作为领航的第一集，每个主角的出场，都张显了各自的特色。 Angela，因为接机迟到，在机场显示屏无法显示的情况下，抛胸色诱机场管理员。 Temperance，机警的反应，在机场痛揍保安，在保安打开她书包的时候，用那个骷髅头“bon"一声差点吓”死“保安，然后被保安认为是心理变态，只因为bones拿着死人头骨被保安审讯时候，没有汗流浃背。 Booth，利用FBI职权，扣留TEMPERANCE，希望她接手案子，和他合作。 BB两人从机场，一路的争执和讨价还价中，间接对ZACK身份和个性的介绍。 都让人感到一种同一般犯罪片不同的气氛，少了一些压抑和受害者带来的阴暗面，多了一些粉色的，主角之间的情感互动。 案情： 在国家墓地的水池里，发现一具高度腐烂的女孩遗体，初步认为是一个年轻的会打网球的南非及白人混血。在angela重组了受害者面容之后，确认是2003年失踪的，和参议员闹绯闻的女孩儿eller。死因--被利器刺杀，然后被凶手用锤子重击头部4-5次，以及用刀削掉了指纹，只因为凶手不愿eller被认出。并在头骨里面找出带有特定硅藻泥的水泥。而且eller已经怀孕 最后根据硅藻泥，找出凶手，是参议员的助手，同时也是eller当时的男友。因为eller怀了参议员的孩子，而威胁到他自己的前途，而杀了eller。
美阿友好联盟领导人hamid，驾驶着自己的suv在一家咖啡馆门口爆炸，被怀疑是恐怖袭击，为了不引起政治问题，Bones被要求，确定死者身份（希望不是hamid，而避免政治风波）。然而死者被确认为hamid，并且通过头骨的不完整性，以及骨质，确认死者患有类似红斑狼疮的免疫系统疾病，而导致患病的，是因为死者弟弟是恐怖主义信仰者，为了制作破坏性极大的污染炸弹，而间接的感染了自己的哥哥，为了不让自己的计划泡汤，而谋杀了自己的哥哥。并在集会场合，要引爆炸弹的前一秒，被booth精准的枪法击毙。
贵族私人学校假期结束之际，发现了貌似上吊自杀的男孩遗体，经过身份鉴定，是委瑞内拉大使的儿子，因为先天残疾，植入了内置耳蜗，从而根据上面的序号，确认了身份。而学校因为自身利益，希望尽快确认这个案件是自杀，而bones却因为遗骨证据以及大使对她的一番母性感触的陈述，让她认定这是一起谋杀，虽然中间因为证据原因，而一度让她怀疑自己的判断。但最后，认定是和男孩儿有性关系的女孩儿及男孩儿室友，为了阻止男孩儿把他们用作敲诈勒索的性录像带给校长，而用过量安眠药药倒男孩儿，然后吊到树上，企图以自杀的假象掩盖谋杀的事实。
女兽医和印第安护林员在解剖被偷猎的黑熊时候，在黑熊体内发现了一只腐烂的人手，为了确认死者身份（就通过那只手），而请来了bb，在美国偏僻的小镇，最大的经济收益，就是靠旅游，而在bb追查线索的时候，发现另一名寻找失踪者的寻人启事，寻找一名来此远足的希腊女孩。 经过对残骸的验证和bb不懈的查证，在残留的皮肤上找到tattoo，从而确认残骸属于一个叫做adam失踪十天，想做护林员的大学生。 通过对黑熊粪便的分析，以及对残骸的进一步观察，认为是一个食人狂作案，并找到了可能的案发现场，发现了一种古老的印第安祭祀场地，仔细观察之后，发现一切都变得十分的诡异。 就在祭祀场地旁边，找到了失踪的受害者--少了一只手的adam，和心脏失踪的希腊女孩儿。 通过对希腊女孩的遗骨检测，确认了凶手是镇上的外科医生。因为食吃生人肉，而导致精神错乱，或者因为精神错乱，而导致食吃生人肉。
个人总是不习惯犯罪篇中，受害者是很小的孩子，就一如angela因为受害者是个6岁的孩子而对自己是否能够继续胜任工作产生怀疑，zack需要在bones的引导下，完成对遗骨的处理和分析。 面对那么小的一幅遗骨，任何人，都会痛恨伤害他们的凶手。 案情： 商场后的灌木丛里，发现一具被野狗，昆虫高度损坏的小孩遗骨，初步估计，是失踪了的六岁男孩charles，而charles患有遗传性低磷血症，从而导致异常的脆骨，和发育不平衡。最后查出，是患有恋童癖的邻居利用charles同样被领养的哥哥sean诱拐了charles，在侵犯charles的时候，为了不让他哭出声，而用膝盖压住胸骨，从而导致胸骨断裂，造成死亡。在逮捕了凶手之后，还查处，他不光对charles有侵犯行为，对自己的儿子也一样有虐待和侵犯行为。
难得出门狂欢，在被angela带到disco狂欢的时候，居然还能发现藏在disco墙后的风干掉的现代木乃伊，鉴定过程中，确认，死者是 disco原dj，死因是因为被带有海洛因的塑料袋，蒙住脑袋窒息致死。并且，死者的“女友”失踪了，最后在disco另外一个dj的音乐室，找到了失踪女友的尸体，通过对遗骸的检测，认定凶手是disco的老板，而通过手杖将其定罪。
曾和BOOTH有过一段感情的年轻女律师AMY，一周前接手为一起谋杀案的嫌疑人EPPS辩护，EPPS7年前涉嫌谋杀十七岁女孩APRIL被BOOTH逮捕，两审被判处死刑，而AMY找到BOOTH时距离执行日期已经不到24小时了，AMY坚决反对死刑并认为EPPS是无辜的，在之前辩护过程中，证据里有一根不属于EPPS的阴毛没有被确认，而两次审判的陪审团和法官都没有将其列为考虑证据，所以她希望BOOTH和EPPS面谈，从而改变观点。而BOOTH为了AMY，希望BONES帮忙重新验尸。在周末的24小时里，三个人周旋于法官，实验室，嫌犯中间，在执行的头半个小时，找到了可以延缓执行的证据，然而，并非证明EPPS清白，而是证明了看起来无害的EPPS实乃涉嫌杀害多名女子的连环冷血杀手，介于美国司法体制，EPPS的死刑最终得到延缓，以便继续调查。然而对于理想主义的AMY，以及面对更多受害者的BB，都是一个无法轻易接受的事实。
案情简单，而且破案速度堪称两个季度中最快的，不到20分钟，就找到疑犯，整集其实着重描写的，是以案子为媒介，brennan和她突然来拜访的前任男友+前任导师关系的变化。 FBI从丢置垃圾的山谷里找到了一个旧冰箱，其中发现了腐烂的尸体，而与此同时，bones的前男友兼人类学导师前来拜访她。作为同样优秀的法医人类学家，两个人以一种既暧昧又竞争的关系相互较劲着。开庭之时，bones发现前男友前来的目的果不单纯，着实可恨。
圣诞节了，实验室里面都洋溢着温馨的圣诞气氛，所有人为了圣诞晚会都盛装打扮，而bones则为怎么都不愿意去参加，因为圣诞节对于bones来说是一段伤心地回忆，她的父母15年前，就是在圣诞节前夜失踪了。 一个50年代建造的防空掩体里面发现了一具遗骸，警方认为是谋杀。在死者的口袋里，找到了两张去巴黎的单程机票，而那家航空公司，在60年代已经破产了。 为了尽快确认死者身份，bones要求所有人留下对尸骨作初步检查。 就在zack对尸骨进行锯片分析的时候，切割扬起的骨灰，触发了实验室生物污染的警报，bb，angela，goodman，hodgins，zack都被锁在了实验室里。 原来遗骨携带溪谷热的孢子真菌，所有人都要被强行留在实验室直到确认没有人被感染。 根据死者手提箱里的收藏硬币，以及一张裁缝店的提货单，确认了死者的身份，lionel littel， 1958年11月7号，在裁缝店现金预订了他的结婚礼服，可是之后，就没有出现过。 goodmann根据手提箱里一打热情洋溢的情书，推断出，lionel的情人是一名黑人女性，而白人与黑人恋爱，在那个年代的美国是违法的。
洛杉矶国际机场，找到了零散的尸体，因为尸体被山狗咬得七零八碎，并且在国际机场范围内，所以fbi插手调查，当然了，booth就需要bones去帮他鉴定受害人身份。 阳光灿烂的洛杉矶，盛产美女，而这些美女的美丽，却不是全部都100%天然的，受害女孩就是一个经历了无数次整容的高级公关妓女，因为同行的女友，嫉妒她，而痛下杀手。 案子十分简单，但却带出了一系列令人深思的社会问题，就像bones说，是什么样的人，对自己的容貌憎恨到了这个程度，要把所有自然骨骼特征都消除，以至于，被谋杀之后，让别人都无法鉴别出她的身份，bones就一名法医人类学专家的角度，批判了日益盛行的人工整容。
