在此时被埋伏在莲荷处的崔元臣堵个正着。
允江被包围后，最终巧妙逃脱。允江逃跑过程中遇到秀仁，镐京误以为他是绑架的坏人。虽有人一直监视，但允江始终保持伪装，让人找不出破绽。允江回忆起当年在日本接头惨遭毒打，奋力挣扎战胜所有人才有如今的身份。允江深夜拜访正勋，正勋十分惊讶允江的归来，并以儿时的往事来询问他。允江之妹荷莲在都接长家当奴婢，都接长让莲荷送茶来试探允江，莲荷一见允江便一把抱住哥哥哭泣起来。
允江为不被识破狠心一把将莲荷扇倒在地，莲荷却向都接长表示此人就是哥哥允江。秀仁向允江申请去做明天的火药实验。允江黑夜变身黑衣人神枪手，前往都接长家中想要救出莲荷，与敌人展开一场恶战。允江被人包围后劫持住慧媛成功脱身。火药实验时秀仁险被炸伤，多亏允江出手相救。看着莲荷被当做礼物带走，允江心痛不已。其实这都是引诱允江出现的陷阱。秀仁用望远镜观察火药制作，被允江发现。晚上大人准备对莲荷不轨，允江点火后趁乱杀掉大人，与莲荷相认。
允江杀死宋大人后和莲荷相认，不料却被人发现遭到枪击围堵，允江骑上快马带妹妹冲出重围。允江将妹妹暂时安置在寺院，向她保证时机成熟会接她出来。允江刚回到家被找上门来的崔大人撞上，崔大人向他询问起宋大人被杀的事。皇帝得知宋大人被杀的事下令要调查清楚。秀仁向父亲说出自己想学习火药的想法，得到父亲的支持。秀仁找到允江，允江帮她争取到学习火药的机会。慧媛从秀仁那里听说莲荷被枪手带走的消息。慧媛将莲荷被抓走的消息告诉了允江，允江装作毫不在意，慧媛却表示自己有同样经历，因此特别同情她。允江告诉都接长那天晚上不只一个枪手，而且怀疑是接长的人干的。在他俩谈话的时候，都接长安排手下准备射杀允江，却因为手下报告枪手出现而打乱计划。其实这都是允江的安排。秀仁得知三藏正是允江，可是这时禁义府的人闯入将秀仁抓走。
秀仁被怀疑与曹大人的案子有关被禁义府抓走。秀仁为保护允江说是自己拿走火药与允江无关，遭受酷刑也没有说出允江。于是大人们便问她是否将火药交给了父亲，秀仁坚称父亲与此事无关，但是郑大人还是被带走。允江和慧媛、都接长一同来到禁义府。允江为救秀仁，说是自己使用的火药，与秀仁无关。允江让秀仁说是自己指示她的，但是秀仁一直坚称是自己拿走的，允江被人拖走，秀仁继续遭受酷刑。左相对郑大人用刑，强迫秀仁承认受父亲指示，但是被金镐京阻止。晚上允江穿上夜行衣准备去救秀仁被劝阻。在镐京的帮助下，允江来到狱中见到秀仁，两人互诉衷肠，洒泪分别。第二天，郑大人求他们放过女儿，自己愿意招认。这时皇上赶到，传上允江与左相对峙，并训斥左相为扳倒开化派实施酷刑。郑大人释放后感谢允江救命之情。金左英交代都接长处理掉郑大人。遭受金大人侮辱的都接长十分愤恨，决定和日本人合作。慧媛去看望秀仁，正好遇到允江。都接长来给要你讲赔礼道歉，被慧媛看到。允江再次见秀仁，秀仁告诉他知道允江还活着的事就让她十分欣慰。
