广州宝芝林馆主黄麒英惩恶济世，受人景仰，唯妻娴、子飞鸿好闯祸，常令黄麒英啼笑皆非。一次足球比赛，飞鸿误伤校长，被勒令退学，得乡绅纳兰天相助，飞鸿方得复学，黄麒英、纳兰天惺惺相惜。武举人梁威荣归，风头被黄麒英所抢，其子梁宽在校又被飞鸿欺负，对黄麒英一家深表不满。赠灾义演，梁威和飞鸿生出误会大打出手，竹棚因而倒塌，村民走避不及，酿成巨灾。
竹棚倒塌，黄麒英忙赶往救人，路过的叶世轩当仁不让，以西洋急救法救活乡民，与黄麒英成为好友。黄麒英被乡民选为民团总教练，梁威悻然。黄麒英的远房亲戚十三姨从外国回，寄居黄家，黄麒英对洋化的十三姨格格不入，但飞鸿、阿娴却跟三十姨甚为投契，气煞黄麒英。恶少逞凶，飞鸿出头，无端卷入杀人漩涡。
恶少暴毙，飞鸿被衙门逮捕控告谋杀，幸得叶世轩相助，以西方医学证明恶少死于糖尿病，飞鸿始获释。叶世轩轩声名大噪，医馆生意兴隆。十三姨义助叶世轩诊症，叶世轩教授注射针药方法，二人投契。梁宽因身体潺弱，遭飞鸿等排挤，梁宽愤而报复，后阴差阳错加入足球比赛，连累飞鸿等，正值飞鸿身体不适，落败于狼坦布。飞鸿不忿，向郎坦布提出胆量比试。当飞鸿等夜探义庄之际，赫然发现郎坦布被杀，心脏也被挖去。
郎坦布的尸首内脏失去，梁威等百思不得其解。叶世轩轩与十三姨互生好感，感情一日千里。梁威怀疑黄麒英是杀人凶手，后发现乃一场误会，谁也没想到真正的凶手竟是叶世轩。叶世轩本欲研究新药物救人，但新药竟产生副作用，令病人心脏受损而死，叶世轩为了掩饰此事，遂在病人病发之前，将其杀死，并将内脏取去。叶世轩发现在杀布当日遗下一皮套，竟被飞鸿拾去，叶世轩到学堂欲偷回皮套，但飞鸿折返，叶世轩恐被飞鸿撞破，顿起杀机。
叶世轩杀飞鸿不遂，反误杀校役，校役之死令黄麒英追查陷入困局，飞鸿身怀破案关键却不自知。叶世轩恐事情败露，欲离广州，惹十三姨不满，以为叶世轩骗情。叶世轩发现十三姨亦吃下致命的新药，冒险留下医治十三姨。阿娴带飞鸿及同学野餐，渡过欢乐一夜，林世荣等羡慕飞鸿有好母亲。飞鸿生眼疾，往叶世轩处求诊，发现叶世轩杀人秘密，身处险境。此时，黄麒英凭确定皮套主人而侦破叶世轩乃真凶，赶赴救飞鸿。
十三姨痴心错付，不禁伤心欲绝。可十三姨身中剧毒，黄麒英束手无策。叶世轩为了救治十三姨，偷入宝芝林却被黄麒英撞破，叶世轩胁持阿娴作人质逃去。梁威、黄麒英侦得叶世轩藏匿货仓，大加围捕。货仓突然起火，叶世轩、阿娴被困火场而活活烧死。阿娴葬身火海，黄麒英和黄飞鸿十分悲痛。林世荣拉飞鸿烧烤怀念阿娴。黄麒英不眠不食不开诊，十三姨规劝不果，痛斥黄麒英自暴自弃，黄麒英醒悟，终重新振作。
飞鸿为完成阿娴遗愿，积极练习参加醒狮大赛。黄麒英应邀至醉月楼出诊，遭非议出入青楼。黄麒英诊治珠怪病，查出艳红下毒，以妙计调停二人纷争，艳红感激并对黄麒英有好感。鬼脚七与妹妹菁菁因灾荒流串到广州，受尽欺凌。鬼脚七误会林世荣伤害菁菁。双方起冲突，大闹市集。
菁菁生病，鬼脚七慕名找黄麒英求医，阴差阳错之下，鬼脚七误会黄麒英嫌贫爱富而不肯医治菁菁，对黄麒英深恶痛绝。艳红借机往宝芝林看病为名，亲近黄麒英为实，但黄麒英却以平常心相待。纳兰天设宴款待知县成责，席间商人祥邀责赌博消遣，责大有斩获。梁威得知飞鸿参加比赛，逼迫梁宽报名参加，而黄麒英却极力反对飞鸿参加，父子关系变得恶劣。鬼脚七欲参加醒狮大赛而苦无狮头参赛，而意外之中鬼脚七竟发现一残破狮头但也险些堕崖丧命。
十三姨因买布匹误会艳红夺人所好，又逼良为娼，故而鄙视她。梁威设计令梁宽解除畏高心理，以便与飞鸿一较醒狮高下。祥引诱梅大人开赌局，借出钱财，令梅大人泥足深陷。两广总督贝隆多来广州巡查，并议定醒狮比试题目。飞鸿欲探知题目，与鬼脚七同时夜探六榕塔，二人冲突，即被守卫的梁威发现。
黄飞鸿、鬼脚七趁夜往六榕塔偷看试题，欲被梁威撞破，二人逃去。少狮比赛，飞鸿得十三姨帮助，得以顺利出赛。黄飞鸿、鬼脚七快要成功之时，宫灯破裂，暗器迸射，两广总督贝隆多被杀。黄飞鸿和鬼脚七被牵连，身陷囹圄。黄麒英虽多番奔走却没有结果。黄麒英抽丝剥茧，竟在宫灯碎片中发现一血手印。
