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团侦探学园Q班的学生们终于迎来了他们第一次的实战任务。所谓Q班，就是指由那些有资格成为团守彦接班人的学生组成的“Qualified Class(合格班)”的简称。虽然拥有敏锐的观察力、出类拔萃的洞察力以及超越常人的灵敏感觉，不仅靠推理、证据，而且可以通过感受人们真实的情感和内心来解决事件，但却有点胆小的Q。拥有过目不忘瞬间记忆能力，且是Q班唯一的女生的小惠。有着天才般的头脑，体育万能却讨厌与人交往，总是酷酷的如同谜一般存在的流。不仅是电脑神童，而且是大财阀的公子，小不点富豪侦探数马。武道十段的超级运动天才，班级中最年长的金太。Q班就是由这5个个性迥异的成员组成的。接到作为老师且是团侦探左右手的七海光太郎的指示，Q班一行人来到了位于秋叶原的一家漫画咖啡店里。在一间隐藏在店铺深处的房间里，电脑、大型监视器等设备一应俱全，原来这里就是团侦探事务所的秘密办公室。数马将放在桌子上的Disk的数据恢复后，团守彦便出现在大屏幕上。于是端站好的5人从团守彦那里接到了自入学后的第一次真正的调查任务。一个星期前，高中三年级学生冈田律子在密室中被人刺杀的事件。由于没有找到任何线索，破案也毫无头绪，警察便拜托团侦探希望他能够协助破案。团侦探接受委托后就派Q班的学生去完成这个任务。第一次的实战任务、以学校为舞台的一系列连续杀人案件、预告着下次犯罪的“诅咒笔记”、完全密室杀人事件、以及隐藏在事件真相背后，黑暗的犯罪组织。学院侦探Q班的5人将挑战这桩隐藏了诸多谜题的困难案件。到底事件能否被顺利解决呢。
还没从上次事件令人震惊的结局中缓过气来，Q班的5人又接到了来自团守彦的新任务。这次的任务是调查中学生失踪案。收到一封署名“神的邮件”的两个中学生，在看了这封洗脑邮件后就不见了。中学生失踪事件自然引起了舆论的轩然大波，然而就在几天后，失踪了的两个中学生又毫发无损的出现在秋叶原站前的马路上。不但对失踪时的事情一点也不记得，更不可思议的是就连自己失踪前的记忆也没有了，简直就像是换了一个人似的。Q和小惠于是参加了两人失踪前的辅导班进行秘密调查。这时，辅导班里发生了一起离奇的密室杀人案件。调查被害人心理问题的流，不知道被谁袭击的金太，“神的邮件”的内容到底是什么。之前的失踪事件与这次的杀人事件之间的关系又是什么呢。
“彻底追查被称为社会垃圾清理者的连续杀人事件的凶手”Q班的5人接到了团守彦的新任务。所谓社会垃圾清理者就是那些专门袭击没有反抗能力的流浪者的年轻人，或者因手法残忍出名的帮会组织等，将被认为是社会垃圾的人残忍杀死并弃尸于垃圾场的这类连续杀人犯的通称。由于这次的任务过于危险，任务室里弥漫着紧张的气氛。尽管如此，Q班的5人还是开始各自的搜查。但是只有数马无论如何也没办法集中精力展开调查。既无法继续新游戏的开发，也无法像Q班其他4个人那样投身于新任务的调查。“单纯真好！”和自己不同，单纯的Q能够马上集中精力投身调查工作中的，而自己做事总是有始无终，就在这时数马遇到了瑶子。而这个就在离秘密基地很近的花店打工的瑶子也渐渐占领了数马的心。另一方面，着手调查后，表面上看起来完全无关的案件一个一个被连接起来，逐渐接近连续杀人案凶手的Q他们。像是要故意嘲笑他们似的，就在这时新的牺牲者又出现了。匆忙赶到凶案现场的Q他们注意到了一件事情，凶手把被害者的手机从凶案现场拿走了。原来据说被害者在被袭击的前一刻与之通话的对象，就是凶手本人，而这也是凶手作案的常用手法。被害人的通话对象是？那个人很危险。收到Q他们的通知飞奔过去的数马。为了救出自己重要的人，面子呀自尊呀什么都可以不要了。然而凶手再次将魔手伸向了新的目标。一边等着Q他们到来与自己汇合，一边一个人出现在这所谓的社会垃圾清理者面前的数马说道：“你再也无处可逃了！”是扭曲的正义的扮演者、数马是否能够揭穿所谓社会垃圾清理者的真面目并且阻止他呢、而数马自己的命运又将怎样。
去查清楚“杀人收集者”的谣言和案件有什么关系，借以查出案件的真相。Q班的5人又从团侦探那里接到了新的指示。所谓的“杀人收集者”，就是在一所住宿制高中里面流传着的一个杀人魔的别称。在网上广为流传的版本是这个杀人魔专以年轻女性为目标，在把她们杀害的同时，用自用摄像机把杀人的过程拍下来传到网上，这就是所谓的“杀人收集者”。不过杀人魔的存在说到底都只是一种传说，因为看到过关键性的杀人录像带的人非常之少，所以这种谣言的可信性也就很低了。但是最近相继发生了据说是杀人收集者所为的怪异事件。一个月前的女学生失踪事件和几天前的女学生失踪事件，不知道什么人正在学校里进行着伤害事件。一方面想要把事情尽快解决掉的高中向团侦探发出了请求，另一方面也想把杀人收集者的谣言与事件的关联性查清楚的Q班的5人，根据七海的安排，由Q、小惠和流潜进发生杀人收集者谣言的高中。杀人收集者的谣言不断扩散的古怪的高中。觉得没有人可以信任的疑神疑鬼的学生们。第一个失踪者在哪里、下一个被害者又是谁。没有告诉金太和数马案件真相，开始调查的Q、小惠和流。一个人潜入高中的金太。利用高科技在后方支援的数马。还没来得及布置好，出现在他们眼前的竟然就是杀人收集者的杀人现场录像！终于发生了杀人事件。而且，杀人收集者竟然将魔掌伸向了小惠。到底Q班的5个人能否查明杀人收集者事件的真相呢、被绑架的小惠的安危又是如何呢。
接第四回，在网上广为流传的杀人收集者的谣言。根据团校长的指令，Q班的5人为了查明事情的真相，秘密的潜入据说是杀人收集者就读的寄宿制高中开始搜查。Q班的5人从那些因为这个怪异谣言而内心恐惧的同学们口中打听出了一些情报并慢慢接近着事情的真相。但就在这个时候，像是要嘲笑他们一样的一个学生忽然失踪了，而且不久就被杀了。就像网上传说的一样，杀人的整个过程都被制成影片放到网上。而且，竟然小惠竟然也出现在片子中。正在搜查中的小惠竟然被绑架而且被杀人收集者监禁了起来，Q他们根据杀人录像提供的线索，判断出监禁小惠的场所，总算是把小惠给救了出来。杀人收集者的传闻终于变成了现实。不但出现了第一名受害者而且小惠也遭到了被绑架的危险。没能防止罪行的发生，深感自己能力不够的Q。为了防止出现新的牺牲者，Q班的5人在充分分析杀人现场的DV之后，将遗下的仅有的几处线索弄清楚，一步步逼近了犯罪者的真面目。但是，事情并没有像他们料想的那么顺利，紧接着又出现了第二名被害者。极其残忍的杀人现场录像又一次在网上流传开来。“到底是怎么回事。这个叫杀人收集者的，到底是什么人！”看到相继发生的惨剧，小惠经不住怒斥到。到底杀人收集者的真面目是、Q班的5人是否能够阻止新的罪行的发生呢、似乎与到目前为止所发上的事件都有关系的黑暗组织冥王星的新动作又是什么。
团校长来到了任务室，并且把有关于犯罪组织冥王星的存在告诉了Q班的5人。由冥王星制定完全杀人计划并由委托人执行。决不会自己动手，不留下任何线索来无影去无踪的恐怖的犯罪组织的实体。目前为止解决的案件中，几乎都是冥王星的杰作。由冥王星操纵的犯罪者们的形象立刻浮现在Q他们的脑海中。有人胆怯了，有人迟疑了，面对强大的冥王星心情变得复杂的Q班的5人。就在这时候，有人来委托Q班的5人去解决案件。而那个委托人出示的信件，正是冥王星发出的杀人预告。留下依然犹豫不决的数马和金太，Q、小惠和流朝着委托人的豪宅出发了。到底他们能否阻止冥王星发出的杀人预告变为现实呢？Q班的5人能否再次团结在一起齐心破案呢？而初露身影的冥王星今后的动向又是。
流竟然是冥王星组织的继承人，知道这个事实的Q难以掩饰内心的疑惑，而此时，流也从Q他们的眼前消失了，难道他回到了冥王哈迪斯的身边了。金太曾跟他的小弟在三年前不欢而散，而这时这个金太的小弟却被卷入杀人事件中，金太被叫来配合警察调查。跟小弟美作见面后的金太知道这是件冤案后，被美作拜托帮忙查出真相，洗刷他们的冤屈。虽说是吵了架，不过毕竟是自己从前的兄弟，所以金太没有拒绝。金太觉得这是他自己的事情，所以不想借助Q班其他几人的力量，自己一个人开始了调查。担心金太的小惠却说：“算了，我就勉强配合你吧”硬是出手帮助金太一起搜查。金太和小惠在秋叶原寻找美作的不在场证明，但是却没有找到什么有力的证据。美作的妹妹明天晚上就要举行结婚仪式了。如果在那之前不能证明美作的清白，那么结婚仪式不但可能无法进行，而且会牵连到自己妹妹可能被人指指点点。没有时间了。非常焦急的金太和小惠。就在这时，2人被突然出现的一群黑衣男子强行带走，而带他们去的人正是金太的爸爸远山金三郎。金太的爸爸是老警察，他对金太说：“不要多管闲事”，对于这次的事件，他让金太马上停止调查。 但是金太并没有理会父亲的命令，继续查找事件的真相。这件事，总有什么奇怪的地方。金太的直觉告诉他这件事实有蹊跷。为了证明美作的清白，查出事件的真相，金太到处奔走。这时候，Q，小惠，数马情况如何呢、与哈迪斯接触的流又如何呢。
侦探学园收到了一封没有寄件人的信，信里面装着9个人的女仆装的照片。而这些照片正是不知何时开始，在秋叶原频频发生的“女仆猎人”中的被害者们的照片。寄信人到底想要告诉侦探学园什么、为什么要揭发这件事情、为了解开这个疑点重重的事件，为了找到这个事件的真相，团校长指示Q班的几个人进行调查。但是，正当Q班的5人准备着手调查的时候，流却说出了令其他几个人震惊的事实。过于吃惊内心疑惑的Q，来不及整理心情的小惠，数马和金太。流说完后表示要独自一人进行案件的搜查于是消失了身影。少了流的Q班4人开始调查。他们发现所有被所谓的“女仆猎人”加害的被害者都是在秋叶原举行的一个女仆装比赛中的人气者。随着调查的深入，他们又发现参加了那个比赛却又没有被害的唯一的人气女仆正式那场比赛的优胜者，鶫。于是Q他们马上赶去见这个鶫，但是她直接回答说：“我不是凶手”。没能从唯一的线索那里得到有用的情报，调查陷入了僵局，对搜查方向也发生了分歧的Q班的4人。任务室里流淌着一股沉重的空气。决定再次向鶫打探情报的Q他们决定再去她的公寓一趟。但是万万没有想到鶫在房间里留下遗书自杀了。而Q他们正巧碰到了在检查尸体的流。Q他们能否解决围绕“女仆猎人”发生的一连串的事件，关闭心扉的流的动向又是什么呢。而在最后，冥王星竟然准备杀害Q，紧要时刻，挨下那一刀，竟是流。
流出院了，任务室立一片融洽的景象。大家谈论的话题是为了与冥王星组织斗争牺牲性命的团校长的助手连城晓，小惠找到了一张老照片。照片里是团校长跟那个连城晓，但是看到连城晓的长相的Q惊呆了。原来这个男人正是将Q从绑架犯手里救出来，也正是因为他Q立志成为侦探的那个被Q称为“侦探叔叔的男人。”一时间Q什么话也说不出来，这时候团校长跟七海老师来了。于是Q就问团校长是不是这个连城晓就是当年的侦探叔叔，这时团校长忽然想起了什么，但是团校长没有把他想到的告诉Q。这时冥王星ユリエ出现在掩饰不住内心疑惑之情的Q的面前，并且把团校长没有告诉Q的更让人吃惊的事情告诉了他。为了使得他跟流决裂，冥王星使计想要动摇他们的关系。Q陷入了一片混乱之中。七海带着情绪不安定的Q、小惠他们去关着克尔伯洛斯的房间。和七海对决的克尔伯洛斯。他两只手被固定住了，由于戴着特殊的眼罩使得视线变得有限，本应该是因为自尊受伤而暴走的，但是却丝毫感觉不到他内心的不安。一边目送着什么也没打听出来的七海他们的离去，他的嘴边一边不合适的浮现出诡异的笑容。陷入过冥王星设下的陷阱的有意疏远其他人的流，与小惠他们故意保持距离的Q，这样的Q会不会重蹈流的覆辙。
在秋叶原的街角，Q偶然碰到了背着旅行带的流。“要去哪里？”Q问道。“稍微有点事情想一个人调查一下”，一边这样说着一边正欲离去的流。Q隐约感到可能有重大事情即将发生，他叫住流说想要拜托流跟他约定一件事情，就是：“无论发生什么事，相互之间都不要对对方说谎。”“知道了”流说着，就走了。Q的心中隐隐升起一丝不安的情绪。有名的建筑家设计的栖龙馆里正在举行这个建筑家的头七。这时，接客室里却收到了奇怪的威胁信。信这样写道触龙怒者应以死抵罪。这封不祥的威胁信的送信人不明，但是主办头七的人却是Q办的天草流。而这个死去的有名的建筑家就是天草流的爸爸天草匠。团侦探也掌握了这些情报，知道了流跟这件事情有很深的瓜葛，他认为应该让Q他们去调查这件事情，于是少了流的Q班出动了。Q他们来到了栖龙馆，四个招待人跟流前面招待宾客。Q跟本来什么都不知道的流说了威胁信的事情和团校长命令他们行动的事情，流的内心这时候好像动摇了。Q看到这样一点也不像平日的流的时候，不知为何内心变得十分不安。在栖龙馆住下的Q他们正准备着手进行调查的时候，第一起杀人事件却发生了。而且小惠亲眼看到流在事件现场停留着，并用一双从未看到过的可怕的眼神看着冰冷冷的尸体。难道是流。而且这次的杀人事件只是之后惨烈的连续杀人事件的序章。一个个被害者的被害现场经常出现流的身影。披上杀人嫌疑却藏起自己行踪的流。到底这次的连续杀人事件的凶手是流吗。隐藏在栖龙馆里的深深的谜团是什么。而这件悲惨的事件的背后，是否果然还是有冥王星在暗中操作。
