雷丁顿从西非一名雇佣军头目处得知，柏林雇佣了一个绰号“巴尔的摩伯爵”的赏金猎人。但接替黛安的副检察长和接替库珀的马丁似乎对这点情报并不满意，到目前为止，经过几个月的调查，花费上千万美元，仍不知道柏林的真实身份和目的。伊丽莎白现在也非常谨慎，任何动静都会引起警觉，为了防止被监视，还经常变换居住的汽车旅馆。与雷丁顿见面也更隐蔽，因为伊丽莎白知道，马丁根本不会保护行动小组。雷丁顿告诉伊丽莎白，下一个目标是巴尔的摩伯爵，一名追踪者，此人用非常精密的算法分析数据，通过网络收集目标信息。伊丽莎白让阿兰姆搜索所有数据分析公司职员的信息，发现一名叫罗文·米尔斯的数据工程师的账户有异常变动。罗文承认有笔大额款项汇入过自己的账户。但她对伊丽莎白和莱斯勒说自己并不知情，发现汇款后以为是账户被盗，就立即修改了密码并报警。此外八月份罗文还发现有人登陆过自己的电脑，不知道他们要找什么资料。当晚，罗文的语音信箱里就有了一条警告罗文不许透露任何信息的留言。阿兰姆发现罗文的电脑的确有被入侵的痕迹。但阿兰姆也质疑，雷丁顿根本不使用网络，手机天天换，交易都是面对面谈，巴尔的摩伯爵搜索的目标，很可能是其他人，而不是雷丁顿。通过定位给罗文留言的手机方位，FBI发现一处房间。伊丽莎白在房间内发现了黑进罗文系统的笔记本电脑、一把车钥匙和罗文的多张照片。罗文坚称自己从未到过这个房间，并认为唯一合理的解释就是七年前已死亡的双胞胎妹妹诺拉仍活着。诺拉童年曾被叔叔骚扰，自小性格孤僻，后在私人武装安保公司工作，七年前在国外执行任务时被敌方俘虏，公司认定其死亡。当伊丽莎白还在调查时，雷丁顿却被几个开着军用直升机的武装人员劫持。指挥劫持行动的是以色列摩萨德组织的纳瓦比，她抓住雷丁顿以换取情报。雷丁顿非常欣赏这个聪慧、干练的情报人员。随后马丁赶来，经过交涉从纳瓦比处接手了雷丁顿。阿兰姆分析黑客盗取罗文电脑数据的算法，发现巴尔的摩伯爵要寻找的是一个女人，缩小搜索范围后，仍有两百多名女性在范围之内。雷丁顿从这些人资料里，一眼就看出，巴尔的摩伯爵的目标是内奥米·海兰，因为她是雷丁顿的前妻。罗文正在家中翻看着小时候的照片，突然一个自称马库斯的男人开门进入房间。马库斯让罗文不要惊慌，随后播放《The Ink Sports》的唱片。在歌声中，原本惊恐的罗文慢慢恢复平静，脸上出现坚毅的表情，完全像变了一个人。此时莱斯勒根据搜查到的车钥匙，发现了停在罗文母亲家后院的一辆厢式货车。打开车门，莱斯勒发现了躺在冰柜里的“诺拉”尸体。伊丽莎白等人正在劝海兰接受FBI的保护时，变成另一个人的罗文带着一队人马赶到。海兰被人从眼皮底下劫走，伊丽莎白追出屋外，看到正准备离开的罗文。审问时，罗文根本不知道自己做过什么。在专家分析后得出结论，罗文有解离性精神分裂，身体里的两个性格不知道彼此的存在，一个性格下做的事，另一个性格完全不知情。要找到诺拉，就必须找到触发诺拉性格的钥匙。对被捕的马库斯进行审讯后，伊丽莎白知道了曾经的往事。诺拉被抓后，从敌方组织逃了出来，通过秘密渠道返回美国的家中。诺拉出于嫉妒和羡慕杀死了罗文，希望得到像罗文一样的生活，也由此产生了精神分裂。当晚发生这些时，房间里播放的正是《The Ink Spots》。马库斯与FBI做了减刑交易，交待了藏匿海兰的地点。但当FBI赶到时，海兰已经不见踪影，而诺拉的人除一人重伤外其他人都被杀死。雷丁顿知道活着的人是被留下来传递口讯。果然，伤者说出一个地址“本宁路蓝冠鸦旅店604号房间”。等雷丁顿赶到旅店，只拿到一块嵌有前妻照片的怀表。雷丁顿知道就像当年柏林一样，以后自己会逐渐收到前妻一块块的肢体。伊丽莎白终于通过特殊关系撤销了与汤姆的婚姻关系。伤愈后的库珀重新回到FBI。行动小组又重新正常运转。
已收到前妻一根手指的雷丁顿异常愤怒，失去了往日的冷静从容，对柏林的手下大开杀戮，追查前妻的下落。但这并没有阻止柏林残忍的行为，这一次又送来了一颗牙齿。伊丽莎白也在帮雷丁顿调查其女儿珍妮佛的下落，但线索也只能查到七年前，对现在珍妮佛的情况，毫无头绪。雷丁顿很失望，提出让伊丽莎白调查道格拉斯君主银行。该银行是犯罪份子首选银行，总部设在美国，在63个国家有分行，但犯罪活动仅限于华沙分行。两小时前华沙分行被几个训练有素的人抢劫，虽然银行声称没有损失，但雷丁顿认为他们丢失了所有资产。FBI调查下来，该银行的确涉嫌洗黑钱，但账面干净找不到任何漏洞。库珀相信这次抢劫就是针对洗钱记录，遂派伊丽莎白和莱斯勒前往华沙调查。伊丽莎白和莱斯勒到达现场时，已有一名FBI探员保罗·萨勒诺参与银行抢劫的调查。保罗的态度并不友好。两人在保罗的陪同下与银行副总裁马特·斯特里克兰见面。马特承认并非没有损失，而是损失了40万美元的不记名债券，也很配合的提供银行各种记录资料。莱斯勒发现银行门口有一台交通监控摄像头，调取监控录像后，发现进银行抢劫的是五个身穿连体防尘服的人，出来时却是六个，从身形可以看出多出了一名女性。在调查了银行刷卡记录后，莱斯勒找到被绑架的银行职员是卡娅·托姆恰克。伊丽莎白察觉银行方面对卡娅的情况遮遮掩掩，卡娅的住宅房间内还有监控摄像头，有保镖接送上下班，这与卡娅普通会计员的身份很不相衬。雷丁顿赶到华沙，从贩卖枪支的线人处得到抢劫犯的藏身地点，伊丽莎白和莱斯勒马上前往解救。但出乎意料的是，卡娅并不是被绑架，而是自愿与劫匪离开。原来卡娅拥有超强记忆力，能记住所有洗黑钱的账户和划账记录，所有账面上不能有的内容，都存在卡娅的脑子里。卡娅因此有种罪恶感。正在莱斯勒对卡娅进行审问时，保罗探员掩护一帮武装份子欲抢回卡娅。幸亏摩萨德的纳瓦比出现，帮助伊丽莎白三人脱离险境。但卡娅被流弹击中，莱斯勒立刻帮卡娅止血。在雷丁顿的安排下，伊丽莎白、莱斯勒和卡娅摆脱当地警察围捕，但雷丁顿出于个人目的强行将卡娅带走。被柏林关押的海兰也在积极自救，借上厕所的机会打伤看守逃跑，但还是没能躲过柏林的魔掌。正当柏林准备继续折磨海兰时，雷丁顿打来电话要与他见面。游乐场里，长久以来的宿敌终于见面。雷丁顿告诉柏林，他的女儿并非自己杀害的。告诉柏林这个错误信息的人，一定是别有用心。同时雷丁顿警告柏林，自己已经掌握了柏林在道格拉斯君主银行华沙分行的账户信息，他所有的钱已经被转到一个无法追踪的第三方账户里，要么释放海兰要么让他的钱消失得无影无踪。柏林知道自己处于下风，只能释放海兰。但不甘示弱的柏林说出了伊丽莎白的名字，也知道伊丽莎白对雷丁顿的重要性。这让雷丁顿在以后与柏林的战争中，不得不分出更多的心思保护伊丽莎白。伊丽莎白和莱斯勒两手空空的返回FBI，让库珀大为光火。因为卡娅中弹受伤，雷丁顿必须要找个会护理的人。伊丽莎白想到雷丁顿的美甲师受过外科医生训练，立即通过美甲师找到了卡娅，也了解到雷丁顿用钱换妻子的计划。雷丁顿接到伊丽莎白电话，知道伊丽莎白已经冻结了存有柏林资产的第三方账户。伊丽莎白吸取以前的教训（第一季第七集内容），不想因为一个人而让更多人受到犯罪威胁。雷丁顿知道无法说服伊丽莎白，决定冒险继续与柏林的交易。当晚，游乐场外，雷丁顿给了柏林第三方账户的密码。柏林成功取回自己上千万美元的财产后，释放了海兰。伊丽莎白还是不忍心看到雷丁顿被害，在交易之前取消了账户冻结。卡娅向FBI提供了所有在华沙分行里无官方记录的犯罪份子账户信息。库珀发现调查局居然也在华沙分行有不明款项，这也就解释了保罗探员的行为是为了掩盖这件丑事。纳瓦比向库珀提供了自己对雷丁顿多年调查的情报，条件是加入行动小组。
警方在清理大桥下的流浪汉聚集区时发现被挖去心脏的前富豪保罗·怀亚特的尸体。伊丽莎白在睡梦中突然被惊醒，发现丈夫汤姆拿枪对着自己。汤姆说着让人不解的话，雷丁顿在利用伊丽莎白，只要柏林一死，雷丁顿就会杀了她。汤姆继续说要伊丽莎白去问问雷丁顿，14年前烧伤伊丽莎白的火是怎么回事，到FBI自首的目的等。正在说着，雷丁顿踢门而入，枪杀了汤姆。伊丽莎白再次惊醒，原来只是场梦。住在汽车旅馆的伊丽莎白心神不宁，总疑神疑鬼，甚至怀疑一个去健身房的男子是在跟踪自己而对他进行盘问。而雷丁顿仍在继续着以前的角色，为犯罪份子提供服务，以掩盖自己是FBI线人的身份，也能收集情报。今天，雷丁顿与合伙人尼科商量着，为了与柏林竞争，决定加大对印度尼西亚当地物流公司的投资，以争取印尼政府运营港口的合同。尼科不同意为了与柏林对抗就冒血本无归的风险。但雷丁顿心意已决。尼科走后，雷丁顿问坐在邻桌的伊丽莎白对保罗·怀亚特死亡新闻的看法。伊丽莎白引述了警方的说法，保罗的公司因诈骗而破产，很可能是曾经的客户为了泄愤而这么做。雷丁顿并不认同，他认为是一名做非法器官移植生意的医生詹姆斯·考文顿摘除了怀亚特的心脏用于非法移植给不愿意等捐献又肯出大价钱的人。调查局对考文顿医生做了详细调查，发现这个曾经优秀的医生在一次非法移植手术后失踪。法医在对怀亚特的尸体解剖后发现，被摘除的心脏是怀亚特接受移植的心脏，但怀亚特的医疗记录里并没有接受移植的记录。从怀亚特妻子处了解到，原来怀亚特也是考文顿医生的客户，从他那租了一颗心脏，每年须支付50万美元。现在怀亚特破产付不出租金，所以心脏就被收回。尼科正在和另两个合伙人讨论雷丁顿投资印尼的计划，一个自称柏林的手下瓦尔加突然闯了进来。似乎柏林愿意为尼科提供一个千载难逢的机会，让雷丁顿及他的合伙人们在柏林的名下运营管理。虽然其他合伙人愿意接受，但雷丁顿执意不肯。此后尼科“发现”另两个合伙人在与瓦尔加接触，雷丁顿把这些“叛变”的合伙人处理掉。但其实尼科才是背叛了雷丁顿的人，甚至与瓦尔加密谋杀死雷丁顿。FBI对怀亚特妻子所说的租金支付进行了调查，发现租金是汇入一个叫“光芒基金”的慈善机构。再深入调查，发现该机构曾付给一个叫戈登·阿尔比的医生20万咨询费。阿尔比医生是一名验尸官，伊丽莎白和莱斯勒对他进行询问无果后，向雷丁顿借了卡普兰先生对阿尔比经手的尸体进行检查，发现一部分的内脏果然缺失。有了证据后，伊丽莎白对阿尔比进行正式审讯。阿尔比只能坦白自己是通过中间人提供器官。伊丽莎白和莱斯勒就设局用猪心假冒人心，让阿尔比通知中间人取货。调查人员在跟踪中间人时被发现，随后的追逐过程中，中间人发生车祸当场死亡。在中间人的车上，莱斯勒发现了原定要接受这颗“猪心”的被移植人身份信息，一个贩运武器和毒品的大享，FBI一直苦于没有证据指控他。对这种罪犯只能由雷丁顿出面，得到了与考文顿联系的手机号码。通过定位这个手机号码，伊丽莎白和莱斯勒找到一处废弃的店面，在地下室里发现医疗设备齐全的房间。房间里有躺在病床上的儿童。最里间，考文顿医生正准备为一名儿童做换肺手术。伊丽莎白举枪阻止手术进行，但考文顿不为所动。考文顿告诉伊丽莎白，因为现在医疗制度的缺陷，儿童不能接受成人器官捐献。现在他在用自己的技术弥补这个缺陷，拯救那些需要新器官的儿童。考文顿把从像保罗·怀亚特这样的坏人身上赚的钱，都用在了经营这个地下儿童医院上。伊丽莎白无言以对，说服了莱斯勒让考文顿继续这场不合法的手术。自以为得计的尼科约雷丁顿到秘密地点会面。雷丁顿到达后看到的是尼科和拿着枪的瓦尔加。正在尼科得意洋洋的让瓦尔加动手时，却发现雷丁顿从瓦尔加手里拿下手枪，瓦尔加没有任何反抗。等看到另两名被“处理”掉的合伙人走进来时，尼科才知道自己上了雷丁顿的当，但为时已晚。雷丁顿在向另两名合伙人宣布已与印尼政府签订了港口运营合同后，开枪杀死了尼科。伊丽莎白在旅馆里再次碰到了那位健身的男子，上前为自己当天的鲁莽行为道歉，并得到了谅解。但伊丽莎白不知道，她并没有错。雷丁顿去看望已经康复的前妻，得到的回应却是一记耳光。
雷丁顿为了前妻海兰的安全，一再劝海兰离开原来的城市搬到新的地方生活。但海兰考虑到现任丈夫弗兰克的感觉，拒绝了雷丁顿的建议。而且海兰为了不让女儿珍尼弗步自己的后尘，拒绝说出珍尼弗的下落。雷丁顿知道弗兰克不想离开的真正原因是为了情人。趁海兰休息时，雷丁顿邀请弗兰克一起散步。好话说尽，见弗兰克仍执迷不悟，雷丁顿显出强盗本色威胁弗兰克，对海兰忠诚否则只有死路一条。弗兰克不得不转变态度，劝海兰和自己一起搬到其他地方开始新生活。伊丽莎白向雷丁顿提出要审问海兰，想从她那得到一些柏林的线索。雷丁顿立即转移话题，讲起华盛顿最近发生的七宗暴力伤害案。七名凶手都没有前科，雷丁顿认为是有人在秘密进行有关心理学的精神控制实验。行动小组知道雷丁顿不想让FBI继续调查自己的前妻，但必须要先解决手头这个案子。伊丽莎白于是请阿兰姆收集一下弗兰克和海兰最近几年的通话纪录，以备案子结束后进行调查。伊丽莎白和莱斯勒找到最近一宗暴力案凶手的心理医生，了解到凶手最近总感觉工作不顺，总有人批评她，被他人中伤，与丈夫的关系也逐渐破裂，生活的压力让她产生了报复社会的情绪。其他凶手也发生了类似情况，被人造谣中伤，让他们产生巨大压力。伊丽莎白从这些人的DNA档案里发现他们都有一种特殊基因，俗称极端战士基因。拥有这种基因的人无法排解压力，好斗或有反社会行为。很可能有人在利用这一点制造了这些暴力案件。库珀曾听说过政府有一个“子项目7号”的秘密项目是有关基因的精神控制。于是伊丽莎白和莱斯勒找到相关预算的控制人谢里丹参议员，得到的回答是项目并没有成功。谢里丹参议员为了让伊丽莎白相信项目已经取消，同意提供相关机密资料。在离开参议员办公室时，伊丽莎白与下一位拜访者打了个照面。机密资料里，所有关键地方都被涂黑，根本找不出任何有价值的线索。幸亏纳瓦比知道有个人能破解出这些被涂黑的内容，在雷丁顿的安排下，伊丽莎白终于通过此人看到了完整版的“子项目7号”的资料。从项目资料里，伊丽莎白看到一张当年项目成员的照片，其中一个人似乎在哪见到过。经查，此人是莱纳斯·克里尔医生，当年的实验助理，目前开有一家私人心理咨询诊所并在6家医院任代理医师。交叉对比凶手与克里尔医生发现，这些凶手都曾在克里尔医生任值的医院进行过心理咨询。从克里尔医生在网上发布的心理咨询调查表来看，他似乎在以此标准寻找基因战士的试验品。为了能从克里尔医生的电脑里获得更多情报，伊丽莎白假装一名性格偏激、自残的病人接受克里尔医生的心理治疗。趁克里尔医生暂时离开时，盗取了他的电脑密码。阿兰姆黑进克里尔医生电脑，发现了之前暴力案凶手资料和另一个叫邓肯的年青人资料。行动小组认为邓肯就是下一名基因战士。克里尔医生确实一直在私自继续“子项目7号”的研究。在有了多例成功激活基因战士的案例后，克里尔医生曾拜访谢里丹议员，希望政府能接受自己的试验结果，对国民进行基因筛查。被谢里丹议员拒绝后，克里尔医生在网上假冒一名年青女子与邓肯谈恋爱，后又制造移情别恋的假装激发出邓肯的暴力情绪，并引诱邓肯赶到谢里丹议员演讲的现场。克里尔医生走到邓肯面前，坦言是自己捏造了一个虚拟女友欺骗邓肯。他的目的就是让公众看到邓肯在暴怒下杀死自己，用公众舆论迫使政府重视基因筛选。但克里尔医生的计划被闻讯赶来的FBI打乱，邓肯在伊丽莎白的干扰下只是打伤了克里尔。伊丽莎白上前查看克里尔伤情时，被克里尔劫持。在克里尔准备杀死伊丽莎白为自己的事业做名殉道者时，远处一名不明身份的狙击手开枪打死克里尔。伊丽莎白远远看到，狙击手正是汽车旅馆里的健身男。阿兰姆从弗兰克的通话纪录里发现了其情人的电话。再深入调查，发现弗兰克情人有多个未接电话，是从一个偏僻地点的公用电话拨打的。伊丽莎白按线索找到了海兰，想从海兰处了解雷丁顿与自己的关系，但谈话被雷丁顿打断。雷丁顿安排海兰和弗兰克出发到其他城市生活。伊丽莎白看到其他人离开后，询问那个狙击手是否为雷丁顿工作，并要求此人离开，不要再监视自己。见雷丁顿没有同意，伊丽莎白愤愤离开。雷丁顿知道伊丽莎白一定在隐瞒一些事。伊丽莎白不想让雷丁顿知道的是，汤姆并没有死，而是被伊丽莎白关在一个没人知道的地点。
雷丁顿继续让健身男保护和监视伊丽莎白，这让伊丽莎白很不满，但又想不出办法解决这个问题。雷丁顿告诉伊丽莎白，一个激进环保组织领袖马多克斯·贝克的妻子凯莉·贝克在街头被出租车撞死。该组织被称为“前线组织”，曾多次用恐怖手段阻止污染企业运营。马多克斯为人极端，认为人类是破坏环境的根源，应当把人类从地球上清除。雷丁顿认为很可能是温和派的凯莉与丈夫发生了分歧，而被丈夫害死。这件事让伊丽莎白产生了兴趣。经检查凯莉处于脑死亡状态，身上有多处挫伤，前臂有自卫性瘀伤，应当是与人搏斗造成。最让人吃惊的是，凯莉已怀孕30周，所幸孩子安全。目前凯莉在医院由机器维持生命，直到孩子出生。而且在凯莉的指甲里发现了有700多年历史的粘土。行动小组调查下来，这种粘土是古时作画时使用，上周某展厅正好有幅古油画被盗。但因为这幅画在展厅里最不值钱，所以偷画的目的应当不是用于出售换取经费。行动小组从展厅处了解到当时为了辨别该画真伪，使用了热成像和光谱分析，在油画的下面发现了一些奇怪的线条。库珀和莱斯勒找到美术馆专家寻求解释。专家只说中世纪时造成两亿人死亡的黑死病，即肺炎型鼠疫，被四名牧师带到了世界尽头。在库珀怀疑画里的线条就是地图时，专家否定了这个说法，认为这画一钱不值。但在雷丁顿处，专家却肯定了这是标记病毒所在地点的地图。伊丽莎白才知道，专家收了雷丁顿的钱。当年的世界尽头，现在却是世界上最发达的国家。但马多克斯早已先一步取得病毒，并在同伙的协助下逃脱伊丽莎白和莱斯勒的追捕。在前线组织基地里，马多克斯找人重新培育病毒，放在了简易呼吸器里。一名志愿者为了试验病毒效果，首先吸入了病毒，并在华盛顿导致几百人感染，造成了巨大的恐慌。因为目前根本没有这种七百年前病毒的解药或疫苗，所以很可能有更多的人被感染。FBI从这个首例感染者身上提取到一根动物毛发，确定是试验用白鼠的毛发。根据白鼠供应商提供的发货地址，行动小组确定了马多克斯的实验室地址。在实验室，伊丽莎白、莱斯勒和纳瓦比在电脑里发现了马多克斯打算在全球发动生化攻击的地点，立刻通知航空局提高警戒级别。某机场外，疾控中心隔离了一辆可疑车辆。车外发现的呼吸器里发现了鼠疫病毒。行动小组查到车主购买了单程机票，无行李托运，8小时前订票，根据这个条件搜索到一共有24人很可能是携带病毒的“前线组织”成员。除一人外，其余23人都已经登机。库珀立刻命令通知全球航空部门，隔离这些人乘坐的飞机。伊丽莎白和纳瓦比则出发阻止最后一人登机。机场里，纳瓦比发现了还未登机的感染者。一番追逐后，纳瓦比将感染者推进吸烟室。搏斗中，感染者向纳瓦比喷射呼吸器里的病毒，并夺下佩枪将她打伤。随后赶来的伊丽莎白击毙感染者，并不顾纳瓦比的劝阻进入吸烟室照顾受伤的纳瓦比。要制造解药就必须找到马多克斯手中的原始菌株。正在FBI为寻找马多克斯急得焦头烂额时，雷丁顿已经根据前线组织使用的特殊离网型太阳能设备找到了马多克斯。雷丁顿发现马多克斯是一个伪君子，他在煽动别人为信仰献身时，自己却想与情人佩珀在世外桃源偷生。当他誓言旦旦的与其追随者一起吸入病毒，让他们到世界各地牺牲时，自己却偷偷注射了早已合成出来的解药。但雷丁顿除了拿到解药外，还有另一个目的，就是让佩珀交出了一把钥匙。在注射了解药后，伊丽莎白和纳瓦比转危为安。凯莉的孩子出生，或许她就是为了孩子才想阻止马多克斯的计划。马多克斯和佩珀在FBI赶来前，已经畏罪自杀。疾控中心开始批量生产解药，用于治疗其他被隔离的人群。雷丁顿一直在寻找着炖肉匠战利品相册照片上的女人，皇天不负有心人，终于在一个车管所朋友的帮助下找到了这个叫佐伊的女子。
一直以犯罪为营生的雷丁顿却对突然对保护动物有了兴趣，说服伊丽莎白调查蒙巴特·卡特尔，一个贩卖动物的大鳄，也是偷猎活动的幕后主脑。伊丽莎白调查下来，发现最近几年一些偷猎集团的头目相继失踪，怀疑是蒙巴萨·卡特尔试图垄断非法动物买卖。四天前，在俄罗斯堪察加半岛海岸发现一具被剥皮的尸体，确认为是一名偷猎份子。虽然伊丽莎白多次让雷丁顿撤掉监视保护自己的人，甚至使用替身迷惑对方，但仍旧被一直跟踪伊丽莎白的健身男发现了关押汤姆的地点。健身男原本出于好意，给伊丽莎白一天时间让她自己向雷丁顿坦白。但伊丽莎白却借这个时间派人抓捕了健身男，以避免秘密泄露。为了了解更多蒙巴萨·卡特尔集团的情报，雷丁顿让伊丽莎白冒充一名记者的身份，以揭发蒙巴萨·卡特尔丑闻为借口，采访一个叫杰夫·珀尔的富豪，他一直致力于动物保护。杰夫对伊丽莎白的印象很不错，很快就提供了一条线索，协和进口公司。经审讯该公司负责人张先生，了解到该公司从事野味和濒危动物进出口贸易，涉案金额巨大，但张先生拒不说出与蒙巴萨的关系。这时，在日本北海道海岸又发现一具被剥皮的尸体，其身份同样是偷猎者。雷丁顿利用空闲时间光顾佐伊经营的街头咖啡店，并借机与佐伊结识，为自己下一步计划做准备。阿兰姆模拟潮汐和洋流的数据，计算出两具被剥皮尸体都是在阿拉斯加的锡特卡沿海区域被丢下海。该地区曾有一个激进的地下动物保护组织，之后因一次过激的诉讼导致组织破产并解散。库珀命令查这个组织仍留在锡特卡的成员，并派莱斯勒只身赶往该区域调查。莱斯勒刚到锡特卡就接到通知，张先生被保释不久即失踪，目前FBI正在搜索他的行踪。此外山区有座农场，曾是当年该动物保护组织的聚集地。莱斯勒随即赶往调查。纳瓦比提出被害的两人很可能是通过非公共渠道运往阿拉斯加，伊丽莎白遂让阿兰姆调查两人失踪当天，包括私人飞机在内的航班情况。莱斯勒到达被废弃的农场，看到一名老妇及随后开车而来的妇人的儿子彼特。两人似乎并不太了解以前的动物保护组织。莱斯勒正准备离开时看到彼特的货车后用篷布遮盖，出于职业本能查看了一下，发现居然是被锁在铁笼里的张先生。 彼特从背后偷袭，打晕了莱斯勒。此时，阿兰姆也发现了在两名被害者失踪后不久，当地机场都会有一张特许通行证发生，让一架飞机起飞。在张先生失踪之后，也有同样情况发生。发出特许通行证的三家公司分布不同地方，但同属一家母公司——温迪戈有限责任公司。这家公司在锡特卡地区拥有房产。伊丽莎白等人发现莱斯勒失联，遂与雷丁顿联系，想了解温迪戈公司的情况，但雷丁顿在知道公司名后并未说任何信息就挂断了电话。莱斯勒醒来，发现自己也被锁在囚禁动物的铁笼里，边上就是同样关在笼子里的张先生。两人的耳朵上都被打上了一个标牌。不远处的灌木丛里，彼特叮嘱手里拿着弓箭的弟弟马修，只能射有标牌的“动物”。马修身材高大，从小有智力障碍，却有一个病态的爱好，制作人皮玩偶。他的父母、兄弟为了满足他的爱好分工合作，父亲负责找合适对象，兄弟彼特负责绑架，母亲负责日常照顾，马修则在猎杀目标后将其做成自己的人皮玩具。彼特嘱咐好后，遥控打开了铁笼。莱斯勒和张先生爬出铁笼。两人本想跑出树林求救，张先生却被马修一箭射死。莱斯勒这才知道自己成了猎物，拔下张先生身上的箭，往树林深处跑去。在马修猎杀莱斯勒时，马修的母亲给杰夫·珀尔打电话。原来杰夫就是马修的父亲，前地下动物保护组织成员。知道情况后，杰夫要妻子在莱斯勒被杀后，绝不能像以往一样剥皮、填充，不能留下痕迹。挂断电话，杰夫看到了雷丁顿。雷丁顿知道温迪戈公司是杰夫名下的子公司，这些事必定和杰夫有关。在雷丁顿的威胁下，杰夫只能交出掌握的蒙巴萨·卡特尔的成员和企业名单，供FBI日后调查。莱斯勒看到有一处篝火，几个人围坐在火堆旁，上前才发现都是假人。这些正是马修制作的人偶。莱斯勒脱掉一个人偶的服饰，装成假人坐在火旁。过了一会，马修过来坐下，与这些“朋友”聊天。但莱斯勒手控制不住的抖动暴露了自己。搏斗中，莱斯勒用箭扎伤马修后逃离。此时伊丽莎白等人也赶到农场，带队搜索农场，寻找失踪的莱斯勒。对农场发动攻击，击毙了企图反抗的彼特。房间内，受重伤的马修被母亲扶进灌满水的浴缸，随后母亲也坐进浴缸。在伊丽莎白等人冲进来时，母亲将浴缸边的录音机丢进浴缸，与儿子一起触电身亡。
纳瓦比在参与摩萨德（以色列情报部门）与中情局的行动中，刺杀了一名伊朗核专家。为此，雷丁顿破天荒的找伊丽莎白和纳瓦比同时与自己见面。碰面后，雷丁顿告诉她们伊朗为了报复，已经派出绰号“弯月蛇矛”的杀手。此人不仅是个职业杀手，还惯用计谋。库珀从国防部了解到，值得伊朗实施报复的美国核专家有三人，被称为“云巅”。这三人中任何一人落入他国之手，都能让对方的核技术进步数十年。国安局已为这三人制作了假身份。库珀认为这还不够，应当实施保护性监禁。其中两人已经实施，但剩余的一位阿玛莉亚·柯林斯高级工程师，对外身份是天文物理学家，有一场公开演讲。如果贸然取消演讲，反而引起他人怀疑。伊丽莎白从汤姆处审问出为柏林提供武器的军火商塞万·沃尔科夫。与塞万见面后，伊丽莎白威胁把他列入通缉名单，到时柏林就会杀了塞万灭口。塞万只能答应安排一次与柏林碰头给伊丽莎白创造机会抓住柏林。但伊丽莎白并不想活捉柏林，只想为米拉和库珀报仇，也要为他安排汤姆扰乱自己生活惩罚他。因此，伊丽莎白找到了雷丁顿。虽然雷丁顿愿意帮助伊丽莎白，但对她向自己隐瞒情报来源而不满。刚回到FBI，伊丽莎白就接到通知，国防部发现了一个监视摄像头。通过反监控手段，阿兰姆找到了接收摄像头数据的地点，一处工棚内。伊丽莎白和莱斯勒带队搜查工棚，发现桌上有一名叫约翰·里斯的国防安全服务部探员资料和详细的跟踪情况。莱斯勒怀疑是“弯月蛇矛”想绑架此人以获取“云巅”的情报。于是两人立刻驱车找到里斯，却被人袭击，导致翻车。伊丽莎白本来发现自己在贝塞斯达国家医院里，左手打着绷带，疼痛难忍。莱斯勒则在另一张病床上昏迷不醒。一个自称里韦拉的医生告诉伊丽莎白，她左臂多处骨折，莱斯勒则脑部受伤严重，且车里没有其他人。伊丽莎白要求打电话给总部。里韦拉在病床边装好临时电话，伊丽莎白立即拨打库珀的电话。FBI也接到了车祸报警，库珀派纳瓦比到贝塞斯达国家医院查看情况。此时伊丽莎白电话过来，称里斯被伊朗人抓走，应尽快通知国防部取消柯林斯的演讲，采取保护性监禁措施。库珀通知国防部后，对方居然称国防部并没有叫约翰·里斯的人。从医院了解到的情况也是并没有接收伊丽莎白和莱斯勒两名车祸伤员。伊丽莎白挂断电话后，无意中发现电话上有不明污渍，这似乎不符合这家高级医院的规定。伊丽莎白立刻提高了警惕，试探护士何时给莱斯勒做核磁共振，护士也是随口搪塞。趁病房里没有其他人时，伊丽莎白到莱斯勒床边，看到莱斯勒的病历后都是空白。随后假装到莱斯勒床边关心搭档，引来护士搀扶自己时，偷走了护士口袋里的剪刀。等护士离开，伊丽莎白剪开左手的绷带，看到有三杖钉子扎在手臂里，拔掉钉子后，手臂活动自如。自称里韦拉医生的人就是“弯月蛇矛”，在得到柯林斯的情报后，命令清除痕迹。护士回到病房时，被早有提防的伊丽莎白控制住。伊丽莎白立刻到莱斯勒床边拔掉镇静剂滴管针头，摇醒了莱斯勒，并打晕随后赶来的看守，夺下武器。纳瓦比为了救伊丽莎白主动找到雷丁顿，不顾摩萨德的规定说出一名被摩萨德长期监视的经常协助伊朗袭击活动的嫌疑人阿里·哈山，希望雷丁顿能从他那找到“弯月蛇矛”的线索。见纳瓦比如此有情有义，雷丁顿也告诉了纳瓦比另一个情报，“弯月蛇矛”就是当年害死她弟弟的瓦利德·阿布·西塔。伊丽莎白和莱斯勒从医院走廊出来才发现原来是在仓库里的一个布景。正在仓库里寻找出路时，从哈山处得知仓库地址的纳瓦比已经带人攻入仓库，解救了两人。等众人赶到会场时，才得知柯林斯已经失踪，库珀已经下令封锁会场所在的酒店。正在指挥与会者返回酒店内时，伊丽莎白发现一名侍者正推着一个放有旅行箱的行李车离开。伊丽莎白产生怀疑，立刻上前阻拦。伪装成侍者的西塔见状丢下行李车，在同伙的协助下逃离。伊丽莎白和莱斯勒检查旅行箱，里面正是被绑架的柯林斯。西塔回到哈山家准备下一步方案时，碰到守株待兔的雷丁顿。雷丁顿把五花大绑的西塔交给了纳瓦比，自己则按伊丽莎白的通知赶往塞万安排的与柏林见面的地点。西塔暗示纳瓦比的弟弟并非像纳瓦比想象的那样是因为人体炸弹而死，却又不多说。自以为可因此活命的西塔，仍阵尸河道。柏林见到雷丁顿很惊讶，更让他吃惊的是雷丁顿带来了他一直以为已死亡的女儿佐伊。
四个月前，伊丽莎白把受伤的汤姆秘密送到一艘停靠在岸边的废弃军舰上，由军舰的看管人史蒂文负责看守。史蒂文原本是米拉的线人，愿意帮伊丽莎白找到谋杀米拉的原凶柏林。在这几个月里，汤姆几乎把知道的都说了出来。雷丁顿从佐伊那知道柏林的原名是米洛斯·基尔霍夫。此时米洛斯看着女儿佐伊，不知道说什么好。现在他也知道雷丁顿的话是对的，自己被人利用了。现在米洛斯和佐伊两厢映证，米洛斯入狱收到“女儿”尸骨，仇恨被引向雷丁顿；而佐伊被人以避免受她父亲迫害为由逃出苏联。这个人被称为“十二月党”。雷丁顿决定与米洛斯一起寻找这个十二月党。废弃军舰上，史蒂文不同意伊丽莎白放走汤姆，担心汤姆被FBI发现后，伊丽莎白和他自己都免不了牢狱之灾。此时港务局长尤金按到举报，有人非法闯入，因此上船查看。伊丽莎白顺着口风自称就是前来搜捕逃犯，打发走了满腹狐疑的尤金。尤金还是在伊丽莎白离开后，趁史蒂文疏忽进入废弃军舰，发现了被囚禁的汤姆。伊丽莎白得知雷丁顿居然要与柏林合作，非常气愤。雷丁顿告诉她，“十二月党”才是真正的幕后黑手，才是杀死米拉和伤害库珀的真凶。FBI通过调查柏林提到的当年一起刺杀苏联保守派领导人的爆炸案，发现制造爆炸的嫌疑人是一个叫基里尔·莫罗佐夫的人，原克格勃，现俄罗斯财政部长。此人可能就是“十二月党”，但司法部否决了FBI对国外政要进行调查的要求。库珀对司法部的决定很不满，于是暗示伊丽莎白把这个信息告诉雷丁顿，进行非官方调查。雷丁顿得到消息后，立刻与柏林启程前往莫斯科。伊丽莎白接到史蒂夫的电话，立刻赶到关押地点。港务局长尤金已经被史蒂夫打伤，伊丽莎白想放走尤金，再转移走汤姆。但史蒂夫怕港务局长会报警，汤姆也认为这么做只会让伊丽莎白进监狱。汤姆为了向伊丽莎白表明自己还关心她，杀死了港务局长。伊丽莎白想上前阻止，却被史蒂夫挡住去路。情急之下伊丽莎白拔枪射穿史蒂夫的脚，却也没能救下尤金。雷丁顿和柏林在酒店里劫持了莫罗佐夫，他承认是有人授意自己制造爆炸并诬陷雷丁顿，这个人就是菲奇，真正的“十二月党”。雷丁顿万万没想到，这个与自己合作或者说相互利用的人，居然会是整个事件的幕后黑手。他一定要赶在柏林之前找到菲奇。还在会议中的菲奇看到雷丁顿送来的紧急暗号，立即离席与雷丁顿见面。菲奇承认，当年雷丁顿失踪前偷走了对他和利益集团不利的信息，因此而派了很多杀手要除掉雷丁顿。但在双方达成互不干涉协议后，菲奇要求那些杀手暂停行动，只有柏林被仇恨所困，拒绝执行暂停命令。现在知道真相的柏林誓要杀死菲奇，但没有菲奇的保护，一向支持铲除雷丁顿的其他利益集团就会找人干掉雷丁顿。现在两人就像拴在一根绳上的蚂蚱。可菲奇还是被冒充国安局人员的柏林手下绑架。正在行动小组调查时，已经知道汤姆情况的雷丁顿找到伊丽莎白，认为她仍对汤姆心存爱意。但现在不是追究这些的时候，雷丁顿想知道汤姆有没有交待过柏林曾经的安全房及联系人的所有信息，想借此找到被绑架的菲奇。在目前情况下，伊丽莎白只能与汤姆达成协议，释放汤姆，汤姆则通过内部联络方式取得安全屋的地址。为了安全，伊丽莎白找来了莱斯勒。汤姆通过电话联络后，把安全屋地址交给伊丽莎白，自己则消失在街头。莱斯勒虽然很纠结，但也没有阻止。FBI突袭柏林的安全屋，救出了菲奇，但菲奇的脖子上已被套上一个很复杂的炸弹。出于安全考虑，菲奇被送到黑牢的集装箱式监禁室内。为了解除炸弹，雷丁顿利用佐伊引出了柏林。但柏林并不知道解除炸弹的方法。自知命不长久的菲奇，让仍在努力的拆弹人员退出监禁室并要求在无监控的环境下与雷丁顿交谈。库珀关闭了监禁室的监控监听设备。隔着监禁室大门，菲奇告诉雷丁顿，自己努力说服了其他人延迟对付雷丁顿，但那些人怀疑雷丁顿手里并没有能钳制他们的“支点”，认为雷丁顿一直是在虚张声势。菲奇建议雷丁顿与米彻姆和霍布斯谈谈，或许能改善情况。最后菲奇称有一个保险箱，密码是83044，自己妻子的生日。正在说地址时，炸弹爆炸，血污溅满大门。愤恨的雷丁顿与柏林饮尽一瓶伏特加后，对着柏林当胸几枪，也算是为自己、为伊丽莎白、为米拉讨了个公道。伊丽莎白向雷丁顿坦白自己根本无法下手杀死汤姆，雷丁顿安慰她，理解爱情是无法控制的。但伊丽莎白不知道，汤姆没有说自己与雷丁顿之间的事。雷丁顿为汤姆提供了出逃用的新身份，条件是汤姆不再与伊丽莎白见面。
香港媒体报导，FBI的头号通缉犯雷丁顿因一起谋杀案在香港被捕，并被引渡回美国。而此时雷丁顿已经被送到白令海峡某处伪装成石油平台，代号为“工厂”的秘密监狱。伊丽莎白相信，雷丁顿故意暴露自己被捕，一定有目的。库珀认为，雷丁顿敢进这个号称“间谍屠宰场”的顶级监狱，一定是为了联系某个监狱里的人。雷丁顿见到典狱长，称一名叫卢瑟·托德·布拉克斯顿的囚犯计划越狱，同时他会窃取一份机密情报数据包，里面包括威胁国家安全的重要情报。但典狱长并没在意，只向上级汇报，未采取防范措施。行动小组还在进行调查时，卢瑟已经在内奸的协助下开始了越狱行动。控制住看守室后，打开其他监室，放出自己的同伙，进而全面控制监狱。此时伊丽莎白等人已乘直升机到达“工厂”，想从雷丁顿处得到更详细的情报。飞机刚着陆，莱斯勒和纳瓦比就沦为卢瑟的阶下囚，伊丽莎白侥幸逃脱。谈判专家失败后，库珀只能亲自与卢瑟对话。伊丽莎白潜入监狱，正好撞到雷丁顿。雷丁顿告诉伊丽莎白，卢瑟的目的就是为了取得“支点”。支点是一份勒索档案，能证明一些一直处在幕后的利益集团的存在。如果档案被公开，一些权贵就会下台甚至被处决。监狱里有支点的重要线索，雷丁顿就是来阻止卢瑟的。伊丽莎白想帮助雷丁顿，却被拒绝。雷丁顿要求伊丽莎白马上乘直升机返回，自己想法营救莱斯勒和纳瓦比。倔强的伊丽莎白同样拒绝了雷丁顿，坚持要先救出搭档。雷丁顿在监狱里找到几个可以帮助自己的熟人，分析下来卢瑟一定会去服务器机房查找信息。要阻止他就得从通风管爬进机房边的锅炉房，再修改程序，让锅炉超载炸毁机房。但卢瑟也已经在监控系统发现了雷丁顿等人。卢瑟联系上库珀，索要监狱危急情况下由中情局主机自动生成的救援代码。有了这个代码卢瑟就能自由进出监狱的任何地方及访问监狱服务器，通过服务器就能登陆政府网络，获取自己想要的情报。虽然知道代码的重要性，但库珀还是为了纳瓦比的性命，说出了代码。卢瑟立刻派人登录服务器侵入了网络。这次事件发生，也让那些利益集团发现雷丁顿并没有“支点”，完全不用再害怕他。最后，他们做出决定，摧毁“工厂”。既能除掉雷丁顿，又能防止支点泄露，一举两得。随后两架F-22从基地出发，飞向“工厂”。此时锅炉房内，为了让锅炉超载必须要手工操作，直到锅炉达到得需压力，但操作人只有十几秒时间逃离爆炸范围。其他人都不愿意，只有伊丽莎白和雷丁顿来操作了。他们一边操作，雷丁顿一边告诉伊丽莎白自己的处境，还称没有伊丽莎白，卢瑟就得不到“支点”。伊丽莎白来不及细问，就被卢瑟的人发现。在枪林弹雨间，雷丁顿完成了最后几步操作。锅炉房发生爆炸，服务器被毁。随后赶来的卢瑟手下抓住了伊丽莎白，将她带去见卢瑟，却没发现昏迷倒在废墟里的雷丁顿。清醒后的雷丁顿在典狱长室找到枪械，只身穿过已经完全去控制的监狱区，营救伊丽莎白。任务失败的卢瑟不想多纠缠，派人去拦截雷丁顿，并通知处死所有人质。雷丁顿一路杀来，打伤卢瑟，救下伊丽莎白。卢瑟对雷丁顿说自己知道20年前发生的事，知道那场火灾和那个女孩。突然卢瑟意识到雷丁顿很在乎眼前这个女人，可能她就是20年前的那个女孩。此时，F-22到达“工厂”上空，发射两杖导弹。“工厂”陷入一片火海。
“工厂”里一片狼籍。爆炸让莱斯勒挣脱束缚，打跑看守，救下了纳瓦比。雷丁顿从瓦砾中爬了出来，伊丽莎白却已经被卢瑟带走。直升机上，伊丽莎白听到卢瑟所说的话，才知道自己脑袋里有卢瑟想要的东西。直升机在阿拉斯加的一家医院降落，FBI随即监测到该飞机从“工厂”到医院轨迹，立即要求空军司令部派人确认。确认的确为卢瑟的人马后，库珀命令获取该地区所有监控摄像头的控制权。同时海岸警卫队也收到“工厂”里雷丁顿通过无线电发出的求救信号。求援飞机立刻前往救助幸存者。卢瑟把伊丽莎白带到自己的地盘，动用水刑拷问“支点”下落，仍一无所获。但卢瑟并没有死心，他相信伊丽莎白是被人封闭了部分记忆。为此，卢瑟绑架了曾消除过自己记忆的神经科医生塞尔玛·奥查德的儿子，胁迫她去恢复伊丽莎白的记忆。此时雷丁顿用搜缴来的手机联系上卢瑟，警告他及时收手。卢瑟得意忘形的称会把伊丽莎白脑子里的记忆挖出来。挂断电话后，雷丁顿立即让FBI调查所有与卢瑟有过接触的精神类专业人员。利益集团的首脑们对这次行动失败非常懊恼，几个关键人物都还活着，只能让官方宣布是某营地遭敌方袭击，起因是雷丁顿被转移至该营地且现已失去雷丁顿行踪。同时他们也派出支人马寻找“支点”。等莱斯勒和纳瓦比回到FBI，阿兰姆也已经查到塞尔玛医生的信息。根据记录，塞尔玛医生曾帮卢瑟消除过记忆，以治疗战争创伤。莱斯勒和纳瓦比赶到医生家中，发现塞尔玛和她的儿子已经失踪，也找不到任何他们去向的线索，只能在目击者提供的大致方位进行搜索。雷丁顿也在寻找卢瑟的踪迹。他招集了卢瑟的所有线人、合伙人，威胁他们在接到卢瑟求助时要立即与自己联系，否则就取他们的性命。塞尔玛医生已经开始使用催眠加药物的方式，尝试提取伊丽莎白26年前那场火灾的记忆。看到伊丽莎白痛苦的模样，塞尔玛除了说抱歉，其他也无能为力。在自己记忆里，伊丽莎白看到4岁时的自己在火灾当晚躲在衣橱里，外面隐隐传来争吵的声音，似乎有人在找“玛莎”。伊丽莎白走出衣橱，隐约看到自己的父亲。但随着情绪越来越激烈，伊丽莎白的心跳、血压也越来越高。塞尔玛医生不得不注射镇静剂，暂停实验。莱斯勒从目击者处得知卢瑟曾找过两名医学院的学生。而雷丁顿则从线人处得知卢瑟要找一个偏僻的地方与某人见面，线人也提供了地址。卢瑟要求晚上九点前得到伊丽莎白所知道的事情。塞尔玛只能继续实验，伊丽莎白也想通过实验知道火灾当晚到底发生了什么。记忆中，伊丽莎白只感觉到有人在为“支点”争吵。与卢瑟见面的人正是利益集团的代表。卢瑟答应在九点前将“支点”交给他们，但为了报复之前受导弹攻击，价格增加了10%。见面结束，卢瑟走出来看到早已等着他的雷丁顿。在嘲笑了卢瑟不听劝告后，雷丁顿叫卢瑟上车，带自己去藏匿伊丽莎白的地点。莱斯勒和纳瓦比也找到了为卢瑟提供精神药物的医学院学生，对方交待出送药地点。正要出发去救人时，已先行找到伊丽莎白的雷丁顿打电话，让莱斯勒带人去解救塞尔玛被绑架的儿子。沉浸在记忆中的伊丽莎白想去看看房间里是谁在与父亲争吵，却被雷丁顿的声音阻止。挣扎中只听到一声枪响，随后就是对大火的记忆。大火中，童年时的伊丽莎白拎着一只玩具兔子，看到父亲倒在血泊中，几个人匆忙离开，其中一人正是雷丁顿。塞尔玛的儿子被及时解救，送回母亲身边。清醒后的伊丽莎白，医护人员检查下来并无大碍。伊丽莎白知道雷丁顿当晚在场后，认为雷丁顿接近自己、关心照顾自己是另有居心，不愿再理会雷丁顿。与卢瑟见面的利益集团代表回家，看到挂在吊灯上卢瑟的尸体。雷丁顿以此警告利益集团们不要轻举妄动。而塞尔玛在事后告诉伊丽莎白，从她的经验来看，以前有人想屏蔽伊丽莎白对火灾时的记忆。能说出真相的人，只有那个想让伊丽莎白忘记真相的人。伊丽莎白回家翻出小时的物件，希望唤回记忆，却在珍藏多年的小兔玩具里发现了一个芯片。
