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李云龙率红九军25师171团掩护大部队撤离，他与西北军阀马步芳的马家军展开激烈战斗，一营和三营士兵壮烈牺牲。眼看敌人即将攻来，而171团的弹药即将用尽，云龙命令部队撤离。撤退途中，云龙收编了妇女独立团的女指导员郑芳，又救下了27师政治部的焦主任。171团抓到马步芳独立骑兵旅的传令兵王根生，根生称马步芳已调集重兵在倪家营包围了红军。共2张铁血军魂第2集
为躲避马家军的围追堵截，云龙等人绕道进入沙漠，马家军命人把最后的阻击点放在黄河西岸。在穿越沙漠的过程中，云龙收编了一心要杀鬼子为父母报仇的驻兰州东北军的迫击炮炮手于承柱。与此同时，云龙与郑芳结下深厚情谊。就在云龙等人即将到达延安时遭到袭击，郑芳为保护云龙壮烈牺牲，云龙等人被编入国民革命军第八路军。
云龙初次带队伍遭遇日军，结果自己因轻敌而被领导训斥。云龙带兵在七亘村打伏击，承柱竟然冒死跑到日本人的炮兵阵地抢回一门迫击炮，沈泉严厉批评，云龙却对柱子赞赏有加。师长决定组建新一团，云龙担任团长，结果等到云龙向师长要装备时，云龙却四处碰钉子。云龙私自带士兵进城缴了伪军的械，他还收编了张大彪及部分伪军。日军的坂田联队和云龙部队相逢，坂田曾挫伤孔捷部队，云龙要为其报仇。
在新一团与坂田联队的战斗中，云龙接到撤退的命令由俞家岭方向突围。云龙违抗军令率部队由正面进攻，最终柱子的一发炮弹炸掉了坂田的指挥所。一旁观战的云飞对云龙的指挥技术钦佩不已。大彪等战士被困，云龙又率战士折回实施救援。云龙因阵前抗命被调到被服厂当厂长，丁伟担任新一团营长。云龙临走前，丁伟慷慨送他一支骑兵营。
日军的特种作战部队袭击杨村，129师独立团伤亡惨重。云龙接上级指示重新回到独立团担任团长，他把大彪及沈泉等人调来独立团。曾当过少林武僧的和尚被日军俘虏，他押至日本华北方面军第一军特别攻击队训练营，和尚与日军大战一场后逃脱。云龙不忍孔捷调离，他向上级请示留他在独立团当副团长，而且他还发现鬼子袭击杨村是为了攻击八路军总部。
云飞被任命为358团团长，他发现接管的部队少了一百支中正步枪和一万发子弹。当得知这些物资是被云龙挖了墙角，云飞不但不气，反而感到振奋。赵刚被分配至129师独立团当政委，他发现云龙调一营去万家镇牵回马匹与云龙产生争执。最终，云龙说明了擅自调动军队的原因，赵刚表示理解。孔捷回来时不只带回马匹，还带回了一个人——和尚。
云龙任命孙得胜为独立骑兵连连长，之后他又软磨硬泡，向八路军后勤部长张万和要来二十箱手榴弹。日军山崎大队偷袭八路军根据地，772团火速被派往李家坡阵地。眼看前方战事如火如荼，独立团却只能干坐冷板凳，云龙焦急不已。772团攻击不顺利，独立团终被派上战场。云龙的指挥下，独立团大获全胜。
云龙让和尚当自己的警卫员，和尚欣喜答应。独立团发现三个活着的日军，赵刚坚持抢救遭到云龙反对。云龙听赵刚打电话以为他是在跟上级打小报告，然而赵刚却压下了俘虏的事。云龙误会赵刚，他从聊天中发现赵刚的过人之处，两人酒后吐真言敞开心扉，云龙喝醉还向赵刚交代身后之事。云龙在赵刚的帮助下开始学习文化知识，他组织领战士们进行实战训练。
云龙在全团内找出功夫过硬的战士，组成加强排。楚云飞奉命来独立团交流学习，并将爱枪赠予云龙。云龙得知虎亭据点的官兵与日本人有勾结，便故意派一个班去白家村征粮，并且指明只要白面。云飞、云龙和赵刚在交流中，逐渐消除隔阂。总部发现日军有两个旅向福田方向急行军，就在独立团集合准备去参加伏击时，云龙被通知取消伏击计划。
云飞希望和云龙一起参加战斗，可是云龙却说计划有变，于是云飞重新帮他分析敌情。赵刚让云龙服从上级命令到陈家峪驻扎，可云龙却有不同见解。原来日军故布疑阵的目的是为大和魂特种突击队偷袭八路军总部做准备，同时云龙带领的第一营也开始了对敌人的攻击。大和魂特种突击队开始向陈家峪进攻，可另一边云龙却歪打误撞帮指挥部解了围。
