Booth蒙冤入狱，Brennan和杰斐逊学院团队竭尽全力帮助他逃过此劫。但是要想让Booth顺利出狱，他们首先要洗清他的罪名并查清这起案件背后的真相。导致Booth入狱的案件与政府阴谋密切相关，而一具16年前死亡的尸骸有可能成为破解迷局的关键。与此同时，Booth在监狱里的日子很不好过。即便他能够出狱，他还将面对一个政治野心很大的FBI探员（John Boyd）的挑战。在等待审判的过程中，Booth意识到他所在的监狱里关押了许多他亲手逮捕的罪犯，危险无处不在。另一方面，众人惊讶地发现Daisy怀上了Sweets的孩子！
为了揪出陷害Booth的幕后黑手，杰斐逊学院团队在特别探员James Aubrey的帮助下继续调查这起联邦政府历史上最大的阴谋案。有证据显示，这起阴谋可以一直追溯到J. Edgar Hoover（现代联邦调查局的创始人）时代。调查组在先前一名受害人的身上发现了与这起丑闻有关的DNA证据，这使得他们成功缩小了嫌疑人名单，或许案件真相很快将大白于天下。Lance Sweets在首集中不幸遇害，第二集将重点描述杰斐逊学院团队的所有成员如何表达内心的悲痛之情（当然，也包括Daisy）。「他们将以自己的方式举行葬礼。」即便是在这种令人伤心的时刻，该剧仍然保留了黑色幽默。终有一天，Booth会恢复元气，重新变回那个幽默的、爱唠叨的自我。但是在那之前，他和Brennan必须以最痛苦的方式向Christine解释「Lance叔叔去哪儿了」。
在实习助手Rodolfo Fuentes（Ignacio Serricchio）的帮助下，杰斐逊学院团队开始调查一名有争议的保守派电台主持人的谋杀案——他的遗骸被人抛弃在一条雨水沟里。调查组通过调查受害人的「业余活动」发现了一些惊人的证据，这使得他们很快缩小了嫌疑人的范围。与此同时，特别探员James Aubrey（John Boyd）竭尽全力赢得Booth的信任。Brennan担心最近发生的一系列事情会影响Booth的心理健康。
游戏设计师海耶斯遇害，他残缺的尸体被河水冲上岸边，哈金斯通过实验找到凶手抛尸的地点并寻回死者的双臂。安琪拉破解了死者电脑，她发现海耶斯与室友诺亚的女友克洛伊有染，谁料克洛伊是个虚构人物。众人根据尸体上的创伤锁定凶手是诺亚前女友安妮，海耶斯创造了克洛伊令二人分手并控制诺亚。愤怒的安妮杀了海耶斯，她假扮克洛伊在网上和诺亚提出分手以此达到独占爱人的目的。
布伦南在法医大会上演讲时火警铃声突然响起，众人在楼梯里发现一具正在被大火焚烧的尸体。死者莉奥娜曾盗取哈金斯的设计并在大会前与他发生争执，证据显示哈金斯是嫌疑人之一。哈金斯查到死者在前一夜曾与法医大会会长爱德华一起用餐，爱德华坦白二人有私情，会长的前任情人法医小说家泰丝走入警方视线。哈金斯找到凶器，真凶法医专家卡特被捕后交代死者勾引他意图盗取自己的设计。 04:51 法医大会生变故 人体遗骸遭焚烧 13:48 死者盗取己设计 哈金斯惨遭怀疑 25:53 会长卷入谋杀案 偷情死者见天日 38:38 法医专家终落网 死者贪婪惹祸端
识骨寻踪 第十季 06亚裔女佣明容被害，她的男友宋德朴杀了明容有虐待癖的父亲逃至美国，明容为了寻找男友而来却受骗被贩卖。布兹深入调查查获了人口贩子维克多的老窝，受害的多名亚裔女性讲述了自己家人被威胁的经历。明容的雇主因贩卖人口被捕，被贩卖的塔米为了不被明容拖累无奈将其杀死。阿莱斯都的论文没有通过，凯姆试图帮他向布伦南说情。阿莱斯都对于凯姆逃避婚姻和保护自己的行为不满，两人解开心结重归于好。 17:05 中介牟利贩人口 亚裔女性遭囚禁 20:52 悲惨女人诉辛酸 人贩威胁伤亲人 35:17 憎恨死者连累人 塔米护女杀明容
股票交易人托比的遗骸在破旧的旋转木马下被发现，凯姆填补头骨血肉确定了死者身份。安琪拉创建虚拟犯罪现场并推测凶器之一是烛台，随后布兹拘捕了疑犯妓女，妓女交代自己在案发当日因钱打伤托比但否认杀人。托比的上司梅森因涉嫌证券欺诈而被捕，他的办公桌上显现血迹。布伦南在死者碎掉的骸骨里发现翡翠粒，托比的同事布莱尔落网，他承认自己发现托比偷老板的钱便失手将其打死。 20:42 豪车美女大款多 淫秽派对吸毒品 32:37 梅森欺诈遭逮捕 办公桌角血迹现 36:24 暴躁布莱尔落网 维护忠诚杀托比
著名字谜大师劳伦斯横尸水坑，遗骸被坑中的酸液严重腐蚀。即将临盆的黛茜回归实验室，她沉迷于助产师瓦伦缇娜的虚幻言论中。布兹对其他字谜游戏玩家进行调查，黛茜则发现劳伦斯生前已患上老年痴呆，劳伦斯的助理趁老板患病之际偷他的钱帮自己还赌债。黛茜羊水突然破裂被送入产房，她在紧急关头将所有线索联系起来帮助布兹抓住了真凶。劳伦斯的儿子埃默里归案，斯维茨和黛茜的孩子终于顺利出生。 21:01 创作字谜遭窃取 室友愤怒发恐吓 30:32 老板身患痴呆症 助理偷钱还赌债 32:22 黛茜诞下遗腹子 生产过程趣事多 37:55 不知大师患重病 真凶失手弑亲父
心理学教授兰德尔的遗骸被发现丢弃在各处的垃圾箱中，布兹被困在网络交规课中无法脱身，于是布伦南与奥布里组成了搭档。受害人生前对他的学生进行了倍受争议的实验，其中一个学生因此性情大变。哈金斯的自制实验确定了死亡时间，奥布里很快就找出了作案凶器。调查过后真凶终于落网，作案原因却是误杀。布雷在治疗中对一名护士产生好感，他因顾虑自己的癌症而十分矛盾。 14:42 绣球花吸血变色 哈金斯献身命案 27:03 艺术雕塑成凶器 昔日情人变嫌犯 40:08 爱鸟毒猫误杀人 真凶肢解抛尸块
在上世纪五十年代的好莱坞世界里，布伦南成了一名洛杉矶警局的侦探，变身为珠宝大盗的布兹被诬陷谋杀富家女布拉加。布伦南面对严重的性别歧视问题被身为局长的父亲停职，于是她与布兹暗中合作调查真相。教授哈金斯发现死者或许另有其人，布兹将此事告诉花花公子奥布里却陷入另一桩命案。布伦南查出真凶就是女佣凯姆，她前去抓捕却被困成了人质。布兹英雄救美力挽狂澜，他与布伦南互生爱意。 27:39 花花公子遭灭口 布兹无辜变嫌犯 32:06 女仆弑主偷珠宝 搭档擒凶反涉险 37:04 英雄救美传佳话 飞机搏斗杀人犯
