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主角甘草奏的“绝对选项”是一种会突然出现脑中，不选就不消失的悲惨诅咒；通常人要是被迫做这么变态的选择，无论如何都会有所抵抗，而主角起初也不例外。但若置之不理，奏的头就会承受超乎想像的痛苦，那种感觉大概只能用脑浆被挖出来才足以形容。说穿了就是，奏根本抵抗不了。所以——会被骂变态，不是没有原因的。于是奏整天举止怪异，被列为“五黑”之一。然而，在如此饱嚐女生白眼的校园生活中，奏脑内突然出现了——美少女从天而降的选项
一觉醒来，世界居然全变了样。奏的选择让城市化为火海、女性朋友惨遭妖魔蹂躏，使奏陷入绝望。但就在这时，有个神祕少女出现在我面前，说：“现在能拯救地球的，只有哥哥你一个了喵！”为了找回可爱的日常生活，势必一战――“五黑”VS“白名单”的对抗赛于焉爆发。
“五黑”队赢得对抗赛的奖品是超大型水上乐园“水银河”一日游！说到水上乐园，当然就想到泳装啦！但无论甘草奏有多兴奋，绝对选项（中二命名法w）今天也依然丢出了“选吧：①人类史上最小。②兜裆布。③不穿。”的白目选项。也只能祈祷甘草奏能够熬过选项的摧残，和泳装美少女们玩得开心，看个尽兴了。
“早知道就去考那场试了。”“早知道就向她告白了。”――经过种种的选择，我们才会来到名为“现在”的未来。《我的脑内恋碍选项》，就是一篇描述甘草奏如何在“绝对选项”游戏般的“选吧，①or②”攻势无理耍弄下，竭尽心力争取爱情的故事。以上简述只是故意装正经，其实本集内容是性感过头的密秘学姊，只穿一件衬衫跑到奏家里大展媚功，香艳刺激。
有生以来第一次的浴衣约会。当裘可拉，富良野和讴歌都承认自己爱上奏——但奏本身一点感觉也没有。企盼已久的“恋爱喜剧”终于开始！三位女孩在本集中不只在澡堂里一丝不挂地私密对话，还体验了第一次的╳╳。然而在激烈的后宫战场上，“绝对选项”却端出选项“选吧：①让地球消灭。②让宇宙消灭。”来搅局。
“选吧：①全速撞墙。②全裸撞墙。”在炎炎酷暑中照常和活蹦乱跳的选项奋战的奏，收到了一份令人感觉颇似曾相识的三天两夜旅游招待券，同时接到“让裘可拉、富良野或讴歌其中一人目睹甘草奏和人亲亲的画面。”这么一份不得了的任务。整死人不偿命的无理游戏立即开始。
甘草奏和造成他心灵创伤的元凶天上空再会后，脑内选项竟出现了变化。“选吧：快要摔倒的少女出现了：①轻轻抱住她。②紧紧抱住她。””怎、怎么可能……居然两边都想选！“选项大人不知是哪根筋不对，进入了恋爱喜剧模式。好巧不巧，时间正好遇上排行榜重选，搞不好这会奏是脱离”五黑“的机会。这种大浪，奏当然是绝对非冲不可。
排名战结束后，恶劣模式全开的选项继续以一副“恋爱喜剧？能吃吗？”的嘴脸，不停恶整荣升“黑霸”的甘草奏。期间，忽然昏倒的裘可拉虽安然清醒，但一开口就是“少装得一副跟我很熟的样子，死狗。”让奏大吃一惊。然而祸不单行，继裘可拉性格一百八十度大转变之后，新任务“在运动会搞偷拍”又趁乱偷袭。秋天是运动的季节，恋爱喜剧成分也随运动会跳楼大放送。
奏终于发觉了富良野和讴歌的心意，但不晓得该如何是好，行为变得很诡异。这时候，他还简直被命运补刀似的，要和富良野、讴歌、裘可拉三人在校庆上演话剧。剧情大致上是，遭恶魔诅咒而行为荒诞的女主角，受到三名男性猛烈追求，却因为太过迟钝而没发现他们的心意。
“你们愿意等我到，我喜欢上你们其中一个的那一天吗？”校庆在如此感人的真情告白中落幕后，隔天班上来了个名叫四叶纸伊绪乃的转学生，而且长得和甘草奏的初恋对象天上空一模一样。她坚称自己并不是天上空，但奏对她仍是时时保持最高警戒。尽管如此，他还是在裘可拉、富良野和讴歌的鼓励下，专心享受与她们三人共处的时光。
