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达芬奇和利拉奥都被关在了一个阴暗潮湿的地方，即将在这个特殊的部落里被处死，谁也不知道将会发生什么。六个月前...利拉奥炮轰达芬奇所在的房间，达芬奇在洛伦佐知道他和卢奎西娅奸情的情况下还一意孤行救出洛伦佐，因为保护他就是保护整座城市。利拉奥在后面追杀着洛伦佐，克拉丽丝和孩子们也陷入危机，整座城市一片混乱。克拉丽丝展现出王者风范在关键时刻主持大局，派遣队员搜救洛伦佐，安排人手保卫宫殿。虽然暂时击退了帕奇家族，但是如果洛伦佐还是没能及时回来佛罗伦萨怎样都不能保留下来。洛伦佐身负重伤，因为失血过多而危在旦夕，达芬奇决定用从来没有人用过的医学方法，把自己的血液过渡到洛伦佐的体内然后救治洛伦佐。之前所有人都不相信达芬奇的时候，洛伦佐给了达芬奇信任，今天的达芬奇冒着生命危险，以命换命来救助洛伦佐，来救助这座城市。不知道过了多久，输血过程中每一分钟都是煎熬，达芬奇的身上背负了太多人的期望与寄托，他不能有事也不能出事。达芬奇为了救洛伦佐生命受到威胁，可是洛伦佐在清醒后要报仇杀了达芬奇，狠狠掐住达芬奇的脖子。海蛇号即将开走，尼克和泽洛斯决定先登上海蛇号去往匹萨拖住海蛇号然后等待达芬奇跟他们会和。想来想去，泽洛克决定来找到船长，希望船长能拖延几个小时在开船，可是船长早已和利拉奥达成协议，就这样尼克和泽洛斯被利拉奥挟持。利拉奥想要杀死泽洛斯和卢奎西娅，把他俩扔下海里去，两人被绑住手脚紧紧相拥跳进海里。
阿拉西姆责怪达芬奇没有登上海蛇号，这样《叶之书》会永远消失不再出现。醒来后的洛伦佐激动万分但是还是没想自己的救命恩人刺向一刀，洛伦佐因为自己的亲兄弟死亡悲愤不已，又因自己家族几代人创建的城池毁在他自己手里，意志消沉一蹶不振，觉得美第奇家族再也没有希望了。温妮莎看不过去冒着生命危险拉住洛伦佐的的手告诉他，朱莉奥诺的孩子在他肚子里，美第奇家族还有希望。达芬奇想办法把洛伦佐送回宫殿，想要把帕奇的话公之于众毁了他的谎言。各分店银行的总经理也来找到克拉丽丝，如果洛伦佐再不出现所有美第奇家族的银行都会倒闭，克拉丽丝也毫无办法，一切命运都栓寄于洛伦佐身上。达芬奇告诉洛伦佐必须让整个城民都知道他洛伦佐没有抛弃他的子民，达芬奇鼓励洛伦佐鼓足勇气面对城民，唤醒每个城民内心的勇气，把帕奇的阴谋公之于众，联合起来共同击退敌人。泽洛斯和卢奎西娅相拥跳下海并没有死，在临跳海之际卢奎西娅亲吻了泽洛斯给了他一个发卡，泽洛斯是解锁高手用这个发卡打开了锁救出了他们自己。他们俩个人回到达芬奇的住处，卢奎西娅跟达芬奇说了很多，两个人都明白有些事情被太多谎言充斥就会变质，达芬奇把属于卢奎西娅父亲的项链还给她，卢奎西亚也只是希望能住达芬奇一臂之力救出尼克找到《叶之书》。终于，洛伦佐的一番演讲感动了多有的城民，全民激愤共同喊着“帕累“，并同时才去措施逮捕了所有的叛徒，佛罗伦萨城终于又回到了美第奇家族的手中，全民同哀朱莉奥诺·美第奇。洛伦佐夺回了城池却失去了弟弟，温妮莎保住了孩子从此失去自由，佛罗伦萨终于回归宁静可它背后的代价又有多少呢？
达芬奇假扮利拉奥伯爵征用卫兵号，船长担心利拉奥伯爵对自己不利就同意启航。这时候阿方索伯爵来到，达芬奇不知道的是阿方索和利拉奥伯爵是好朋友揭穿达芬奇，达芬奇无法力敌跳下船，临跳之际把一把匕首扔进关了人的牢笼中。洛伦佐重新掌管佛罗伦萨，雅可波·帕奇被暴民杀死，弗兰切斯科·帕奇和奥尔西尼主教被绞杀，教皇听到消息却反常的高兴不已，因为教皇认为他们绞死了上帝的奴仆主教有机会可以反击，把佛罗伦萨城所有的男男女女都开除了教籍。这一举动，无疑是断绝了众城市对佛罗伦萨的贸易往来，如此一来佛罗伦萨很可能就会成为联盟的牺牲品，重伤未愈的洛伦佐没有办法决定秘密前往那不勒斯直接去见费兰特国王及朝臣，克拉丽丝全权处理佛罗伦萨的一切政务。达芬奇唯一的希望就是卫兵号，达芬奇想要释放船上所有的奴隶，利用奴隶的暴乱他们就可以成功夺下船只。达芬奇想尽办法能设计出一只船只可以飞快行驶追上利拉奥的船。达芬奇从鱼中获得灵感制造出一个原始的潜水艇前去追赶卫兵号，可是潜水艇有点轻微渗水。经过重重困难，达芬奇终于成功登上卫兵号，释放出奴隶，可这同时也就得罪了那不勒斯，达芬奇开始前往新世界的旅程。卢奎西娅劫持梵蒂冈密卷的保管人告诉他在圣天使城堡中教皇囚禁着一个对他来说至关重要的人。主教在地牢中找到了弗兰切斯科·德拉·罗维里，这个人才是真正的教皇，这一下震惊了主教，原来趁着弗兰切斯科当上教皇的时候，一个跟他一模一样的亚历桑德罗狸猫换太子提他当上教皇。原来，卢奎西娅是真教皇的亲生女儿，这也是她为什么会被控制当间谍的原因。
梵蒂冈密卷的保管人知道了现在的教皇根本就是假的，根本只有三分钟的时间把卢奎西娅带入梵蒂冈去见他的父亲，原来在小的时候假教皇因为妒忌就已经想要杀害现在的教皇，可是因为上帝伸出仁慈之手而没有得逞，当年，暗处蛰伏了很久的假教皇在利拉奥的帮助下夺得了皇位，卢奎西娅发誓如果不把假教皇的妒火熄灭誓不罢休。达芬奇在船上因为没有罗盘而失去了方向，达芬奇正在想办法解决的时候，船上的奴隶却没有达芬奇那么想去新大陆，可是因为切尔克斯人的无知，船长担心这些奴隶会发生暴乱，想要杀了这些奴隶，达芬奇拦阻说，给他一次机会他可以证明地球是圆的，这样这些奴隶就不会暴乱了。达芬奇用很简单的道理教懂这些奴隶地球是圆的，还告诉他们，不要因为你们离家太远而失去信心，因为地球是圆的，你们离家越远反而就在驶往家园的方向。达芬奇只有四个小时能证明地球是圆的，可是验证却没有成功，达芬奇突然想到进行并不是围绕着地球旋转设置他们也在宇宙中穿梭着，这样他们就更能准确的定位，这让达芬奇激动不已，可是就在这个时候奴隶不想自己的灵魂漂浮在虚无中，就这样奴隶们彼此杀害，就这样这些奴隶只幸存了一个人。卢奎西娅在主教的帮助下潜入牢房见到了他的父亲，卢奎西娅看到越来越年迈的父亲很是心里不舒服，她问父亲为什么当时不跟达芬奇一起逃出去，教皇说这是一种策略，一种惩罚他弟弟夺回教皇宝座的策略。可是卢奎西娅觉得好累，她真的没有力气在挺下去了，她希望教皇能够把计划全部告诉她，主教希望他能把教皇之位夺回但是不能影响神圣罗马教廷。卢奎西娅要带走梵蒂冈里带有密文的宝剑，这时候队长发现了卢奎西娅，主教表明立场杀了队长让卢奎西娅带着剑赶紧离开。洛伦佐和达芬奇的父亲秘密前往那不勒斯，可是路上遇上骗子和假文士要骗取他们的钱财，出乎意料的是这个人罗马教廷的人而认出了美第奇殿下，洛伦佐提出用一百达洛特换取他们平安离开，可是这些贪财的人觉得他们的货车里绝对不止这个价钱。满满一箱的金钱迷惑了这些贪财人的心，洛伦佐趁机反扑杀了这帮盗贼。
达芬奇通过发明的装置和船上仅剩的一些船员来到了一个不知名的小道，他们以为利拉奥伯爵可能没有葬身大海，尼克很有可能还没有死。达芬奇登上的这座岛屿以为是无人可知的新大陆，而就在探索的时候，达芬奇发现树上刻录的图案跟自己钥匙上的一模一样。就在这个时候，一个当地土著人出现，因为语言不通，达芬奇其他船员拔出武器吓跑了土著人，达芬奇说这样会与当地人树敌，一个不好的开始。在岛上走了没有多久，达芬奇一行人就被当地土著人劫持。达芬奇认真观察当地的风土文化，他们被带到了一个类似于祭祀的平台上，让他们做出选择，因为语言不通他们也不知道如何选择韦斯普奇等人被先后残忍的的杀害。就在达芬奇朋友即将被处死的时候，达芬奇突然发挥聪明才智想到了选择成功获救。达芬奇被关进监狱同时也发现了还没死的利拉奥、女仆和尼克，尼克告诉达芬奇看来上帝真的是要利拉奥活着，他跟叶之书密切相关。这时候的洛伦佐已经在那不勒斯被关进监狱，他买通狱卒带信给阿方伯爵的妻子，洛伦佐与她是旧相识她是洛伦佐的初恋，希望她能帮上忙把他揪出来。伊波丽达亲自下到监狱来看洛伦佐，其实伊波丽达已经劝说过丈夫不要与他为敌可是阿方索根本不听。洛伦佐想和阿方索的而父亲商议，想要结束这场无意义的战争。洛伦佐被放了出来，可是这时候洛伦佐被下了药。大师与温妮莎非常投缘，告诉她了一个秘密耳语走廊，在这里声音可以畅行无阻，能听到这个走廊里很远处的声音。克拉丽丝这时候也是内忧外患，洛伦佐不在，波尔蒂那里和萨塞蒂正在计划着阴谋。阿比尼答应用美第奇银行董事的职位来换取对克拉丽丝的支持。波尔蒂那里和萨塞蒂在密谋着些什么的时候，被温妮莎无意间在耳语走廊听到，她赶紧把这件事情告诉了克拉丽丝。克拉丽丝在投票董事会上力挽狂澜赢得了胜利，并且把萨塞蒂赶出董事会关了起来。
达芬奇在这个岛屿的洞口中，感觉到一种熟悉的感觉，通往天穹只有这一条路而且还必须与她融为一体，达芬奇不明白为什么他妈妈不把叶之书从天穹给拿出来，她说她说过他妈妈来过天穹但是从来没说过他妈妈离开过天穹。图帕替帕卡和达芬奇举行结婚仪式，这样他才能进入天穹，在交换信物的时候，达芬奇没有什么可以给她的，握了握当初卢奎西娅给他的戒指只能交给帕卡。帕卡还说要在他这些朋友之中选择一个可以为他流血牺牲的人。泽洛斯想要杀了利拉奥报仇，可是利拉奥的贴身女仆始终维护着他并保护着他。泽洛斯告诉她，你不明白利拉奥是个多么残忍的人，可是在女仆心中他是她的恩人更是帮助她的完人，跟达芬奇是一样的人。仪式上，帕卡告诉利拉奥，今晚他必须舍命穿过玉米地，在祭坛上打败最后一个人这样才能拿到解药救助中毒的达芬奇，如果救不了达芬奇所有的人都会死包括他自己。利拉奥艰难残忍的穿过玉米林，终于来到祭坛前他已是伤痕累累，可是祭坛前他最后一个敌人居然是自己的女仆，他无论如何都下不了手，女仆为了成全利拉奥紧紧握住他的手把匕首刺进自己的胸口，利拉奥悲痛欲绝。洛伦佐在那不勒斯监狱受尽折磨，阿方索更是因为嫉妒妻子跟他之前的事找洛伦佐麻烦，羞辱他，折磨他，洛伦佐在迷糊中似乎看到了死去的弟弟朱利亚诺，弟弟在他的身边不断的鼓励他支持他给他出主意。阿方索他们想要羞辱洛伦佐，把他的头和马匹相连，如果他一次性无法射死马匹他也就死亡包括他的伙伴，洛伦佐在千钧一发之际，看到了死去的弟弟鼓励他，终于他把箭射了出去成功射死马，结束了这场要他命的闹剧。
女奴为了让利拉奥救达芬奇，亲手把刺刀刺进自己胸膛，利拉奥伤心的守在女奴的墓地旁边，他发誓一定要进入天穹，为了天穹大开杀戒，同时也为了天穹舍身成仁。因为他们一行人的内讧，族长决定让他们所有人都进入天穹，至此他们的性命紧紧相连。通往天穹的第一道关卡是不能超过5岁孩子重量的重力感应通道，达芬奇再次拿出纸笔集中的计算，这个时候的达芬奇是最有魅力的。达芬奇创造出来一个线控车，也就是第一辆自行车，成功通过隧道打开了通往天穹的第一个门。克拉丽丝在洛伦佐没在的这些日子，和帮助她的卡洛睡在一起，即便他们之间有了感情，可是克拉丽丝还是不得不守护自己的名誉。突然这时候，大批的刺客潜入进来，温妮莎和克拉丽丝都受到威胁，卡洛再次出手救了他们，克拉丽丝赶紧把温妮莎带到安全的地方她不能让朱莉奥诺的孩子出事。叶之书，让利拉奥改变了许多，教皇也很是担忧，教皇的愤怒让人无可奈何，叶之书的战斗再次打响，他们想要利用战乱来终止这个事情。达芬奇来到了隧道的尽头，看到了发光的球体，两个钥匙，两个锁孔，联系他们的是阳光。达芬奇他们深入隧道，并且放弃一切成见和不和，想要在隧道中揭开天穹之谜。这时候，卢奎西娅来找埃芬迪贝伊，想要寻求合作，卢奎西娅擅长心里战术，成功获取了埃芬迪贝伊的信任。但是在合作中，埃芬迪贝伊突然背离合作，这让卢奎西娅也陷入了困境。
达芬奇他们偷偷的再次潜入天穹，但是还没有成功，就被卡洛抓了回来，以尼克的性命相威胁，可是没想到利拉奥很是激动，阻止卡洛动手，卡洛说除非他们跟她回去，否则就让他们付出血的代价，达芬奇和利拉奥只能回去，他们被关在了一个阴暗的监牢里，那里面很是血腥，一个人的成功总是要付出代价，利拉奥和达芬奇反而说了一些他们的身世，谈了很久两个人，似乎冥冥之中他们的命运有着无法言语的关联。洛伦佐因为射箭成功而被放了出来，阿方索的皇后想要跟他一起隐姓埋名，因为洛伦佐也知道了克拉丽丝背叛他的事情了，他觉得那个私生子出现的很有问题，但是洛伦佐不能答应阿方索的皇后，因为他要为佛罗伦萨的盛行重新振作。卡洛梦中收到神的旨意要他成为祭品，神要达芬奇的命，卡洛要保护她的部落决定斩杀达芬奇和利拉奥。就在祭祀台上，达芬奇突然发难劫持了部长，在神的旨意下他们仍旧能逃脱，两个人趁着混乱逃了出来。苏丹的长子以为接到了教皇秘史的信件，前来谈判，可是教皇根本就没有派出秘史，那把重要的剑奥斯曼之剑已经不见了，教皇也根本就没有想要和苏丹谈判的意思，他决定对苏丹长子不利。达芬奇他们逃入天穹之路，他的好朋友遵照达芬奇的指示来找寻逃出之法，而让达芬奇去解救他的妈妈，里面还有声音，达芬奇发动脑筋想要把母亲从里面解救出来，达芬奇突然发现曾经在梦境中见到过那串数字，达芬奇成功的打开天穹，可是门打开之后发现书和妈妈都不在里面，他发现里面有个装置是录下了她母亲的声音而已。在逃跑的路上，利拉奥曾经亲手杀了自己的母亲，虽然当时两个人都已经猜出来对方的身份，这件事情是利拉奥心中永远的痛，他找寻叶之书也是为了能洗清自己的罪孽，这也是一条通往罪恶的深渊之路。利拉奥问达芬奇真的值得，达芬奇说这趟旅行远远没有结束。
达芬奇拿着那个母亲留给他的装置离开了那座岛屿，终于回到了佛罗伦萨，达芬奇很是高兴，但是他师傅赶紧让他藏起来，可是还没来得及就被士兵带走了，师傅告诉他现在的佛罗伦萨已经不一样了，它已经沦陷在公爵手中了。达芬奇被带到宫殿里面，现在这所宫殿简直如地狱般，充满了鲜血充满了妇女的惨叫声哀嚎声，那是一种绝望的呐喊，克拉丽丝也被公爵控制住，虽然没有受到生命威胁，但是各种耻辱和折磨是可以想象的。原来，公爵在教皇的授意之前夺来佛罗伦萨，达芬奇问洛伦佐在哪里，克拉丽丝回答说洛伦佐请求支援合作还没有回来。达芬奇就这样被关了起来，幸亏他的那些朋友，他连同被关起来的卡洛一同被救出来。洛伦佐在那不勒斯的情况也很不乐观，教皇威胁他让他交出美第奇家族的黄金，那么他就会放过美第奇的家人让他们在一个小岛上度过余生，洛伦佐发挥机智承诺那不勒斯国王如果他能保护他那么他就把黄金都献给国王，他想借此挑拨国王与教皇的合作。可是没想到的是，阿方索野心勃勃为了自己的利益居然杀了他的亲生父亲，如此一来断了洛伦佐唯一的希望。就在达芬奇想要解开装置之谜的时候，他的好朋友们被抓走了，达芬奇前去营救，就在千钧一发之际，达芬奇投入迷弹救了他们，并且利用公爵是独眼龙的特点打败了他，克拉丽丝更是亲手杀死了公爵。就在达芬奇以为一切都归于宁静的时候，卡洛出现了重伤了达芬奇，原来在岛屿的壁画中画的黑暗恶魔就是指卡洛，原来当初达芬奇的母亲从他的手中夺走了叶之书离开的。这时候的达芬奇的师傅出现了为了救达芬奇命丧剑下，达芬奇伤心欲绝。
达芬奇在千钧一发之际被救出，可是他无法容忍卡洛杀了自己最亲爱的师傅，他不顾别人的劝阻，也不顾自己重伤非要去追踪卡洛，但是在半路上他还是流血不止摔倒在半路上，迷糊之中他回忆着和师傅的点点滴滴，那个给他提供机会，提供创作空间，很看重他的师傅，他这个从小被父亲遗弃的孩子对安德烈向父亲一样对待，可是卡洛就这样无情的杀害了他，他真的没有办法接受。所有人都对安德烈报以崇敬之心，同时大家也无法接受安德烈就这样被卡洛杀害，温妮莎很是生气，她不想要回到皇宫，和那个和卡洛同床共枕的人生活在一起，克拉丽丝想要强行把温妮莎带回皇宫，尼克出面阻止，但是克拉丽丝根本就不把尼克放在眼里，尼克没有办法说出自己的真是身份，他的全名叫做尼克·马基雅佛利，同时他也是高贵的法学学者伯纳多之子，克拉丽丝不得不对他刮目相看。这时候温妮莎突然腹痛，结果产下了一个英俊的男婴，美第奇家族终于有了继承人。教皇最近也遇到了麻烦，洛伦佐甚至想要破坏他的军队，他觉得既然教皇已经抛弃了他们，他们也没得好说的，教皇没有办法他想要重新把佛罗伦萨列入教皇的羽翼中好赢得这场战争。达芬奇和卢奎西娅还有洛伦佐他们都齐聚在一起，卢奎西娅亲口插穿了假教皇的阴谋，可是在场的人都混乱了，达芬奇知道那个被囚禁的人是她的父亲，但是他也无法保证谁是真正的教皇，但是知道的是奥斯奥军队明天会进攻。经过达芬奇的重重努力，终于让战争重归宁静，克拉丽丝和洛伦佐都失踪了，温妮莎也自然而然成为了佛罗伦萨最高的统治者。达芬奇找到洛伦佐不言而喻，经过这么多事，大家的心都很累了，很想要趁着最后的生命去寻找生命的乐趣，不愿意在挣扎在战争中。（第二季全剧终）
