日本年表寿永三年（公元1184年）二月七日，在播磨一之谷，日本一代传奇人物源义经站立一处悬崖峭壁之上，他率领的大军成功围困住了平家军。率领平家军的，是平家大将平宗盛、其弟平知盛和平重衡。看着眼前黑压压的敌人，义经不禁感慨万千，小时候，义经和宗盛也是如同亲兄弟的好朋友啊。时间退回到25年前，在平治之乱中，源家军被平家大败，源义朝的爱妻常盘，抱着尚在襁褓中的儿子牛若丸趁大雪逃亡。另一方面，源家长子赖朝被平家俘虏。平清盛的继母池禅尼为其求情。
在危险中救了平清盛的命， 和母亲常盘一起住在京都的小牛若丸，根本应该是敌人的平家的孩子们，一起度过了一段如同兄弟般的美好少年时光。结果被平重盛看到了，向清盛进言，认为牛若丸毕竟是源家的余孽，不应该如此善待反而应该杀了他。另外，清盛的妻子时子则非常讨厌常盘。有一天，清盛故意在常盘面前描述自己的梦，并暗示牛若丸会打破一切，创造新的国家。时子对丈夫和常盘的关系非常烦恼，把自己的想法传达给了清盛。于是清盛决定做主把常盘嫁给一条成长。此时常盘恳求清盛，答应让她和儿子牛若丸搬出平家，拗不过常盘的再三恳求，清盛终于同意，并允许常盘带上牛若丸。于是常盘母子搬到了一条成长家。
从此被勒令禁止出入平家的牛若丸，再也不能和平家的孩子们一起玩耍了，于是他每天和当地的孤儿们一起玩耍。眼看日渐成长的牛若丸，平重盛深恐牛若丸将来集结源氏一族来声讨平家，于是再次向平家掌大权的平清盛进言要求惩治牛若丸。终于答应的平清盛向常盘表示，如果不答应让牛若丸出家，那就把他送到遥远的西方国度去。无可奈何的常盘把牛若丸送进了鞍马寺，不过她告诉小牛若丸，他现在的遭遇都是因为平清盛的指示。于是牛若丸打算带着母亲一起逃走，却被发现不得不返回寺院。不久牛若丸得遇觉日律师和阴阳师鬼一法眼，学到了高强的武功。觉日律师发现牛若丸将来绝非池中之物，于是为他命名“遮那王”。某天一个名叫新宫十郎义盛的男子造访牛若丸，并告诉牛若丸他其实是源义朝的儿子，而看起来对牛若丸非常温柔亲切的平家人其实是迫害他父亲的元凶，牛若丸视如父亲的平清盛更是罪魁祸首，第一次知道真相，让牛若丸陷入了烦恼之中。
已经长大的遮那王，现在知道自己敬爱如亲生父亲的平清盛实际上是自己家族的仇敌，而母亲常盘竟然成了他的爱妾，这让遮那王非常难过。有一天阿茜告诉遮那王，平清盛病了，但此时遮那王已经知道清盛是自己的仇敌，非常恨清盛，并深信自己会成为光复源家的人，可以为家族报仇雪恨，于是他听从新宫十郎义盛的话，前往洛中。途中从一个邪恶的僧人手中救出一个名叫空惠的少女。回到鞍马寺之后，遮那王开始向鬼一法眼学习用兵的兵法。此时有一些寺院僧人集结起来反抗平家的统治，被平家军以武力镇压。带头的僧人弁庆被以祸首问罪流放山野。因此对平家起了深刻仇恨，于是经常趁夜到平家府宅捣乱，并抢走了他们引以为傲的大刀。
装扮成少女的遮那王在返回鞍马寺的途中经过五条大桥，在桥上遇到了手持大刀的凶和尚弁庆。弁庆误以为遮那王是平家的人，并看出他是个男子而非少女，于是展开攻击。原本一直避让的遮那王，发现弁庆攻击自己的时候，让母亲常盘给的，对他而言最重要的短笛掉进了河里，于是愤怒的遮那王开始反击，并最终击败并打伤了弁庆。有一天曾被遮那王相救的少女空惠来访，此时的空惠已经成长为一名妙龄少女，并由于受过不少苦变得非常坚强，她这种样子给遮那王留下了深刻的印象。陪空惠在寺中玩过之后，遮那王送她回家，途中遇到一群正在逞凶的凶徒，于是遮那王把他们打跑并展开了追击，结果撞上时子的牛车车阵，和负责护卫的武士起了冲突。此时方得知“遮那王”之名的时子，尚是首次看到长大成人的“牛若丸”，让本来就对源氏余孽心有余悸的她心惊胆战。
平家开始对遮那王加强戒备和监视，此时遮那王受到空惠的哥哥及其手下喜三太的袭击，结果遮那王擒下了喜三太，从他口中得知平家想杀了自己。几天后，觉日律师告诉遮那王，平家在对自己施压，要让遮那王尽快正式出家。而遮那王对平清盛仍然怀有深刻的仇恨，于是拜访阿德，要求再见清盛一次。不过关心遮那王的小商人吉次却劝遮那王，赶快离开京都逃往奥州平泉，同时，遮那王于此时才知道自己有个叫源赖朝的哥哥。另一方面，人在伊豆的原赖朝每天都在关注京都方面的动向，某次偶然遇到了狩猎途中的北条政子，结果因赖朝阻碍道路愤怒不已。回家之后，政子要求其父北条时政杀了赖朝。
某天遮那王上街，看到了平清盛一行人。空惠和五足告诉遮那王，清盛要去遮那王小时候清盛说的“梦之都”福原。想亲眼看看福原美丽大海的遮那王，于是向商人吉次求助。在伊豆，北条政子每天对源赖朝念念不忘，察觉到女儿心事的北条时政于是去拜访赖朝，并表示愿意把宝贝女儿嫁给赖朝。终于有机会来到福原，第一次亲眼看到美丽的蓝色大海的遮那王雀跃不已。同一时间，清盛在福原接待了后白河法皇，并约定把女儿德子送入宫嫁给天皇。不过爬升太快的平家，却让周围的人非常不满。另一方面，来到福原的遮那王终于醒悟自己视同亲生父亲的清盛，和自己之间越来越大的嫌隙，于是他终于下定决心，离开京都！遮那王决定前往奥州平泉，此时弁庆来找遮那王，并表示愿意一生跟随其左右。
决定动身前往奥州的遮那王，把自己的决定告诉了吉次，并开始做准备。此时由于平清盛打算把女儿德子送入宫为妃，平家和摄关家由此开始不断发生各种冲突。清盛为此决定低头平稳解决此事，然而其子重盛却认为没有必要而大加反对，态度非常强硬，让清盛有些不安，另外德子拒绝入宫也让清盛头疼不已。此时有传闻身在伊豆的源赖朝和北条政子关系亲密，再一次感到源氏一族对自家威胁的平宗盛向清盛提出：“应该让遮那王立刻出家，否则我们所有人都得死！”从母亲常盘口中得知平家不断施压要自己出家，更坚定了遮那王尽快离开此地的决心。此时阿德查觉遮那王对清盛复杂的感情，于是安排他们见面，虽然见面的时间很短，却让遮那王决定立刻离开。
终于秘密动身离开鞍马山的遮那王，和自动请愿的吉次以及喜三太一起，向着奥州出发。得知遮那王离开鞍马寺的平家，在各地下达了通缉令。为了躲避各路人马的追击，遮那王一行人假扮成商旅分开前行。途中遭遇山贼，幸亏空惠和弁庆出现，转危为安。遮那王烦恼着应该如何处置被俘的山贼，最终决定不给予惩罚而释放了他们。结果山贼们认为遮那王是源氏一族的第一把交椅。来到尾张的遮那王一行人和吉次等人会合。得知自己父亲当年是在此地去世的遮那王，决定在这里行元服礼，从此遮那王改名“源九郎义经”，日本历史上著名的源义经由此诞生。为了躲避平家的追兵，义经决定走水路前往其兄赖朝所在的伊豆。另一方面，政子告诉父亲时政，自己决定嫁给源赖朝。
义经一行人终于平安到达奥州平泉，藤原秀衡当晚就为他们举办了洗尘宴，义经醉倒在酒席上就这么睡着了。看到他这种样子的秀衡的儿子忍不住对父亲埋怨数落义经。但秀衡认定义经将来绝非池中之物，于是命令家臣佐藤继信，以充当双方之间的信使为名监视义经等人。这让弁庆非常生气，向义经表示秀衡的做法太过分了。此时义经去了奥州的消息也传到了京都，知悉此事的平清盛担心自己的实力不足以抗衡秀衡，于是告知其子重盛，现在进入了慎重对待义经问题的严峻时期。不过第二年，清盛的女儿德子终于入宫成为天皇的中宫，平家的势力一时无两。而此时的义经已经下定决心和平家对抗，并在秀衡面前展示了自己非凡的气势和决心，于是秀衡决定今后用自己的财力和势力支持义经。
