1937年，十二月六日，阴霾笼罩整座南京城，日军对南京城进行惨无人道的屠杀，一群女子发出尖叫声争先恐后逃进一座教堂中。时间回到第七天，玉墨与孟司长在餐厅吃饭，孟司长已经买好了票准备带玉墨走，玉墨没有立即同意跟随孟司长离开南京，两人坐在餐厅谈话之时日军开始轰炸南京。洋人神父焦急不安来到教堂门口向阿顾打探神父法比的去向，法比正在进入南京城的道路上，由于汽车抛锚无法行驶，法比焦急不安在路上四处寻找可以帮推车的人，百姓们顾着逃命没有心思帮法比推车，法比只得将希望寄托在军官戴涛身上，戴涛顾着执行任务没有心思理睬法比，法比陪起笑脸跟戴涛打招呼，戴涛不堪烦恼掏出手枪对准法比的脑袋，法比面对黑洞洞的枪口不敢再说话，戴涛警告法比不要再烦他，否则他就一枪打死法比，法比不敢再惹戴涛生气，戴涛收回手枪继续执行任务，法比见戴涛扔下一车食物离去，喜出望外爬到装着食物的汽车上开车向南京城赶去。好不容易进入南京城，汽车忽然出现故障无法前进，法比叫苦不迭遇到了孟司长，孟司长下车帮助法比检查汽车故障，几个战士想侵占法比的汽车，孟司长掏出工作证件吓退了几个战士。几个身份不明的男人闯入教堂直呼法比的名字，洋人神父见几个男人来到教堂中，脸上升起狐疑盘问男人们找法比有什么事情，其中一个带头的男人向洋人神父透露法比欠了一笔债务，说话间男人掏出法比借高利贷的欠条递给洋人神父看，一个女学生走了过来替洋人神父念读内容，洋人神父听完女学生念读的内容赶紧让阿顾唤来乔治跟几个男人交涉。几个要债的男人见法比不在教堂里面，几人对教堂中的一些物品产生贪念，乔治来到教堂大厅阻拦几个男人拿取教堂中的物品，几个男人被乔治吓住只得离开教堂。洋人神父见几个男人被吓退，如释重负继续教女学生们唱歌曲。法比一边开车一边提醒行人让路，为了让行人顺利让路，法比高声透露车上装着一车炸弹，行人吓得纷纷避让，法比开着汽车来到一家面包店停下，面包店的主人已经不知去向，法比本来打算用车上的土豆换面包，由于店主不在，法比只得进入面包店寻找食物。孟书娟与同学们在图书馆找书，一个女同学故意提醒阵孟书娟应该跟父亲逃出南京，孟书娟知道女同学是在嘲讽她，勃然大怒与同学发生争吵。玉墨来到藏玉楼收拾行李准备搬走，两个女伴依依不舍看着玉墨离去。南京城即将沦陷，孟司长在总部焚烧转移一批文件，傍晚下班回到家中，孟司长与母亲谈起南京局势。
孟繁明下班回到家中，孟奶奶已经知道孟繁明与妓女玉墨关系亲密，孟繁明面对母亲一副理直气壮的模样，孟奶奶劝说孟繁明不要再跟玉墨来往，母子二人因为玉墨大吵一场。玉墨离开藏玉楼来到一幢房子里面被一个士兵缠住不放，士兵强行带着玉墨一起跳舞，玉墨挣脱士兵的手离开楼房，士兵不依不挠从后面追上来拉住玉墨，玉墨一边挣扎一边叫喊，站在不远处排兵布阵准备跟日军做战的戴涛见有士兵为难百姓，赶紧上前喝止士兵的行为，士兵与戴涛虽然都是国军都不在一个师部，戴涛在士兵面前提起曾经跟日本人战斗阵亡的一些部队番号，士兵良心发现意识到国难当头应该跟日本人作战，戴涛见士兵已经恢复理智，赶紧吩咐手下人脱下军装送给士兵，士兵没有接受戴涛的好意，而是做好出城跟日军做战的准备，站在一边的玉墨见士兵准备上阵杀敌，心中升起感动叮嘱士兵打完仗回来一起跳舞，士兵面色难堪看着玉墨，透露自己其实根本不会跳舞，说完话士兵拔腿就走，玉墨留下眼泪担心士兵一去不归。法比开着汽车回到教堂外面，乔治来到教堂外面一脸惊讶看着法比开回来的汽车，汽车属于军车仅限军人使用，乔治担心法比开回军车惹上麻烦。入夜，法比躺在教堂大厅的一张长椅上睡觉，在睡觉过程中法比梦到日军残酷杀害中国人的情景，梦中的情景非常血腥以至于法比发出连声惊叫，梦醒过后法比离开教堂大厅来到屋外，孟书娟独自一人坐在屋外如同女鬼差点没把法比吓瘫，法比定睛一看认出孟书娟如释重负松了口气。南京城即将被日军攻战，南京百姓们如同潮水一般涌向国际救援队划分好的安全区，一些心地善良的洋人在安全圈照顾百姓们，一伙从战场上退下来的中国士兵来到安全圈外面向洋人们讨药，洋人们一脸无奈看着中国士兵，提醒中国士兵们不能跟中国百姓们一起涌入安全区。孟书娟暗中跟踪父亲，在跟踪过程中孟书娟发生意外从自行车上掉落下来，开车路过的法比搭载孟书娟继续前进，孟书娟想继续跟踪父亲，法比停下汽车劝说孟书娟不要管大人的事情，孟书娟没好气地提起法比欠了沈老大高利贷的事情，法比被孟书娟威胁只得继续开车跟踪孟繁明。玉墨来到孟繁明工作的地方遇到徐处长，徐处长在玉墨面前提前孟奶奶，孟奶奶是孟繁明的母亲为人严厉最讨厌风月女子。如果玉墨坚持跟孟繁明来往，孟奶奶肯定会想方设法阻止。
孟书娟跟到了玉墨的公寓可里面并没有人，她记住了门牌号打算再来找玉墨。法比要把孟书娟送回家，她不肯便下了车跑走了，法比赶紧追了上去。孟书娟跑到一个巷子里，里面都是受了伤的士兵，其中一名浑身是血的士兵拿出一封信拜托她寄出去，看到他们的情况，孟书娟哭着答应。孟书娟主动给他们照相，临死的士兵们却很高兴地争着要照相，孟书娟哭着为他们拍下了一张张照片，之后法比把孟书娟带回了教堂。玉墨回到公寓，她问邻居孟司长是否来过，邻居让她赶紧逃命，现在这种时候哪顾得上儿女情长，大家都忙着逃命呢。孟司长来教堂找女儿，他表示自己拿到了船票可以带她走，因为玉墨的事情，孟书娟一直觉得自己被爸爸抛弃了，她不肯走，孟司长只好把女儿交给法比照顾，这时孟书娟又改变了心意拿起行李跟爸爸上了车。美国人在南京有安全区，但几艘美国军舰都被日军炸毁，日军根本不在乎国际条约，南京的安全区也变得不再安全。教堂里的学生也人心惶惶，法比让她们放心，只要在教堂里就是安全的。日军在南京城外为非作歹，拿中国人当靶子开枪练习，甚至把一个小女孩烧死了烤来吃肉。法比也知道再留在南京是个死，他打算带着神父以及学生们坐船离开南京，英格玛不肯走。英格玛表示教堂里的物品都是一代代神父们从各个洲各个国家收集过来的，他的身体也不好，其实也是个快死的人了，不如留在这个安息的地方等死。法比、乔治与阿顾都是神父收养的孤儿，既然神父英格玛不走，他们也没有理由离开这里，法比虽然胆小怕事又吝啬贪财，但他很有义气，法比坚定地表示自己不会扔下神父一个人在教堂的。
汛生的村子被日军给包围了，日军惨无人道的实行了三光政策，不仅杀光了村子里面的人，并且还放火点燃了整个村落。汛生躲在了石头后面逃过一劫，但是这个时候日本人在村子里面发现了一个年轻的女子，女子正是汛生的妹妹。汛生咬牙看着日本人糟蹋了自己的妹妹，但是不敢出去，因为出去以后两个人都没有活路了。日军离开以后，汛生背起来自己的妹妹迅速的逃走了，这个时候日军已经返回，开始清点杀掉的人的数量。日军开始了大屠杀，这个时候日军得到了一批空投的物资，日军大佐打算带领士兵前往物资降落的地点。赵玉墨打算返回藏玉楼，但是路上已经被设置了屏障。赵玉墨出面和戴涛说话，希望戴涛能够放自己回去藏玉楼，戴涛同意了。藏玉楼里面的姑娘春池慌张的逃回了藏玉楼，告诉大家日军正在进行大屠杀，外面到处兵荒马乱，很多人都惨遭杀害，年轻的少女都被日军轮奸。赵玉墨和藏玉楼里面的姑娘们听到这些都震惊不已，同时也开始担心自己的处境。孟司长追着赵玉墨来到了藏玉楼，但是路上却被戴涛给拦住了，孟司长表明了自己的身份，顺利的进入了藏玉楼。赵玉墨和孟司长见面，赵玉墨告诉孟司长，对方喜欢的并不是自己，只不过是在那时候见面了而已。如果遇到的是其他的女人，孟司长也会喜欢上那一个人的。法比帮助伤员治疗的时候，一名伤员希望法比能够帮助自己找到自己的家人，伤员伤势很重，没来得及说完就昏迷了。与此同时，城内混战连连，日军和中国士兵展开了激烈交战，我军宁死不退一步。赵玉墨和戴涛在藏玉楼外面说话，赵玉墨很担心现在的南京城里面的形势。
法比和神父在教堂里面喝酒，神父的身体并不是很好，这让乔治有些担心。孟司长见到城内混战连连，打算带着自己的家人出城逃难，即使准备妥当孟司长仍然觉得心慌意乱，担心现在的局势。法比在和神父喝的酒里面下了安眠药，神父喝完酒以后睡了过去，法比假称神父是因为喝酒喝醉了，随后带着神父出来了教堂，并且载着神父离开了教堂里面。没想到这个时候神父清醒了过来，明白法比是打算带着自己离开南京城，神父表示自己拒绝离开南京城。法比无奈之下只能够带着女学生们先行离开。孟司长打算离开南京城，结果没想到出门以后看到了自己的汽车被人给砸坏了，孟司长已然无法离开。匆忙之间孟司长拉住了街上的黄包车司机希望对方能够拉着自己出城，但是街道上面一片兵荒马乱，没人理会孟司长。法比带着女学生打算离开教堂，并且拉走了大家的行李，法比开着汽车行驶向了城外。这个时候孟司长带着自己的家人在街道上茫无头绪的行走着，偶然找到了一辆黄包车，孟司长让自己的家人先坐上了黄包车，自己一个人和车夫一样步行。法比的汽车忽然出现了问题，法比无法修好这辆汽车，只能够带着大家步行向前。天很快的亮了，孟司长带着自己的家人来到了码头上面，一家三口登上了离开的轮船。赵玉墨也来到了码头上面，看到了孟司长登上了轮船。孟司长面有愧疚，而赵玉墨自己转身离开了。轮船上面到处都是人，孟司长的身份在这里根本不起作用，只能够随便找了一个地方坐下来。法比和女学生们都没有力气了，但是还是拼命的向前奔跑着，否则面对她们的，即将是和南京城一起沦陷的命运。孟司长的女儿忽然不见，孟司长为了女儿再度跑下轮船寻找女儿。
孟司长要带玉墨离开，他下船去找玉墨，孟书娟知道爸爸去找玉墨后，生气地下了船。等孟司长回到船上时，孟母哭着告诉他孟书娟一个人下了船，孟司长只好回城去找她。为了逃命，法比带着几名女大学生在码头等船，可江面上哪还有船只的影子，周围尽是没上去船，在码头等待最后一线生机的老百姓们。日军的飞机向地上洒下许多传单，被法比等人看到，上面写着日军是来拯救中国人民的话语。安全区现已成为南京城唯一一处能保障老百姓安全的地方，伤残的士兵们想要来此地接受救治，安全区是属于美国人的，根据国际条约他们必须保持中立，不可以为任何一方的士兵治疗，除非士兵们把武器扔掉。没办法离开南京的老百姓以及受伤严重的士兵都想呆在安全区，可毕竟地方有限，安全区的外国人们只好劝士兵们去别的地方。中国士兵们在南京城内死守，双方对比悬殊，眼看就要挺不住了，这时一名叫李全有的战士站了出来，他指挥着战士们作战。总算等到了一只小木船，法比赶紧带着学生们上了船，这时两名逃命的老百姓也跟着上了船，法比要把他们赶下去，心软的女学生把他们留在了船上。南京城里硝烟弥漫，为了寻找女儿，孟司长独自一人在南京城里来回转，可依旧没有女儿的踪影。士兵们从城外撤退到南京城内，戴涛严禁任何士兵有逃命的行为，他让士兵们死守，不准离开南京。士兵们只好把上级领导通报可以撤退的事情告诉他，戴涛一脸惊讶，他没想到事态已经如此严重，但他依旧不允许军队里出现逃兵，他让手下拿枪对准打算撤退的士兵们。可大难临头，大家只想着逃命没人在意戴涛的话，他们不停地往前走，戴涛等人拿着枪向天空扫射，逃兵们被枪声吓住.
在城外的日军手段极其残忍，他们在传单上写着中日友好，可一进城就变了另一幅样子，日军打砸抢烧，强暴民女，还留在南京城里的百姓们人心惶惶地四处逃窜，安全区是现在唯一一个能称得上安全的地方，大家都往那里跑。玉墨随着人群一起走，她突然觉得很陌生，她站在原地看着逃亡中的百姓们发起呆来，大家都抓紧时间逃命没人顾得上她，有一名好心的百姓劝她赶紧离开，站在这里只有等死。轮船终于到达码头，开心的法比赶紧与女学生们跑了过去，可日军飞机飞行员在天上看到轮船来了后，立刻向下投掷了炸弹，码头被炸大家只好在炮火中继续逃命。二狗在街边收拾弹药，这时过来一个少年向他讨水喝，少年名叫王浦生，二狗看着他便硬拉他加入军队一起打仗，可王浦生完全不会用枪，二狗坚持地把他带了回去。二狗把与王浦生相遇的过程以及今天发生的事情告诉李全有，李全有这才知道王浦生什么都不会，仅仅是被二狗捡回来的一个孩子，他表示一旦打起仗，王浦生一定会拖大家的后腿。伤残的士兵们来到藏玉楼，一名长官对日军态度很好，但对中国人倒是硬气得很，豆蔻看不惯他的行为便抱怨了句窝里横，长官当场生气地掏出枪对着豆蔻。没想到他会拿枪，豆蔻被惊得花容失色，同伴们劝豆蔻赶紧给长官赔不是，豆蔻不好意思拉下脸道歉，看豆蔻没有道歉的意思，长官甚至把她摁倒了要开枪打死她。玉墨赶紧站了出来，她嗲声嗲气地代替豆蔻赔不是，给了长官一个台阶下，长官放过了豆蔻，豆蔻很是感激地看着玉墨。越来越多的士兵想要逃走，戴涛也明白当前的形势，可他作为一名军人依旧想守在这里对抗侵袭的日军。
面对沦陷已成定局的南京，唐司令不知是该留在南京与大家共存亡，还是为了逃命扔下百姓们离开南京。最终他还是决定保自己的命重要，唐司令乘车准备离开南京，战士们一眼便认出了他的车，战士们拦住他不让他走并拍打车窗要求他留在南京，任凭外面怎么谴责，唐司令就是不肯下车。本来豆蔻打算离开藏玉楼而躲在安全区的，可百姓们太多，他们把安全区堵得水泄不通，百姓们对藏玉楼的女人们也很有意见，豆蔻在安全区呆着还不如藏玉楼自在，没办法她又回到了藏玉楼。法比等人依旧在码头等船，一艘轮船出现大家惊喜地在码头准备上去，结果发现那是日军的军舰，日军对码头进行扫射，大家在炮弹声中继续逃亡。在城里找不到女儿的踪影，孟司长来到了教堂，他问英格玛神父是否有看到孟书娟，孟书娟躲在教堂里不肯跟他走，无奈碰壁的孟司长只好离开教堂，孟书娟看着爸爸的背影赶紧拿相机拍了下来。战士们还在堆砌的沙包后面休息，这时他们听到日军进城的声音，戴涛赶紧向作战经验丰富的李全有商量如何抵抗。日军的装备好，人又多，甚至还有坦克一起进城，国军根本不是他们的对手。日军进入城内便猖狂起来，他们拿中国人当靶子练习射击，但凡是被看到的中国人都不留活口。戴涛等人也渐渐地挺不住，根据作战指示，他们只能选择撤退，否则伤亡会更加惨重。二狗被日军的子弹击中，战士们都在撤退没办法照顾他，李全有也只得忍痛地扔下二狗离开。听到各种炮弹声坦克声，玉墨与几名女伴赶紧从藏玉楼里跑出来准备逃命，可形势十分紧迫，她们刚一出来就听到日军扫射的炮弹声，她们只好躲在军队堆砌的沙包后面。
日军开始他们惨无人道没有人性的侵略，只要让他们看到的中国人，几乎没有一个能活，男的就被刺死，女的就会留下被强暴之后再杀死。法比等人逃到一处楼房里面躲着，他们在楼上看到日军把百姓们聚集到一起，随后日军拿着刺刀刺向手无缚鸡之力的百姓们，连眼睛都不眨一下地全部刺死，女学生们被吓得不敢出声，甚至连呼吸都小心起来。玉墨与女伴们发现一伙日军在她们身后不远处，顾不得天寒地冻，她们只得跳进冰冷的河水里避开日军。她们亲眼看到一对夫妻被日军抓到，男人被当场打死，女人则被几名日军拽入房内强暴，她们听到了女人凄厉的哭声与惨叫声后只得更加小心地躲在河水中。等日军走后，玉墨等人赶紧从河水里爬出来继续逃命。法比看到了不知何时来到城里的孟书娟，他赶紧拉起孟书娟逃跑，一名日军让他们不要跑，之后拿起枪对准二人，被吓到的法比一动也不敢动，就在日军以为手枪没子弹正在装弹药时，戴涛在不远处开枪打死了他，法比与孟书娟才逃过一劫。看着城里尽是被日军糟蹋过的女子，玉墨很是心疼。玉墨等人好不容易找到沙包可以躲一会儿，突然玉墨看到一名被日军强暴过的女孩躺在地上，她不顾生命地冲了出去，戴涛看到了这一切，他命令手下给玉墨作掩护，让玉墨救那个女孩，手下告诉他玉墨是个妓女而已，没必要救，戴涛呵斥他现在只要是中国人都需要救。李全有等人成功从城里撤退并来到一处树林里休息，为了更方便管理，带队长官要求士兵们把枪支弹药上缴，李全有对这种行为无法理解，他不肯交出军械，长官勒令他赶紧上缴，李全有拿起枪对准长官的脑袋，不管长官说什么他都不理。
日军进入南京城烧杀抢掠无恶不作，赵玉墨带着几个女伴逃到教堂外面，洋人神父不愿意收留从事妓女行业的赵玉墨等人，赵玉墨跪在地上哀求洋人神父，洋人神父最终心软同意赵玉墨与其它几个妓女暂时到教堂里面避难。教堂里面的女学生们对赵玉墨等人产生好奇心，一些女学生不知道赵玉墨等人从事的职业，个别女学生知道赵玉墨等人是妓女，妓女行业低下被人轻视，女学生们视赵玉墨等人为瘟疫一样避之不及。赵玉墨与几个女伴在洋人神父安排的房间休息，红绫与赵玉墨一向不和，赵玉墨点燃一只蜡烛照亮房间，红绫趁机嘲讽赵玉墨想借蜡烛的光明驱散肮脏的身体，赵玉墨面对红绫的嘲讽一声不吭，红绫不可一世涛涛不绝嘲讽赵玉墨，赵玉墨忍无可忍冲着红绫大吼，红绫先是吃了一惊，接着怒气冲天与赵玉墨吵了起来，站在旁边的女伴们一见情况不妙赶紧上前劝架。女学生们情绪低落，法比拿出几个鸡蛋讨女学生们欢心，女学生们看着大大的鸡蛋心情稍好，阿顾忽然神色慌张回到教堂里面，声音惊恐提醒法比赶紧藏好逃难人员。二个日本士兵来到教堂外面大声用日语喊话，法比与几个同伴们提心吊胆藏在教堂里面不敢出声，两个日本士兵看到教堂门口贴着一张告示，告示中明确指出教堂属于美国财产日本人不能随意侵犯，两个日本士兵看完内容不敢惹上麻烦，只得转身离开教堂，法比与几个同伴松了口气，几人庆幸贴了一张告示在教堂外面。日军攻入南京城见人就杀，安全区的几个洋人心痛无比谈起百姓们被日军屠杀的情景，日军无情杀害许多百姓，对外却辨称百姓们领取粮食的时候产生骚动，所以日军才开枪杀害百姓。一伙日本士兵来到安全区寻找中国士兵，安全全的几个洋人极力阻拦日本士兵，日本士兵认定安全区里面藏着一伙中国士兵，洋人费驰亲眼看着日本士兵枪杀一名中国人，为了阻止日本士兵继续伤害更多的中国人，费驰来到日军驻地想找领导谈话，领导站在房间里面看着费驰与一个日军长官谈话，日军长官气态嚣张喝令费驰滚出日军驻地。费驰见日本长官不可理喻，只得一脸悻然离开日军驻地。几个妓女来到厨房做饭，女学生们坐在桌前等待开饭，一个妓女查看桶里面的食物，女学生们趁机嘲讽妓女是矮冬瓜。妓女勃然大怒与女学生争吵，法比赶了过来怒气冲天看着几个妓女，警告妓女们不能再欺负女学生。
