数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最弱小的成员，就是当年封印哥吉拉的此外，为了应付怪兽对人类形成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊才干的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更弱小的体能跟矫捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
就在不久之前，人们挖到一个庞大怪物的遗骸，而且怪物拥无机械跟生物的实质，疑心可以将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的正告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。
就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭遭到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的奥秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的冤家，要跟人类树立起同盟关系，更宣称有一个庞大的星球行将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现基本就没有奥秘星球要撞击地球。而那些怪兽基本就是外星人侵略地球所释放的，X星人基本是要把人类当作粮食来应用。
虽然外星人的真面目被掩饰，但是外星人拥有不可思议的超才干，还有手下听命于外星人的庞大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计谋，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最弱小怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....
