伟大小镇，生活在五口之家的普通小先生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着牵肠挂肚的生活这一日，她们偶然发现一只相似水貂的植物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）受伤的尤诺失掉奈叶等人的救助，谁知接上去小镇便延续出现各种怪物。在尤诺的协助下，奈叶运用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。尔后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，微妙魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
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