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四年前，昴与奈叶初次相遇。自从昴被奈叶成功救出后，一直憧憬着奈叶。四年后，在相同地点，昴与搭档蒂安娜一起参加了陆战魔导师B级升级考试，昴和蒂安娜在参加考试时很快地消灭了许多障碍，她们的配合也赢得了菲特和疾风的好评。虽然蒂安娜为了救昴而不小心因意外扭伤了脚，但是对昴来说非常为难。快要放弃考试的蒂安娜最终相信了昴，最后两人成功地通过了让半数以上的考生不能通过的难关。考试过后昴和奈叶终于在四年后重逢。
四年前，菲特曾经和银河初次相遇，原来昴和银河是一对姐妹，也是中岛三佐的女儿。火灾被扑灭后的第二天，疾风考虑到地面总局在火灾现场的实际行动问题，想要组建的想法，最终受到了奈叶和菲特的支持。四年后，疾风邀请昴·中岛和蒂安娜·兰斯特作为陆战魔导师担任机动六科先锋。机动六科的另外两个先锋候选人一个叫艾力奥·曼迪尔，另一个叫凯珞·露·露茜，他们俩初次相遇，而且凯珞有一只小龙叫弗里德里希。
机动六科成立，奈叶和菲特派驻机动六科，并与格利斐斯重逢。菲特和希格诺也在机动六科重逢。疾风和菲特前去首都“库拉纳冈”的中央管理局并说明机动六科设立的原因。机动六科先锋们已经互相认识，奈叶就对他们进行训练，而且他们首次接触“拓发者”的模拟战训练。但由于“拓发者”本身有一种叫“AMF”的特性，先锋们陷入苦战。在奈叶的提示下先锋们很快地战胜了具有“AMF”特性的8台“拓发者”。
先锋们转入机动六科已经有两周时间，目前为止还没有接受过紧急出动的命令，而且还要经常训练。先锋们在疲倦的情况下，与奈叶进行回避射击训练。训练之后，菲特和疾风在同一辆车里从她们经过，菲特要去6号传送点去，疾风要和卡莉姆会谈。卡莉姆已查到一些情报，猜测出“拓发者”在今天或明天活动。先锋们洗完澡后，都得到了新的魔导器。然后，来自教会的警报响起，艾里莫山岳丘陵地区的运输列车出现“拓发者”和“圣遗晶石”的反应，先锋们因应急情况被迫出动。
拓发者航空型出现。菲特到达停车场后，飞速赶往现场，与同时出击的奈叶会合，并一同掩护空中的拓发者。先锋们全部出击，执行武力回收“圣遗晶石”任务，并与拓发者发生激战。艾力奥和凯珞与新型机拓发者发生激战。最后，凯珞用自己的稀有魔法成功召唤出弗里德里希的真正形态，并将自己的魔法支援到艾力奥身上，成功打败敌人。同时完成了“圣遗晶石”回收任务。
自从先锋们首次执行任务以来，仍然继续训练，而且维塔与菲特也都参与了教导任务，帮助先锋们训练。疾风前往108部队向中岛三佐委托调查“圣遗晶石”的走私途径，而且银河被任命为副官，菲特也在六科担任调查主任。为感谢银河的协助，六科还向她赠送一个魔导器为谢礼。菲特和莎莉在对一个新型机拓发者残骸进行研究，发现了“圣石之种”和“杰尔·斯卡利艾迪”的名字。
“圣遗晶石”的走私途径可能发生在阿哥斯塔宾馆中。因此，机动六科全员执行阿哥斯塔宾馆的警卫任务。奈叶、菲特、疾风三人化装成普通小姐，并执行内部警卫任务。扎斯特和璐缇希雅得知拓发者在附近活动，斯卡利艾迪想委托璐缇希娅趁着交战的时候，盗取古董作为实验素材。与拓发者发生激战的守护骑士们，退到防线守卫。而拓发者又被璐缇希娅传送到守卫防线的先锋们面前发生激战。蒂安娜过于冒险射击，误射到昴。
尤诺刚刚和艾克斯督察官一起同行参观拍卖会，碰巧与奈叶、菲特相遇。疾风也得知了艾克斯督察官和尤诺是朋友的关系。蒂安娜的情况有很多人非常了解，很理解她所犯下来的过错。所以蒂安娜因此就不断训练自己，就连昴也陪她一起训练。在第二天的2对1模拟战训练时，蒂安娜公然连同昴一起违反奈叶的教诲，被奈叶击昏过去。
东部海域上空出现航空型拓发者，那其实是斯卡利艾迪对拓发者进行实验运作。作为诱饵已被六科的队长们识破，奈叶、菲特、维塔三人前去出击。先锋们留在队舍里待命，由希格诺负责待命指挥。与奈叶发生激烈矛盾的蒂安娜从莎莉那里听说了奈叶的过去一身的“圣石之种事件”“暗之书事件”以及不明敌人袭击事件。蒂安娜在奈叶一番话后，又让她看清了自己未来的发展的正确方向，也对自己蛮干行为感到非常伤心。
机动六科先锋们已经完成第二阶段的训练，已经达到合格标准。下午先锋们放假。维塔和希格诺前去108部队和教会总部，对中岛三佐要建立协同调查总部进行商讨。维塔则对108部队的魔导师提供战技教导，而希格诺却成了菲特的副官。银河对一辆翻到事故的货车进行调查取证，并发现了拓发者残骸和生体容器。艾力奥和凯珞在第三区划发现了一名昏迷中的小女孩和一个圣遗晶石的箱体，并通告全课。
