琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中形成了继续的影响,斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学义务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上,异种人在这里才干失掉身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了恢复变的X基因的“解药”,可以令异种人的身体与常人无异,解药的问世在异种人中惹起了剧烈反响,万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联络不愿改动体质的异种人,试图用暴力对立人类社会的不公允待遇。金刚狼等人发现琴并未死去,而且她被唤醒的第二重人格拥有极为弱小的力气,X教授（帕特里克•斯图尔特 Patrick Stewart 饰）和万磁王各自争取琴,她成为了改动异种人世界的关键人物…
