舞台是意味理性的「青之世界」，但是正在遭受由天分支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研讨员，随后由于才干出众而被选拔为最前线的战役指挥官，授命担任横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」在那里她遇见了在第五战役单元经过激战而全军消灭之后，于四年前成立的第六战役单元「IS」的先生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和要挟。在这样的生活中，他们的友谊也在逐渐加深。
