元军攻击日本之际，中国大陆的妖怪为了失掉死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰辛鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。
时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力气，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消逝，被封印上百年的力气末尾复生，玛瑙丸变得愈加弱小。与此同时，玻璃和琉璃区分夺去了珊瑚云母和法师的风穴，使犬夜叉一方堕入苦战；另一方面，戈薇的看法被玛瑙丸控制，她心甘情愿用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……
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