太一等人的冒险已经过去三年了——高石武搬到了御台场，在他上小学五年级的第一天的途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅，还有昔日并肩战斗的同伴——八神光。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号，然后他进入了数码世界，但却无法使亚古兽进化，众人被迫躲到山洞里，在那里他们发现了一个有勇气徽章图样的东西。太一触碰它之后，三道光射出，原来分别是大辅、小京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界，并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”，大辅的搭档V仔兽也同时诞生了。V仔兽让大辅叫“装甲计划！”使自己装甲进化成烈焰兽，打碎了角龙兽身上的黑色魔轮，使其恢复本性。战斗结束后，太一将自己的风镜送给了大辅。
小京和伊织决定第二天去数码世界。当天晚上，太一等人商量和大家去数码世界，但美美去了美国，阿和与阿丈都没空。第二天，大家一起进入了数码世界，不久就遭到操纵着邪恶环的暴龙改造者的袭击。大辅与V仔兽均被捉去。大家来到一座山上的建筑物里，发现了爱心和知识装甲。素娜和光子郎拔不起来，便引导小京和伊织去拔。装甲成功被拿起，小京的搭档麻鹰兽以及伊织的拍档穿山兽诞生，分别用爱心和知识装甲进化成铁鹰兽和钢钻兽，救出了大辅并成功将被操纵的数码暴龙们的邪恶环打碎。
小京带来零食，除迪路兽外的四只数码宝贝都对其反应强烈。大家在等伊织的时候看电视，看到无论智力和体能都非常优秀的天才少年一乘寺贤。伊织来到后，大家准备进入数码世界。在数码世界里，暴龙改造者又用邪恶环控制同种数码暴龙，让它们打斗以此来取乐。突然，他的黑暗暴龙机有了反应，便骑着巨龙兽去攻击大辅他们。在战斗中，暴龙改造者以多打少，集中进攻不能进化的巴达兽和迪路兽的战术占上风。于是伊织和阿武、嘉儿去找数码装甲。他们找到以后，阿武和嘉儿的暴龙机自动升级成为新型暴龙机，并拿起希望和光明的装甲。巴达兽和迪路兽分别装甲进化成天马兽和尼菲迪兽，合力将所有巨龙兽的邪恶环打碎。
加布兽所在的区域也受到了邪恶环的影响，结果它被抓住关了起来。正打算逃跑，却被发现而被红鼻屎兽痛打，跌下山后加布兽发出求救信号。阿和等人接到信号后立即去数码世界，打算救回被捉的其它数码暴龙。途中大辅多次想战斗都被大家阻止，后来因为说自己姐姐讨厌而被大家批评，搞得大辅很没有信心。V仔兽为了使大辅重新振作精神，决定于红鼻屎兽战斗，因为不敌而被它痛打。战斗中暴龙改造者建造的黑暗塔被红鼻屎兽不小心打裂，加布兽立即进化成加鲁鲁兽。大家于是打倒黑暗塔，控制红鼻屎兽的邪恶环就失效了。大家明确了目的——打倒黑暗塔，解放被封印的区域。
暴龙改造者用暴利逼迫哥玛兽所在区域的基刹兽为它建造黑暗之塔，哥玛兽阻止却被围攻。于是它发出求救信号。因为伊织要练习剑道不能去数码世界，阿丈和其他人准备去数码世界营救哥玛兽。伊织由于练习时不专心被爷爷发现，并最终得到请假。当他赶到时，穿山兽非常不高兴。大家造了雪橇准备去破坏黑暗塔，却被雪人兽拦截，伊织掉下河中，被迫停下休息。阿丈留下照顾他，其他人去破坏黑暗之塔。暴龙改造者派贝壳兽和龙虾兽攻击伊织和阿丈，就在危机关头，大辅等人破坏了黑暗之塔，哥玛兽进化成海狮兽终于打败了敌人。
今天是黄金假期，大家决定去数码世界远足。正要出发时刚从美国回来的美美进来了。于是大家约美美一起去。野餐时麻鹰兽因为追被穿山兽丢得很远的寿司而和小京与大家失散了。美美去找小京，却掉进了暴龙改造者的领地，被小京和麻鹰兽叫醒。突然，她们被邪恶环控制的怪蛙兽和蝌蚪兽追赶，幸亏被巴鲁兽出现及时救了她们。正当好朋友相聚的感人时刻，美美说出来数码暴龙世界的目的是为了远足而不是来看巴鲁兽时，巴鲁兽很不高兴。此时暴龙改造者派出蟑螂兽兄弟攻击她们，美美利用蟑螂兽的攻击打裂了黑暗塔，巴鲁兽进化成仙人掌兽，与铁鹰兽一起打倒了黑暗塔。
大家破坏了一座座黑暗塔。这天，大家来到守卫兽的地域，开始由于体力不足被迫撤退。但是一只守卫兽在嘉儿进入之前打烂了电视，嘉儿被迫留在数码世界。大辅与阿武决定返回数码世界救小光。巴达兽在结界外进化成天使兽，但进去后又退化了。大辅很嫉妒，硬要V仔兽进化成什么“超级天使兽”。当他们发现小光时，被邪恶环控制的安杜路兽出现。即使铁鹰兽和钢钻兽增援都不敌它。后来，安杜路兽先后认出大辅带着的风镜、太一以及嘉儿，以前的记忆使邪恶环的力量消失。大家回去后，见到光子郎，得知新型暴龙机名叫D-3装甲暴龙机。
大辅的足球队要与天才少年一乘寺贤的足球队比赛。上半场一乘寺贤没有来，大辅攻进一球，以1：0领先。下半场一乘寺贤出场，以超乎寻常的能力攻进9球，但最后一球被大辅奋力铲下，但铲伤了一乘寺贤的右脚。大家到了数码世界后，除大辅外所有人突然神秘消失，暴龙改造者用大辅的同伴威胁大辅，让他下跪并让V仔兽踩他的头。后来阿武他们赶到，原来那些人质是假冒的。大辅非常气愤，便单独冲上去将暴龙改造者打了下来。突然大辅注意到暴龙改造者的右脚有伤，暴龙改造者终于亮出底牌——他就是一乘寺贤。
一乘寺贤看到自己接受采访的录象，觉得很讨厌。于是他决定一直留在数码世界研究。大辅他们找到一乘寺贤家的地址，却发现他已失踪，于是立即去数码世界。他们遇到火焰兽，很辛苦终于打败了它们。但是暴龙改造者将邪恶环带在太一的暴龙兽上，并使它进行了黑暗进化！可怕的丧尸暴龙兽出现，它以压倒性力量打倒所有数码宝贝。最后丧尸暴龙兽因能量殆尽而退化成亚古兽，又被暴龙改造者带走了，太一此时心急如焚。
大家来到电脑教室，小京因为恐惧被大家劝留在电脑室。同时，暴龙改造者不断让暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，来检测邪恶环的缺点。大家打败朽木兽后得知暴龙改造者的位置。同时，暴龙改造者终于发现邪恶环的缺点，进而研制出邪恶螺旋环，此时却发现亚古兽已被他的搭档虫虫兽放走。太一等人遇到亚古兽，但在即将离开时又被暴龙改造者攻击。暴龙改造者又将邪恶螺旋环套在亚古兽身上，将其进化成全身充满病毒的蓝色的机械暴龙兽。太一由于不愿亚古兽受伤而阻止大家攻击错失良机，机械暴龙兽以其强大的攻击力打倒了数码暴龙们，此后被暴龙改造者带走。
