福音战士新剧场版：序

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大生物与军队交火。危殆之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷漠地命令：驾驶称为“EVA”的庞大人型机器人与使徒战役。 

本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决议听从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，预备驾驶EVA初号机迎战使徒。 

世界的命运拜托在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完方案”似乎也末尾了举动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，似乎一切早已写入剧本。