年轻好学的比尔获得博士赏识，博士主动提出每周抽出一二天时间教比尔学习。比尔不是大学学校的学生，是外来人，但博士不介意传授知识给比尔。女大学生海瑟近段时间变得不太对劲，她的双眼颜色跟平常人不太一样。比尔在回家路上遇到了海瑟，她发现海瑟对面的空地上有一滩水。市区已经有很多天没有下雨了，按理说地面上不可能积留一滩水。比尔好奇地靠近水边伸长脖子往水面上看去，她忽然发现自己的脸在水里变得有些怪异，说不出的恐怖。怪异的水吓坏了比尔，海瑟显然与水有某种联系，比尔接连几天看到海瑟在水边晃荡，时间一长，比尔对海瑟产生了不解，她想接近海瑟，但海瑟却神秘地凭空消失不见了。比尔吓得汗毛直竖，不敢再在水边停留。消失的海瑟被困在了水中，面部表情扭曲，伸出双手往地面抓握，看起来非常痛苦，她显然被怪水囚禁在了水里，无法再脱身。比尔向博士讲述海瑟古怪的举动，并且提到了无原无故出现的水。博士还没听完比尔讲述的事发经过，便弄清发生了什么事情，扔下比尔大步流星跑去观看怪水。比尔跟随博士来到水边，博士仔细观察水面，他察觉到铺在地上的水不是寻常的水，而是一种有机生命体，正在模仿人类的言行举动，这种有机生命一旦学会人类的一举一动，极有可能做出更多可怕的事情。博士暂时找不到办法对付这种天外生物，比尔更是惶恐不安，为失踪的海瑟产生了深深的担忧。几天后的一个晚上，海瑟出现在树林里面，全身上下湿漉漉的，目光呆滞不太对劲。比尔来到树下呼喊海瑟，但海瑟仿佛是个木偶，木讷的学比尔说话，比尔说什么她就跟着说什么。海瑟显然已经不是原来的海瑟，而是被天外生物霸占了身体的“海瑟”，比尔吓得魂不附体，拔腿转身就跑，一路狂奔逃进博士住处，上气不接下气向博士求助。海瑟化成水从门缝下面进入博士家里，直勾勾地盯着比尔。博士意识到不明生物在追杀比尔，赶紧带着比尔逃进了时间旅行机器里面。博士的助手纳多尔也逃进了时间机器里面，一行三人穿越时空离开美国，在澳大利亚落脚。不明生物也拥有神奇的穿越时空的能力，时间旅行机器去到何处，它就跟去何处。博士控制时间旅行器前往几百年后的未来，不明生物照样穷追不舍，死缠烂打闯进时间旅行器内部，对比尔步步紧逼，似乎下定了决心杀死比尔。博士根据不明生物表现出来的举动，猜出不明生物并非追杀比尔，而是承载了海瑟的情感想向比尔道别。比尔在博士的提醒下恍然大悟，伸手与不明生物握了握手，不明生物实现了与比尔道别的念头，化为液态散落在地上，消失得无影无踪。
博士带着比尔乘坐时光机器，来到一个遍地是人工智能的星球上。这个星球已经实现了全智能化的科技手段，衣食住行全由机器人控制，博士与比尔在星球上逛了半天，没有看到一个活人。几个脸上显示出微笑符号的机器人出现了，拦住了博士与比尔的去路，博士带着比尔一路狂奔，他经过短暂的分析，猜出机器人专门猎杀不开心的活人，于是带着比尔面带微笑扮出开心无比的模样，果然逃出了机器人的魔爪。博士回到时光机器上，向比尔讲解机器人只杀不开心的活人原因。原来，机器人全部植入了幸福程序，它们只把活得幸福笑容满面的活人当成朋友，一旦遇到愁眉苦脸不开心的活人，它们就大开杀戒。博士终于弄清星球上为何看不到一个活人，原来机器人杀掉了所有不开心的活人。博士不顾自身生命危险，再次回到机器人占领的陆地，寻找办法对付机器人。比尔跟着博士离开时光机器，她不希望博士一人冒险。博士寻找关闭机器人程序的控制台，路上不时走过几个面带笑容的机器人，博士冲着机器人露出笑容，机器人把博士当成了朋友，没有向博士发动进攻。比尔进入一个阴暗的房间，里面有一张床，床上躺着一个死亡多年的老妇。一个少年忽然出现了，他一脸疑惑看向比尔，从比尔嘴里求证是否可以离开飞船。博士见比尔引出了一个少年，他猜到还有一批活人没有离开飞船登陆，这批活人一直在长眠，不知何故全部苏醒了。少年离开比尔，在机器人王国随意走动，两个机器人见少年的脸上没有笑容，伸出机器手抓住少年的手，不给少年乱走。博士和其它苏醒的活人赶了过来，少年目光呆滞手足无措，不知如何摆脱身边的机器人。博士情急之下提醒少年露出笑容，只有笑一笑才能保命。少年不知道只有微笑才能与机器人化敌为友，始终表情呆板一言不发。一个男子端枪射倒了两个机器人，他以为两个机器人一死就太平了，不料空中出现了大量的机器人。数不胜数的机器人向活人发动进攻，射杀过机器人的男子在混乱中被击晕过去。不知过了多久，男子睁开眼睛苏醒过来，周围恢复了平静，机器人没有再攻击人类。博士向男子解释机器人忽然停止攻击的原因，原来，博士在双方交战的时候重启了机器人运行系统，删除了机器人的幸福程序，取而代之的是大脑一片空白的机器人，它们忘记了之前运转过的所有程序，随时听侯人类差遣。博士为这个星球上的人类化解了机器人动乱危机，做了一件天大的好事，马不停蹄继续去别处时光旅行。一到目的地，博士迫不及待打开机器大门，出现在他眼前的是积满白雪的大地，雪花飘飘的寒风中，一头大象气势汹汹冲了过来。
时光机器来到了1814年的英国伦敦。博士与比尔从船舱里面走了出来，两人来得不是时候，英国正处于隆冬季节，船舱外面雪花飘扬寒风瑟瑟，气温达到了零度以下。博士与比尔穿上了保暖衣，离开船舱来到一座桥上。一个果农捧着一筐水果，踩踏湿滑的路面来到桥上，身体忽然失控往博士身上撞去，博士反应迅速避开了果农，装在筐子里面的水果往外散落出去，一只水果从桥上坠落下去，落入水里，迅速下沉。光线昏暗的水中潜伏着一头体形巨大的怪物，这头怪物有着脸盘一样的眼睛，以及黑森森的血贫大嘴。冰雪冻结的水下潜伏着一头巨大的水怪，附近的居民们浑然不知，尽管几百年以来时有居民落水失踪，但无人怀疑失踪的人与水怪有关。一些孩子在冬季喜欢在冰面上玩耍，博士与比尔来到冰面上，恰好目睹了一个男孩坠入水中失踪不见。博士怀疑水中有水怪，探险是博士的一大爱好，博士自然不会放过难得的探险机会，在比尔的陪同下穿着防水服潜入水里。两人在水中四处搜寻，冷不丁发现水中出现了一只脸盆大小的眼球。水怪没有袭击博士与比尔，仅是发出绝望无助的声音，一条巨大的铁链缠绕在水怪身上，原来水怪被囚禁在水里，无法游动。博士与比尔爬回岸上，一个男子在岸边目睹水中爬上两个活人，吓得魂不附体以为遇到鬼了，撒腿转身逃命。博士为落水遇害的居民们鸣不平，同时也对被囚禁的水怪产生了同情心。管理小镇的萨克利夫其实早就知道河中有水怪，但他没有告诉给镇上的百姓们知道，任由百姓们在冰面玩耍。博士找到萨克利夫，二话不说给了萨克利夫一拳，为遇害的百姓们讨还公道。萨克利夫的几个手下闻讯而至，杀气腾腾注视博士和比尔。萨克利夫见博士查出水里有水怪，也就不再隐瞒水怪的秘密，坦言自己多年以来利用水怪获取能源，在水怪的帮助下节省了大量能源。萨克利夫觉得自己功大于过，利用水怪造福一方百姓。博士与比尔被萨克利夫囚禁，也许上天也看不惯萨克利夫的行为，冰冻多年的河面竟然开始出现了裂缝，这意味着冰面随时有可能塌陷，在冰面上行走的大人小孩吓得纷纷回到岸上。萨克利夫接到消息不顾危险来到冰面上，所有人都退回到岸上了，冰面迅速开裂，萨克利夫在冰面开裂的声音中坠入水里，享年三十一岁。冰面彻底塌陷，被囚禁在水里的水怪挣脱了铁链，往远方的深水区域游去，消失在了茫茫雾气中。水怪害人事件结束，纳多尔在房间里面走动，听到了门后传来一阵敲门声。纳多尔显然与敲门者认识，他立场坚定提醒敲门者休想从门后出来，无论如何他都不会打开房门。
比尔跟几个伙伴租房子，一行人在中介的介绍下结识了房东约翰。众人在约翰的带领下察看即将入住的房子，约翰出租的房子有好几层，年代久远位置远离市区，不失是修身养性的好场所。比尔对房子非常满意，与几个伙伴一番商议，合伙租下了房子。博士帮比尔搬家，他来到新房外面，听完比尔讲述的房子环境，心里产生了不妙的感觉，直觉告诉他，比尔几人租下的房子有问题。但比不听博士劝告，认定自己租下的房子很正常，不可能有怪力乱神之事发生。晚上，比尔与几个伙伴在客厅休息，众人听到厨房传来了异响，无原无故的声音在宽阔老旧的房子传散回荡，显得诡异阴森，令人头皮发麻。比尔一行人悬紧了进入厨房，打开了一扇小门。门后出现了一张面目可狰的脸庞，众人吓得魂不附体。比尔定睛一看，谢天谢地，虚惊一场，门后的人是博士，由于博士打着手电筒往脸上照，他的面孔在光线作用下显得有些吓人。博士从门后走了出来，向众人解释进厨房的原因，众人租住的房子古老久远，一些设施年旧失修了，博士本着学雷锋做好事的心态，没有向众人打声招呼，悄悄维修老旧设施。夜色已深，比尔准备回房休息，保罗叫住了比尔，大胆地向比尔表达爱意，比尔只把保罗当成朋友，保罗心情失落回房休息。比尔与一个女伴忽然觉得不对劲，两人敲打保罗居住的房门，保罗始终没有回应。除了保罗出现异常情况闭门不出，另一个男伴被困在了墙体表面，比尔与女伴吓得魂不附体，情急之下向博士求助。约翰不知从何处冒了出来，轻轻一摸墙壁，比尔被困的男伴立即消失不见。约翰阴阳怪气看着比尔，提醒比尔该交房租了，比尔哪里还敢跟约翰交谈，吓得头皮发炸转身就跑。房子里面出现了可怕的爬虫大军，这团爬虫大军可以吞噬任何物体。比尔眼睁睁看着身边的女伴被爬虫吞噬消失不见。博士与约翰沟通，弄清约翰在用超自然的手段祸害租客，利用租客的身体养料喂养逝世多年的母亲伊丽莎。比尔与一个女伴见到了皮肤皱得如同树皮的伊丽莎。多年以来，约翰害死了许多租客，伊丽莎浑然不知，以为自己还是活人。博士劝说伊丽莎回头是岸，不能再纵容后代约翰害人性命，伊丽莎在博士的提醒下恍然大悟，弄清自己早就死了。为了弥补后代约翰犯下的过错，伊丽莎控制爬虫大军爬到自己和约翰的身上，两人转眼功夫被爬虫大军吞噬，几秒钟后消失不见，离开了人世。博士再次救了比尔一命，回到秘密基地，与关在暗舱里面的神秘生物谈话。神秘生物不时弄出一些声音，博士充耳不闻，自顾自地向神秘生物讲述怪屋历险经过。
深遂广褒的太空中，飘浮着人类制造的太空站。每到一定时间，太空站的一些设施就需要维护，一对宇航员穿着雍肿的太空服，离开太空舱，来到舱外的通道上维护设施。女宇航员站在过道上，注视不远处的男宇航员工作。几个面目狰狞没有戴头盔的宇航员从天而降，迅速包围女航宇员。男宇航员许久听不到女宇航员通过无线电说话，心里产生了疑惑，扭头往身后看去。身后发生的一幕吓得男宇航员面色大变。地球，大学教室。博士给学生们上天文课，口若悬河讲解在太空中的死亡方式，人类如果不穿宇航服进入太空，三十秒内必定死亡，死状非常恐怖，而且痛苦难受。太空站发生了命案，博士一行三人通过时空机器离开地球，进入太空站。设计复杂的太空舱看不到一个活人，博士三人顺着一条通道向前行走，进入一间类似指挥室的船舱。里面伫立着一个身穿宇航服的男子，尽管男子已经死亡了，但身体却直挺挺伫立不倒，博士猜测是航舱内的引力没有解除的原因，地板牢牢吸附住了男宇航员。诡异的太空站了无生气，凶手有可能潜伏在太空站任何一个角落里面，侍机杀掉进入太空站的活人。死亡的男宇航员离奇地复活了，如同一具僵尸，行动缓慢企图攻击博士三人。博士在紧急关头向男宇航员投去电量棒，男宇航员伸手本能地握住了电量棒，全身立即通电，被明亮的电流包裹，片刻过后再无动静。男宇航员死亡多日，如今竟然离奇地复活了，这让博士三人毛骨悚然。纳多尔察觉到太空站外面有什么东西在晃动，好奇不已来到一面透明玻璃窗往外看去，这一看，不由倒吸一口冷气。不知何时起，太空站的露天通道出现了数名身穿宇航服的宇航员，这些宇航员脸部腐败苍白，明显已经死亡很久了，但他们却诡异地复活了，如同一具具行尸走肉，摇晃着身子向太空站里面走过来，看样子是想取博士几人的性命。博士经过调查，查出了死亡的宇航员复活的原因，原来是宇航服在搞鬼。宇航服拥有智能系统，控制了死亡的宇航员，在太空站内外四处攻击活人，之前死掉的第一批宇航员，就是被智能系统杀死的。比尔也被智能宇航服控制住了，瞬间变成了活死人，歪着脖子与一伙死亡的宇航员向博士几人走了过来。博士急中生智，高声跟智能宇航服交谈，提醒智能宇航服如果杀光了所有人，将会得不到能量供给，早晚也会因为能量消耗无法再运行,说白了，智能宇航服杀害人类等于杀敌一千，自损八百，对自己也没多大好处。智能宇航服进行短暂的思考，没有再控制已经死亡的宇航员，比尔获得了自由，逃过了一劫，惊喜交加与博士拥抱。纳多尔受到感染，面带微笑与博士和比尔搂抱在一起。
在大学里面，有一处秘密禁区，这个禁区无人涉足。博士从太空回来，眼睛失明看不到物体，他摸黑来到禁区外面，对着关在禁区里面的人喃喃自语。千百年以来，博士一直在守护被关在禁区里面的人，此人是个女性，名叫米西,就是博士的宿敌"法师"。上一季法师和博士自戴立克事件分开以后，法师被抓住要被处死,对方要求博士负责对米西执刑，并且发誓守护法师尸体千年,防止诈尸。但是博士想方法保留了法师的姓名,但是却要遵守自己守护法师的誓言.碧儿在家等待好友佩妮的到来，碧儿母亲以为碧儿结识了一个男朋友，社会太乱了，大部份男人对待爱情都不专一，碧儿母亲提醒碧儿交友要警惕。佩妮来碧儿家里作客，碧儿母亲原本以为碧儿接待的是男朋友，如今女儿接待的是一个同性朋友，碧儿母亲松了口气。佩妮在碧儿家里作客，两人谈天说相处愉快，门外忽然传来了异响，碧儿扔下佩妮来到门外一看，一个教皇模样的人正站在门口。碧儿吃了一惊担心佩妮有危险，门口忽然多出了几个男人，这几个男人全部身穿长袍。出现在碧儿家里的是几个传教士，博士与几个传教士见面，在几个传教士的指引下探访一家古老的博物馆。这家博物馆藏放子大量的书册，博士已经双目失明，他找到了一台笔记本电脑，将传输线粘到太阳穴上，获取存放在笔记本电脑里面的信息。碧儿与纳尔多在博物馆里面走动，两人进入一间办公大厅，许多工作人员一丝不苟坐在桌前办公，碧儿弯腰打量几张办公桌，意外发现桌底绑着炸药。一个工作人员劝说碧儿与纳尔多赶紧选数字，碧儿与纳尔多一头雾水，理解不了工作人员的话中之意。工作人员提醒碧儿与纳尔多身处的不属于真实的世界，碧儿与纳尔多还想继续深入与工作人员交谈，场景忽然一变，两人来到了四面皆是白色的空间，地上出现了一些小黑点，怪异的场景让碧儿与纳尔多面面相觑。两人其实进入了一个可怕的外星怪物设计的虚拟程序。博士向回到博物馆的碧儿讲解外星怪物来地球的目的，这个外星怪物掌握了地球上所有的历史，依靠虚拟出来的程序夺取活体的性命，它可以把活体瞬间变为数据。碧儿从博士嘴里得知真相，忽然发现自己的身体开始分解，最后全部消失不见了。不等博士回过神来，外星怪物变成一个身穿红袍的怪物形象，向博士逼近。博士说话吸引外星怪物的注意力，趁其不备拿起放在桌上的一副眼镜。在外星怪物的注视下，博士佩戴上了眼镜，将自己的身体转输进了眼镜里面，通过眼镜逃出博物馆，回到时光机器里面。博士逃出外星怪物的魔爪，来到软禁米西的禁区，跟米西涛涛不绝闲聊。
外星人的科技让地球人望尘莫及，在军方秘密军事基地，竟然凭空多出了一座金字塔。一名军官来到金字塔外面，拔打电话与上级取得联系，汇报所见所闻。在军官看来，忽然出现的金字塔一定与外星人有关联。博士收到军方高层邀请，前往忽然出现金字塔的军事基地，众人站在距离金字塔百米开外的位置，不敢向前一步。外星人不一定是友好的种族，也许会不讲情面杀掉一切靠近金字塔的人类。博士不是人类，已经活了几千年了。他在众人的注视下来到金字塔外面，此时神奇的事情发生了，位于博士面前的金字塔的一面石块忽然翻转，露出了一个小门。显然是金字塔内的外星人向博士发出了友好的邀请信号。博士带着几个军方高层进入金字塔，见到了住在金字塔里面的外星人，这些外星人数量很少，只有几个。他们身穿红袍跟地球上的僧侣装束一样，面孔如同被火烧过一样，焦黑干枯非常丑陋。外星人提醒人类马上就要被灭亡了，如果人类愿意接受外星人的帮助，就能活命。一个长官为了保命同意接受外星人帮助，但外星人看出长官心思不纯，当场杀害了主动提出合作的长官。外星人希望能与心思单纯没有杂念的地球领导合作，博士一行人亲眼目睹一个同伴在倾刻间被外星人化为乌有，人人吓得面如土色，不敢再对外星人说出不敬的话语。外星人弹指之间就能取人性命，博士一行人逃也似地离开了金字塔，寻找对付外星人的办法。外星人给在场之人佩戴的手腕定下了指定的有限时间，在指定的时间内地球人如果不给出答复，地球就会灭亡，外星人将袖手旁观。博士在有限的时间内寻找应对之策，一个叫道格拉斯的科研人员忽然被不明细菌感染，倒在地上转眼功夫化为一滩血水。道格拉斯的一个女同事亲眼看着道格拉斯死亡消散过程，吓得魂不附体。距离地球灭亡的时间已经不多了，三名官方高官经过坚难地思想挣扎，最终进入金字塔一字排开站在外星人面前，如同下属向上级报到，向外星人表达臣服之意。外星人看出三个高官心思也不单纯，并非真心实意屈服，三个高官的结局与最开始丢掉性命的高官一样，被外星人触碰身体，瞬间化为肉渣散落在地上。碧儿目睹了三个同类死于非命，吓得面如土色，外星人对碧儿充满友好，提醒碧儿才是心思最单纯的地球人，只要碧儿屈服，外星人就帮助地球人渡过难关。碧儿已经无路可退，如果她不屈服，结局可能跟三个刚死不久的高官一样，但她跟随博士经历了许多不可思议的冒险，胆量比一般人要大。她在屈服之前要求外星人复原博士的视力。外星人接受了碧儿的要求，在实验室走动的博士忽然发现自己能看到物体了。
外星僧侣霸占了地球各地，许多地球人被外星僧侣的高科技征服，对外星僧侣服服帖帖。碧儿不甘心做外星僧侣的奴隶，她认为地球是属于全人类的，不属于外星僧侣。碧儿找到了藏在一个秘密房间里面的博士，欲与博士联手对付外星僧侣。除了博士以外，房间里面还有十余名士兵。碧儿提议与博士寻找对付外星僧侣的办法，博士表面答应与碧儿对付外星僧侣，背地里却拿起电话听筒拔打了电话给外星僧侣，向外星僧侣通风报信。呼唤外星僧侣来对付碧儿。博士在碧儿眼里一直是正义的化身，千百年以来战胜了许多邪恶，如今博士竟然向外星僧侣臣服了，碧儿惊怒交加。博士已经不再是朋友了，而是敌人，碧儿举起手枪对准了博士。她没有对博士心软，对准博士扣动了扳机，博士中了枪，双手忽然发出黄色光芒，嘴里也喷出了黄色光芒。碧儿吃了一惊，以为博士正在自我消亡，不料博士忽然恢复正常，面带笑容提醒碧儿通过了考验。原来，外星僧侣入侵地球之后，许多地球人都归顺了外星僧侣，只有少部份地球人宁死不肯做外星僧侣的奴隶。博士与房间里面的十余名士兵是为数不多的反抗团队，他担心碧儿也被外星僧侣收买了，故而演戏假装臣服外星僧侣，试探碧儿的底细。如今碧儿通过了测试，证明自己与外星僧侣誓不两立，博士才敢放宽了心与碧儿交流。碧儿与博士商量对付外星僧侣，世间万物都有弱点，外星僧侣也是如此。外星僧侣栖息在一座金字塔飞行器里面，在飞行器的内部有一个发射器，这个发射器可以帮外星僧侣连接全球各地任何一个城市，传递奴役洗脑信息给人类，彻底把人类改造成外星僧侣的奴隶。碧儿与博士一行人进入金字塔里面，往中心区域走去。路上出现了几个外星僧侣，博士一行人使用枪械消灭了外星僧侣。为首的长官忽然叛变，指责博士对外星僧侣不忠心，竟敢闯入外星僧侣居住的飞行器。博士面对长官手里的手枪面不改色，寻找办法与长官周旋。纳尔多趁着长官不注意，开枪打死了长官，救了博士一命。博士一行人进入了金字塔内部的核心区域，里面像是一个演播厅，四面墙上镶嵌了许多屏幕，通过这些屏幕可以看到地球各个著名城市的实时直播。演播厅正中坐着一个外星人，这个外星人陷入到了昏迷中，正在用自己的大脑输送各种信息到屏幕里面，让全球各地的人类看到外星人的信息。博士尝试破坏外星人输送信息，但却失败了。碧儿尝试与外星人的大脑建立联络，外星人的大脑迅速吞噬碧儿的记忆，碧儿在博士的提醒下想起了与母亲在一起的时光，用伟大的亲情记忆与外星人的大脑抗争，最终打败了外星人的大脑，赶走了入侵地球的外星人。
