特攻队最精锐要员贤俊和思宇，感情就像亲兄弟一样，贤俊在接到上级指示攻读硕士学位的过程中，对偶然相遇的胜熙一见钟情，却因她的不辞而别伤心不已；通过老乡前辈的引荐思宇同样也结识了胜熙，也对熙一见钟情，然而他们不知道自己爱上了同一个女人，有一天，贤俊和思宇被一群不知名的年轻人抓获，接受了一番残酷的测试。
贤俊思宇的残酷测试，是NSS的用人测试 ，两人经过特殊训练，六个月后进入了NSS，第一天上班的贤俊和思宇与胜熙再次相见，在得知胜熙是有意接近自己后，虽然心有不快，却无法阻止内心对胜熙的好感，面对冷静划清界限的胜熙，贤俊果敢的突然一吻，两人之间的关系急速升温，作为他们的首次任务便是追击恐怖分子山本隆史，在执行任务的过程中，他们搭救了最有望当选的总统候选人赵明浩。赵明浩成为总统之后将二人邀请到青瓦台。来到青瓦台的贤俊想起了自己儿时的事情……
贤俊去找从小将自己抚养长大的神父，要了解当年车祸的真相。谁知神父却不肯回答他。获准休假的贤俊和胜熙在日本秋田县开始了一段只属于两个人的旅行，思宇独自赶赴匈牙利搭救逃往的北韩核物理学家洪丞龙，结束休假的胜熙和贤俊随后也赶去和他汇合，青瓦台决定为洪丞龙提供政治庇护，在离开前洪丞龙将装有秘密的项链送给贤俊。
洪丞龙在飞机场被恐怖集团的杀手杀死，杀手没有找到项链但确定在贤俊他们身上。而完成了任务的贤俊本以为可以休息，谁知白山派给他单独行动的任务——暗杀朝鲜最高人民委员长尹成哲。贤俊不顾个人安危勇往直前，虽然暗杀成功，但是却身负重伤。贤俊在山里养伤，并放消息出去求援，不料被白山拒绝。
哲荣和善华带领北韩护卫队在匈牙利布下天罗地网追捕贤俊，白山也命令思宇杀死贤俊，并将NSS中贤俊所有的资料删除。贤俊找到胜熙后一起逃走，结果思宇将二人位置告知哲荣，贤俊再一次陷入困境，并眼睁睁的看着胜熙乘坐的汽车爆炸，他发誓要报仇舍弃自己的白山，但在最后乘坐飞机逃跑时被思宇开枪集中坠落。
贤俊飞机坠毁后被一群不知名的人物所救幸免于难，逃往日本。思宇在看到飞机残骸后以为贤俊死亡，回来后得到了白山的赏识成为了其团伙的一员。白山对韩国政府隐瞒了尹成哲被杀的真相，赵明浩总统逐渐意识到有一个庞大的集团在阻扰着南北韩核武器的研发。而在NSS休职状态的胜熙，不断地纠结于贤俊的生死。哲荣派遣善华前往日本继续追捕俊贤。然而贤俊，却被日本内阁调查室所擒获，正在接受调查。
正在准备复仇计划的贤俊，不幸被日本内阁调查室擒获接受调查，作为重获自由的条件，他答应去暗杀伊藤正之，在行动成功后他消失了。总统秘密地招待北韩高层访韩，处于计划外的NSS，后知后觉明白了其中的原因。正打算回到韩国的贤俊，接到一个向其索要洪丞龙遗物的神秘电话。
按照日本内阁调查室的要求，贤俊暗杀成功并逃了出来，通过BIG绑架优纪的行动，贤俊得知洪丞龙项链的重要性并收了起来。另一方面总统，在NSS完全不知情的情况下，秘密的邀请北韩护卫部门的核心人物访韩并进行会谈。贤俊和善华在洪丞龙留下的资料中得知了IRIS，并发现白山也是其中一员。两人打算赶赴中国上海于朴哲荣见面。
通过洪丞龙的项链，贤俊和善华对白山和IRIS有了初步的了解，后赶赴中国与哲荣见面，并成为哲荣恐怖集团的一员，向韩国挺进。即使发现恐怖行为的NSS和思宇，开始了一系列的追击活动。思宇发现了贤俊留在自己家里的痕迹，他渐渐的感到这次的恐怖集团可能与贤俊有关。
通过散步虚假情报，恐怖集团将思宇和全部战斗力转移，随后侵入到了NSS内部。不久后到达NSS的胜熙，与恐怖集团展开了奋战，并与蒙面的贤俊相遇。
