暑假结束合唱团的孩子们回到了学校，可是在地区赛中的失利让合唱团面临了新的问题。Shannon是新任的橄榄球队教练，她一来便要求校长削减拉拉队和合唱团的预算。合唱团准备招募新成员可依旧没有人报名，于是Will让大家用歌曲吸引报名者。Rachel和Finn分别找到了两个有音乐天赋的学生，可两人却因为某些原因搞砸了这件事。
Will希望孩子们学习演唱一些流行音乐，可是孩子们对此却不感兴趣。Will终于见到了Emma的牙医男友Carl，Carl希望帮合唱团的孩子们做牙齿的检查。合唱团的孩子们发现自己在接受牙医的麻醉后出现了不可思议的幻觉，于是他们决定向布兰妮学习。Will终于同意合唱团在返校节上表演布兰妮的歌，但条件是自己也要参加演出。
Finn在自己烤的面包上发现了类似上帝的图案，于是他许下了一个愿望。Finn的愿望成真，于是他决定在合唱团用歌曲向9度剧情9duw.com上帝致敬。Burt突然心脏病发陷入昏迷，Kurt受到极大地打击。合唱团的孩子们开始帮Burt祈祷，可是Kurt却表示自己不相信上帝的存在。Finn最终发现并不是面包上的上帝帮助自己实现愿望的，他感到十分失落。
新人Sam作为替补加入了合唱团。拥有一头金发的帅哥Sam成功吸引了大家的注意力。Will让孩子们采用二重唱的形式展开比赛，而获胜者将会获得丰富的奖励。于是合唱团的孩子们各怀鬼胎，开始寻找二重唱的同伴。Mercedes和Santana的二重唱精彩绝伦，而之后Kurt一个人的演出更加出彩。为了让Sam在比赛中获胜，Finn和Rachel无所不用其极。
合唱团正在排练《洛基恐怖秀》，可Carl却突然冲出来指责Will横刀夺爱。原来Will是从Emma获得的灵感，他改动了剧本并给孩子们安排了角色。Sue突然找到Will表示自己要参加演出，Will摸不清她的意图。Finn为了音乐剧穿着内裤在学校活动，他被校长停课一个月。而Will在无意中发现了Sue给他设下的巨大阴谋……
Sam和Finn在和女友交往的过程中遇到了相同的问题，于是Finn交给了Sam一个好办法。Will再次让孩子们开始分组竞赛，可Kurt却和男孩们格格不入。Kurt到道尔顿学院打探林莺合唱团的情况，而在那里他遇到了Blaine。Kurt无意中看到林莺合唱团的表演后，他深受感染。女孩们转变曲风的表演十分精彩，而这时Will却得到了一个不好的消息。
在Sue的设计下校长感染了一种罕见的疾病，之后Sue取代了校长的位置。Will也被Sue算计了，他只能回家养病。Rachel的专断独行让合唱团混乱不堪，Kurt为了挽救合唱团他找到了Holliday来指导他们。Holliday用她特有的人格魅力征服了孩子们而同时Sue却遇到了一连串的打击。Rachel到Will处希望他能尽快回到合唱团，Will感到十分无奈。
Kurt和Finn的父母终于决定结婚，而Kurt准备让合唱团在父母的婚礼上演唱。同时Sue受到前男友的刺激她决定自己和自己结婚，而Sam为了获得大家的认可于是他向Quinn求婚了。Sue许久不见的母亲找到了她，她想参加Sue的婚礼。Kurt父母的婚礼终于开始，合唱团的孩子们给了他们极大地惊喜。
一年一度的圣诞节又到了，Emma邀请Will参加她婚后的第一个圣诞派对。Will拒绝了Emma的邀请，之后他更倒霉的抽到了Sue作为自己送礼的对象。Artie为了让认为圣诞老人是真实存在的Brittany圆梦，于是他和合唱团的孩子们决定给她一个惊喜。Sue的阴谋让这个圣诞节蒙上了阴影，但是大家却巧妙的化解了。
Sue决定想办法超越自己过去的成就，同时Finn等人在橄榄球队总是受到Karofsky等人的侮辱。Will和Shannon决定让橄榄球队的队员加入合唱团，他们希望让橄榄球队再次团结起来。Sue的要求被校长拒绝后，她让拉拉队退出了中场赛的表演，合唱团和橄榄球队必须自己参加演出。Karofsky等人退出了橄榄球队，合唱团的女孩们决定加入橄榄球队。
