距离“血色星期一”恐怖事件之后两年，又一个电话再次震惊了整个日本，电话内容是“明晚八点，东京会有核弹爆炸。”打电话的是折原玛雅，她与两年前的恐怖事件有关，接电话的是现任内阁总理大臣九条彰彦。接到玛雅的电话之后，九条马上联络了警方秘密组织THIRD-i的成员，但是雾岛悟郎却没有出现，担任指挥的是新加入的成员萩原太朗。另一方面，自那个恐怖事件之后，因为失去很多朋友无法从打击中站起来的高木藤丸一直低调生活，再不愿抛头露面，可是他打工的地方却突然遭到一个神秘女杀手袭击，因此事态一转，藤丸和一起打工的水泽响一起逃跑了。而在九条音弥和朝田葵面前，音弥的祖父九条彰彦突然被神秘人袭击。追查恐怖事件的THIRD-i终于查明了装有核弹的飞机，然而飞机上坐着的却是两年前恐怖事件的首领J，真正装有核弹的飞机已经到达东京上空，毁灭东京的核弹爆炸倒计时开始了，秋原立刻下令召唤猎鹰高木藤丸。
尽管藤丸阻止了利用核弹爆炸毁掉东京的恐怖活动，但是当他看到被作为人质的葵死后的怪异模样，心里受到很大冲击。就在这时，折原玛雅突然来到藤丸面前，藤丸坚信葵的死一定是玛雅从中联络的，于是把所有的愤怒都发泄到她身上。与此同时，恐怖主义者的魔爪正悄悄伸向音弥和遥，藤丸很快就注意到了他们的奇怪变化。另一方面，THIRD-i注意到，一连串的恐怖事件都是名为“魔弹之射手”的恐怖组织犯下的罪行，而且在这个集团中，还有一个在黑客方面与藤丸不相上下的人物，他的名字是“Hornet”。这个恐怖组织的目的是“日本再启动计划”，而且他们还与J有关系，THIRD-i为了调查此事询问J，而J表示可以说出整个恐怖计划的内容，但是他也向雾岛提出条件，就是与藤丸见面。
为了了解恐怖计划日本再启动的内容，THIRD-i找到了J调查此事，而J提出的条件是与藤丸见面，警方答应了他的要求。终于得以与藤丸会面的J找到瞬间空隙想要袭击他，但J的枪口瞄准的却不是藤丸，而是自己的口中。THIRD-i 给“魔弹之射手”使用了神奇的神经雾气，得知了恐怖组织的全貌，然而他们还是已经晚了一步，雾气供给网被Hornet给夺走了，THIRD-i的局长苑麻认为应该马上阻止Hornet的行为，决定再次找藤丸来帮忙。另一方面，自从音弥被玛雅带走之后，藤丸就一直拼命追查他的下落，就在这时，音弥被玛雅带到了某宾馆的一个房间，见到了一个他无论如何也想不到的人，同时也知道了令人震惊的事实，这一切让音弥难以掩饰心中的动摇。
藤丸顺利制止了Hornet组织的壮烈战斗计划，也成功控制了利用网络犯罪的魔弹之射手，但令人意想不到的是，藤丸又遭遇了新敌人的攻击，而且这个人竟然还是和他一起打工的同事响。对于没有预料到的朋友的背叛，藤丸无法掩饰内心的动摇，就在藤丸遇到危机这时，本来早已失踪的音弥突然出现了，事情朝着更加让人想象不到的方向发展。为了追查逃走的响究竟在何方，藤丸开始了黑客行动，陪在他身边的音弥接到了玛雅的一封手机邮件，对方请求帮忙调查一个叫永田三郎的人物，他曾要求释放魔弹之射手。音弥马上拜托藤丸帮忙调查永田三郎的下落，可是藤丸却觉得音弥有些不对劲，心里开始有疑问。另一方面，玛雅接受九条的命令，正在秘密调查永田和“第三个皇帝”之间的关系，她和藤丸、音弥合作调查，终于查到了“第三个皇帝”的住处，但是他们三个人并不知道在那里等待他们的究竟是什么。
为了阻止魔弹之射手制定的日本再启动计划，折原玛雅不惜牺牲了自己的生命，临死之前，玛雅说出了一个很大的秘密，她把“第三个皇帝”的真实身份告诉了藤丸和音弥，它就是破坏力最强、最恶毒的氢弹，通称“沙皇炸弹”，一旦这颗炸弹在东京引爆，那么后果实在不堪设想。藤丸和音弥很清楚，他们无论如何也要调查出结果，不仅仅为了死去的玛雅，也为了拯救很多人的生命。经过调查他们发现，一个叫做“教授”的男人掌握了“沙皇炸弹”，以及联络魔弹之射手的关键钥匙，他们按照玛雅留下的线索来到横滨一家店，向一位看起来像店主的男人请教，问他是否认识一个叫教授的人。一番调查询问之后，藤丸和音弥终于来到了教授的住处，他们利用教授家的电脑终于查出了“沙皇炸弹”的所在位置，藤丸马上联络加纳，告知他所查到的结果，于是THIRD-i的成员们火速赶往现场，确认集装箱中的东西究竟是不是“沙皇炸弹”。
中了藤丸设置的圈套的间谍，其实就是THIRD-i的情报分析官泽北，他在被雾岛等人逮捕之后坦白说自己也是不得己，因为他的儿子陵太被魔弹之射手抓去做人质，因此他不得不帮对方做事。听了这冲击性的事实，在场的所有人都哑口无言，只有藤丸在操作电脑，他找到一个“动画网站”，这个网站播放的是陵太正在无忧无虑玩耍的录像，但是配合他的动作，一只来福枪正装置在一旁，一旦点击数量超过一定数额，这个装置就能让来福枪射击。另一方面，独自一人寻找教授的线索的音弥接到响的电话，响告诉他，教授想要见见音弥，希望他一个人去，音弥马上就下定了决心。设置来福枪瞄准陵太的那个网站，有很多感兴趣的人不断点击访问，时间一分一秒过去，越来越接近限制时间，藤丸终于无法忍受怒气爆发了，他决定要再次抓住“Hornet”。
“魔弹之射手”竟然抓了THIRD-i情报分析官泽北的儿子陵太做人质，借此要挟泽北做内奸为他提供情报，而且他还拿陵太在网上玩“杀人游戏”，藤丸对他没人性的做法十分愤怒，经过努力搜索，他终于找到了藏人质的地点，成功地安全救出了陵太。不过和陵太被一起救出的少年却让藤丸觉得有些不对劲，藤丸和秋原决定让两位少年单独谈话，试着寻找线索，结果新的事实让藤丸大吃一惊，原来这名少年就是他费劲千辛万苦要寻找的“Hornet”。藤丸调查Hornet的笔记本电脑后掌握了一定证据，而这些事实让Hornet有些动摇。另一方面，音弥赶到教授和响等他的地方，没想到等待他们的却是“魔弹之射手”的狙击，而且他还负了伤。被音弥拼命救下来的教授在事后说出了“日本再启动计划”的全部内容，另外，突然倒下的J竟然一直没能恢复意识。
THIRD-i终于找到Hornet，而且藤丸的一些证据让他内心动摇，最终他说出了真正的幕后黑手，操纵一切的人其实就是蜘蛛，面对这个夺走了葵的生命，不知多少次把自己逼到穷途末路的蜘蛛，藤丸难掩心中的愤恨之情。这次魔弹之射手又从电视台的播出系统上下手，促使年轻人联合起来对九条总理进行体制批判，这样他也终于启动了“日本再启动计划”，让日本政府为恐怖核弹头疼，而且蜘蛛还侵入了THIRD-i的主系统，直接攻击THIRD-i本部。就在此时，和响一起离开THIRD-i的藤丸竟然接到了蜘蛛的来电，对方充满挑衅意味地告诉藤丸和他一起玩，藤丸怎么可能接受这样的对待，他立刻开始侦查蜘蛛的所在地，最终锁定了敌人蜘蛛电脑终端的所在位置，但是此时对方早已打开了荣誉之门。藤丸从监控录像上看到了南海，南海也打算潜入调查，没想到差点被仓野医生杀死，原来她就是蜘蛛，可是当藤丸赶到时，仓野却指证南海才是蜘蛛，还请求藤丸救自己。
蜘蛛的身份终于得到证实，仓野医生才是蜘蛛，当她拿着手枪指向藤丸，再一次说出“我们一起玩”这句话时，藤丸不禁愕然，而且对方还说一直都在看着他，让藤丸觉得很不舒服，当蜘蛛离开现场之后，南海为了让藤丸不要管自己，抓紧时间去阻止核弹爆炸，抓住蜘蛛，不惜拿枪指着自己的脑袋。对于自己和蜘蛛到底是什么关系，藤丸怎么也回想不起来，只觉得特别苦恼，但是他知道了蜘蛛的真正目的是使用设备的告诉增殖炉让核弹爆炸，藤丸想解开密码阻止程序，但是他做不到，所以他准备直接去追蜘蛛，加纳、雾岛等THIRD-i的成员随后也陆续赶去了。就在此时，秋原终于查到了蜘蛛的过去，并且把这个事实通知给藤丸，得知自己和蜘蛛的关系之后，藤丸简直无法相信这是事实，不过他最终还是下定决心来到蜘蛛等他的房间里。关系到日本命运的一战终于来了，藤丸要去改变自己和国家的命运。
