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奥特朗托军队入侵那不勒斯国家，列奥纳多.达芬奇利用其研制的武器瞄准了奥特朗特的战舰，却意外发现他的母亲在那艘战舰上，奥特纳多.达芬奇陷入了深深的纠结中，但是为了保卫他的国家,他迫于无奈地让火线继续燃烧。炮弹击中了并摧毁了奥特朗托的战舰，列奥纳多.达芬奇的母亲也被淹没于大海之中。庆功宴上，列奥纳多.达芬奇无心于庆功，他为自己亲手毁掉自己毕生追寻的母亲而感到后悔、伤心、无奈，同时又不愿意怀疑自己所研制的武器。在于阿方索.那不勒斯国王吵了一架后，他来到白天战争的站台上，却意外发现一些诡异的现象，他立即回去告诉大家，一些人怀疑奥特朗托军队还隐藏着他们不知道的实力，但国王不相信，他坚持第二天起航，把奥斯曼人杀个片甲不留。第二天早上，奥特朗托军队迅速重整，并发动进攻，而那不勒斯国家的救兵却在海上被海上炸弹摧毁，那不勒斯军队来不及防御就被猛烈击破，列奥纳多.达芬奇利用望远镜发现敌军进攻的武器是他的发明，列奥纳多.达芬奇又惊又怒。面对奥特朗托的进攻，那不勒斯无力还击，最后城墙被攻破，列奥纳多.达芬奇和残余的军队仍手持剑与敌人抗争，但终究力不寡众，阿方索.那不列斯战亡，列奥纳多.达芬奇和其他人被迫撤退。在躲避期间，列奥纳多.达芬奇和其他人躲避的地方碰巧遇上敌军在用列奥纳多.达芬奇发明的装甲车在扫荡，列奥纳多.达芬奇他们面临着巨大的危险。
列奥纳多.达芬奇在在摧毁装甲车的过程中失败，同时也将自己置于危险之中。列奥纳多.达芬奇和剩余的人只能继续逃跑躲藏。奥特朗托军队战胜那不勒斯军队，那不勒斯国家面临亡国的灾难，意大利也面临着灭亡的灾难，教皇西克斯特认为奥特朗托下一个目标一定是罗马，是针对他，教皇十分彷徨，他要求吉罗拉莫.利拉奥做好准备，该花钱的地方要花钱办好。洛伦佐.德.美蒂奇被土耳其人捉住，备受屈辱。后来，列奥纳多.达芬奇被告知是阿拉西姆背板了他，阿拉西姆盗用了他的武器装置，并将它们给了奥特朗托军队，相当于利用他发动了战争，列奥纳多.达芬奇生气不已，阿拉西姆让列奥纳多.达芬奇加入他的队伍，与他一起完成它们的梦想，列奥纳多.达芬奇拒绝加入。后来，列奥纳多.达芬奇和他的伙伴一起策划逃跑，但在逃跑的过程中，又被敌人发现，然而，列奥纳多.达芬奇的父亲却在逃跑过程中停下了脚步，最后，他选择了直面死亡，被土耳其人捉住并杀死。
教皇西克斯特同意领导圣战，离开了牢狱。列奥纳多.达芬奇和泽罗成功逃离那不勒斯，但列奥纳多.达芬奇和泽罗面对是否要去罗马，是否要寻求吉罗拉莫.利拉奥的帮助起了争执，泽罗不愿意吉罗拉莫.利拉奥帮助，便离开了列奥纳多.达芬奇。列奥纳多.达芬奇仅见教皇，但教皇不相信列奥纳多.达芬奇，他要求列奥纳多.达芬奇亲吻他的戒指，列奥纳多.达芬奇迫于无奈亲吻了，然后离开了。吉罗拉莫.利拉奥追上去，说明了原委。列奥纳多.达芬奇便开始调查罗德里戈主教被杀的案件，罗德里戈主教被残忍杀害后又被倒钉在十字架上，在调查的过程中，又发现克拉丽斯被杀，同样钉在十字架上，经调查，列奥纳多.达芬奇怀疑是卡洛。吉罗拉莫.利拉奥便前往告诉卡洛，告诉卡洛列奥纳多.达芬奇的怀疑并说卡洛把迷宫置于危险之中，同时也想让卡洛带他去见迷宫的建造师。后来竟发现建造师是一直在自己身边的人，吉罗拉莫.利拉奥陷于纠结中，他不知道是否应该怀疑卡洛的忠诚。列奥纳多.达芬奇的调查有了一些眉目的时候，吉罗拉莫.利拉奥将他打昏，然后带到迷宫，卡洛将列奥纳多.达芬奇用机器折磨他，要求列奥纳多.达芬奇加入他们的队伍，但列奥纳多.达芬奇不愿意……
列奥纳多.达芬奇陷于迷宫中，他看见了自己的妻子卢奎齐娅和儿子安德烈在一起生活着，而他想带儿子安德烈去罗马接受嘉奖，而卢奎齐娅不同意，安德烈的性格和自己一样，而且对机器制造也很有天赋，但列奥纳多.达芬奇不想安德烈走自己的路，所以他反对安德烈学习那些机器制造，但又没有办法。泽罗和温妮莎逃跑到他们生活的地方，并希望列奥纳多.达芬奇能够去拯救意大利，但列奥纳多.达芬奇和卢奎齐娅都不愿意，不希望重返纷争。最后，列奥纳多.达芬奇还是选择了看《叶之书》最后一页，但此时，卡洛来了，卡洛要占有《叶之书》的最后一页，经过一番斗争，卡洛被列奥纳多.达芬奇他们绑住，但安德烈却被卡洛洗脑般，听信了卡洛的话，不但帮卡洛解绑，还拿刀刺向了他的妈妈卢奎齐娅，列奥纳多.达芬奇看到后，惊慌失措，他急忙打开《叶之书》的最后一页，看起来。他坚信自己要醒来要醒来。现实中，列奥纳多.达芬奇正在受着非人的折磨，吉罗拉莫.利拉奥他们在考虑着要不要放了列奥纳多.达芬奇，他不想列奥纳多.达芬奇死。最后，列奥纳多.达芬奇醒来，泽罗载着他去罗马。而卢奎齐娅却离开了，他想让列奥纳多.达芬奇知道她的价值。
列奥纳多.达芬奇和泽罗回到佛罗伦萨，回到了他的工作室，泽罗希望他别回去，因为他认为这是个倒霉的地方，但列奥纳多.达芬奇不远离去，他要留下，他要拯救意大利。正当列奥纳多.达芬奇在回忆他的工作室时，他竟意外看见了他的母亲卡特琳娜，卡特琳娜告诉他，卢奎齐娅有危险，列奥纳多.达芬奇必须去救她而且要去寻找索菲娅，列奥纳多.达芬奇迷茫不已，不愿相信，也在此时，卡特琳娜又意外消失了，列奥纳多.达芬奇惊讶不已，他坚信，这是阿拉西姆搞的鬼，认为阿拉西姆又想来盗窃他的设计。吉罗拉莫.利拉奥和莫斯切拉夫人前往佛罗伦萨，请求与佛罗伦萨合作，拯救十字军，拯救他的国家，佛罗伦萨的皇后先于苦恼中，她不知道该如何选择。卢奎齐娅找到卢坡，想找到《叶之书》的最后一页，拯救意大利，但卢坡心怀恶意，他不肯告诉卢奎齐娅《叶之书》最后一页的地方，卢坡拿走了那一页，却看不懂。半夜里，卢奎齐娅闻声出来，却发现索菲娅被卢坡囚禁起来，卢奎齐娅急忙把索菲娅救起，但在这个过程中，卢坡回来了，他把卢奎齐娅打到并关进地牢……
列奥纳多.达芬奇把吉罗拉莫.利拉奥囚禁起来，目的是把他治愈，吉罗拉莫.利拉奥精神错乱，会伤害身边的人，列奥纳多.达芬奇只能把他用铁链锁起来，在吉罗拉莫.利拉奥清醒的时候，列奥纳多.达芬奇便慢慢告诉他一些他过去所做的事情，是吉罗拉莫.利拉奥慢慢恢复，但吉罗拉莫.利拉奥却想将列奥纳多.达芬奇弄得弄得混乱，后来，列奥纳多.达芬奇要外出办事，便让泽罗看住吉罗拉莫.利拉奥。这时，碰巧遇上威尼斯执政官派兵寻找吉罗拉莫.利拉奥伯爵，巨大的敲门声把泽罗和吉罗拉莫.利拉奥惊醒，泽罗要求吉罗拉莫.利拉奥不要出声，但他露出狡猾的笑容，立即大声呼救，士兵闻声破门而入并打昏了泽罗。解绑后的吉罗拉莫.利拉奥却把前来找他的士兵全都杀死，然后来到莫斯切拉的地方，碰巧遇到列奥纳多.达芬奇在场，列奥纳多.达芬奇惊讶不已，醒来的泽罗立即告诉他事情的经过。正当列奥纳多.达芬奇在测试武器的威力的时候，列奥纳多.达芬奇发现吉罗拉莫.利拉奥和莫斯切拉不见了，两人立即四处寻找，最后列奥纳多.达芬奇在一个教堂发现了他们，但此时吉罗拉莫.利拉奥已经失去控制，他要杀了莫斯切拉。危险一刻，列奥纳多.达芬奇制止了他，并慢慢让他恢复清醒，莫斯切拉转危为安。卢奎齐娅从卢坡手中解救了索菲娅，并杀死了卢坡，索菲娅成功逃离，但卢奎齐娅却被阿拉西姆捉住。
吉罗拉莫.利拉奥从迷宫的摄魂期中醒来，并恢复，他意识到过去他的所作所为都是错误的，列奥纳多.达芬奇感到很欣慰，并热情地向吉罗拉莫.利拉奥介绍他的发明，正当介绍到最新发明是时，莫斯切拉来了，吉罗拉莫.利拉奥请求莫斯切拉的原谅，原谅他昨晚的行为，莫斯切拉欣慰地笑了。洛伦佐.德.美蒂奇从土耳其人那里逃了回来，但此时的他已不再是人民心公平公正的君主，他当着所有人的面活活把一个人打死，他成了一名暴君，列奥纳多.达芬奇建议他与罗马合作，拯救意大利，拯救佛罗伦萨，但洛伦佐.德.美蒂奇不再听信他的话，还把列奥纳多.达芬奇的工作室没收，并把列奥纳多.达芬奇和他的朋友赶出佛罗伦萨。教皇西克斯特和莫斯切拉和吉罗拉莫，尼可等人对洛伦佐.德.美蒂奇的行为感到十分失望，选择了离开，剩下皇后温妮莎留在洛伦佐.德.美蒂奇的身边。列奥纳多.达芬奇重新设计了图纸，并把它交给吉罗拉莫.利拉奥，让他重整十字军。卢奎齐娅和列奥纳多.达芬奇的母亲科特琳娜被阿拉西姆囚禁，卡特琳娜告诉卢奎齐娅，索菲娅是列奥纳多.达芬奇的妹妹，并希望卢奎齐娅能帮助她传信息给列奥纳多达芬奇，让他去寻找他的妹妹。卡特琳娜通过一种方法与索菲娅通话，正当说话到一半时，阿拉西姆把卡特琳娜杀死，卢奎齐娅惊吓不已，阿拉西姆很生气，慢慢走向了卢奎齐娅……
列奥纳多.达芬奇按照母亲留下的信息去寻找自己的妹妹索菲娅，他来到总是出现在他的记忆中的地方，在那里，竟然遇到卡洛和他的手下，以一敌三，列奥纳多.达芬奇被捉住绑了起来，被卡洛用鞭子狠狠地抽打，碰巧，这一切都被索菲娅看到了。夜里，索菲娅趁着天黑，想把哥哥列奥纳多.达芬奇救下，却碰上其中一位手下，于是两人起了争执，索菲娅把那人推下了山，救下了哥哥，两人相认了。之后，列奥纳多.达芬奇与卡洛展开决战，并成功吧卡洛杀死。他和妹妹索菲娅便开始把在《叶之书》上看到的装置结合在一起，利用那个地方的能量看到了那个装置的大致使用方法，然而仍十分迷茫，两人在进行试验时，仍不能找出正确的使用方法。吉罗拉莫.利拉奥离开营地，回到佛罗伦萨，看见洛伦佐.德.美蒂奇国皇在怀念他的妻子，吉罗拉莫.利拉奥后不已，他想国皇坦诚了是自己杀死国皇的妻子的，洛伦佐.德.美蒂奇生气不已，他把吉罗拉莫.利拉奥打了一顿，然后将吉罗拉莫.利拉奥囚禁并判处死刑。泽罗也历经重重困难，成功让弗拉德帮助他们对付苏丹的军队，拯救意大利。
卢奎齐娅被他的父亲阿拉西姆囚禁着，阿拉西姆让卢奎齐娅说出列奥纳多.达芬奇的计划，并带卢奎齐娅去证明自己是害怕列奥纳多.达芬奇，而且他坚信自己会取得胜利，公平正义会取得胜利。索菲娅和列奥纳多.达芬奇继续研究着他们的装置，却仍是一筹莫展，后来泽罗回来，泽罗无意转动装置，却把自己弄伤，列奥纳多.达芬奇突然获得灵感，他知道该如何使用这个装置。教皇西克斯特面对佛拉德的加入表示很不满意，但又没有办法，只好面对。尼可和莫斯切拉带着十字军和佛拉德的龙骑团出发前往征战，却在途中遇到袭击，一半多的士兵被歼灭。列奥纳多.达芬奇和泽罗赶到，看到这些状况，决定作最后一击，炸毁敌军的装甲车。列奥纳多.达芬奇利用他的最新发明，成功摧毁了敌人的装甲车，使战争有了新的希望。吉罗拉莫.利拉奥被判处死刑，被认为是意大利的大恶魔，临刑的前一天，迷宫的制造者来告诉看望吉罗拉莫.利拉奥，面对吉罗拉莫.利拉奥的质问，迷宫的制造者告诉他，迷宫的真正意义，说正是那些训练，那些指导揭示了吉罗拉莫.利拉奥的本性，并告诉他，吉罗拉莫.利拉奥是上帝的使者。一切并不晚，上帝会指示吉罗拉莫.利拉奥……
列奥纳多.达芬奇一个人跑在山上，却意外遇上阿拉西姆，阿拉西姆告诉列奥纳多.达芬奇是时候征服土耳其人了，慢慢地，他们起了争执，列奥纳多.达芬奇挥剑转身时，阿拉西姆却意外消失了。列奥纳多.达芬奇来到某个地点，这个地点可以使他的装置汇聚力量，他计划把奥斯曼军队吸引到这里，然后收缴武器，假装投降，把身上的盔甲脱下，然后利用风筝吸聚雷电，导入盔甲中，从而击败敌人，取得战争的胜利。卢奎齐娅成功带领泽罗和索菲娅逃出囚笼，并计划把列奥纳多.达芬奇的装置带到钟塔顶引雷，协助列奥纳多.达芬奇他们去的战争的胜利。但在另一边，列奥纳多.达芬奇他们与奥斯曼军队的战争已经打响，佛拉德竟被他的弟弟杀死，列奥纳多.达芬奇只能投降。时间紧急，卢奎齐娅冒着生命的危险，将装置放飞到空中，期间，不幸被土耳其人发现，土耳其士兵放箭射伤了卢奎齐娅最后，因伤势过重而亡。卢奎齐娅成功将装置放飞空中，成功解救了列奥纳多.达芬奇，成功拯救了意大利，然而，佛拉德意外地没有死亡。洛伦佐.德.美蒂奇意图杀死吉罗拉莫.利拉奥，将吉罗拉莫.利拉奥带到民众面前行刑，当即将行刑之际，迷宫的制造者出现了，激起民众的民主意识，吉罗拉莫.利拉奥借机揭开洛伦佐.德.美蒂奇的真面目，重新获得民众的爱戴。最后，吉罗拉莫.利拉奥回到教堂，杀死了教皇西克斯特，坐上了教皇的位置。列奥纳多达芬奇成功拯救了意大利，一切似乎在重新开始……
