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乔伊像个巨大的熔化器，所有他周围的金属都会很快熔化。他身体出现的异能，不但让路人恐惧，也让他自己感到莫名其妙，并且害怕。这时，一辆车停在他面前，黑色行动队出现了，这些人用枪对准了他，并让他举起手来。还没等乔伊有进一步的反应，他们手里的枪已经开始熔化，乔伊趁机逃走，躲在小巷里。但很快乔伊又被黑色行动队的人发现了，正惊惶失措，黑色行动队的人突然像被狂风吹跑了，原来是神盾特工队赶到了，他们及时救下他来，神盾特工队的黛西，就是斯凯，她现在改名叫黛西。她说服了乔伊跟他们走，并让他进了一间封闭房，这间房突然腾空而起，将他带到了神盾局的空中飞行器中。随后，黛西向乔伊解释了发生在他身上的怪事，因为她也曾经历过同样的事，也拥有着异能。菲尔在拍下黑色行动队幕后神秘女人后，也赶了回来。他跟黛西庆幸着总算救下了第一个异能者。因为前面五个都被黑色行动队劫走了。芭比为乔伊安排了新房间，并且告诉他这儿的人不会伤害他，他也伤害不了这儿的人。菲尔和同事们研究着那神秘女人的来历。黛西和迈克来到乔伊的房间。黛西进一步向乔伊解释了出现在他身上的特异现象，因为他身上已拥有了部分外星人的基因并被泰瑞根激活，黛西说，欢迎加入我们异人族。乔伊不敢置信地笑了起来。但当黛西说他不能再回到以前的生活中了，乔伊发怒了，迈克手里的金属板熔化烫了他的手，黛西只能出手先将乔伊击晕。菲尔让芭比打电话叫菲兹回来。菲兹却不肯马上回来，他正在摩洛哥查线索。他失去了爱着的女人西蒙斯，所以想查清巨石的属性，听说那块石头被埋在了尤卡坦，石头旁的卷轴盒里有张羊皮纸，解释了这块石头的属性。但被约瑟夫的黑社会组织抢劫带走了，所以，他要找到他来交换，他被绑着见到了约瑟夫，不顾付出生命的代价，抢走了羊皮纸逃掉。菲尔按芭比提供的线索找到了那神秘女人，不料她早有防备，并反过来抓捕了他。她说自己叫罗莎琳。罗莎琳去接电话了，菲尔才有机会逃脱。黛西和迈克去找林肯帮忙。林肯也是异人族，但他不想回来。正争执时，突然出现了一个杀异人族的怪物，三人合力才将怪物击退。但林肯的正常生活也毁了，有同事看到了他的异能，打了报警电话。因为正常社会对异人族也是追剿的。他依旧不肯黛西迈克回去，独自狂奔而去。菲兹回来了，他满怀希望地打开羊皮纸，却发现只用希伯来文写着一个词死亡。菲尔劝解他要跟过去道别，他嘴上答应了。但后来却独自打开了一直封闭着的巨石，冲着它绝望地大吼。
同事们发现菲兹闯进了巨石封闭室，急忙赶去，将他及时拉出来，又封闭了巨石。这时，菲兹发现自己手上有砂，这砂看起来很寻常，但却比地球上的早十亿年。神盾特工队的人一起猜测，这巨石应该就是个传送门，通往宇宙的另一星球，而西蒙斯应该是被带到了那里，她还有活着的希望。新的发现让特工队的同伴们迅速行动起来了。 亨特一直记着要抓回沃德的事，他打算潜入九头蛇，伺机复仇。正是因为沃德那一枪，为了保护自己，女友芭比被轰掉了半个肺，差点送了命。芭比也想去，但她还没有伤愈，亨特不想女友再冒生命危险卷入这件事。亨特设法找到了梅，她也同样对沃德怀有仇恨。亨特请她为他弄个假身份，然后打入九头蛇内部。沃德正在设法夺取九头蛇的权力，他带人抓住了九头蛇前领袖的儿子沃纳，用各种方式逼迫他妥协。没想到沃纳并不像他想的那样孬种，始终不肯妥协。两人选择了合作，重建九头蛇组织，并使其发扬光大。菲尔和队友们，请来了兰道夫教授加入。果然，兰道夫从羊皮纸上发现了端倪，带着他们，一起前往英国查探巨石情况。他们赶到了那所城堡，找到了那处刻字的所在，紧接着，暗藏的通道被他们发现了，他们顺着通道走了很久，借着手里的手电筒光线发现，他们像是来到了一所奇怪的地堡，最终，他们发现了深坑，大家猜到了这个深坑是用来放巨石的。黛西也请了加纳博士帮忙，想让乔伊加入神盾局。加纳发现了黛西身上的领袖特质。她作为异人族，很想找更多的异人族，利用他们与众不同的能力，跟神盾局的人合作。黛西和迈克也赶到了地堡，和菲尔他们会合。大家启动了地堡中的设备，深坑忽然有了反应，发出巨大的脉冲声，将黛西震晕了过去。其它人却都没什么感觉。而菲兹从中发现了办法，黛西用自己的超能力打开了传送门，菲兹跳了进去，在另一端找到了西蒙斯，并成功地救回。
林肯施展异能，总算逃脱了黑色行动队的追捕。但黑色行动队所属的ATCU组织将他的照片和信息全国发布，称他是外星杀人犯。黛西打电话给林肯，想帮助他。可林肯马上挂断电话，并摔碎手机，去掉了身上被神盾局埋下的联络跟踪器。亨特和梅去找能帮他们联系到九头蛇组织的斯巴德，探听到了有用的信息。西蒙斯重返之后，由于长期呆在了另一个星球，身体机能发生了一系列变化。为了帮她恢复，菲兹带她去实验室转转，结果当她看到曾用来做传送门的巨石，现在虽已经碎裂成一堆石头，还是产生了反应，她曾经最爱的实验室也让她感觉不适。大家知道她有很多事没有说出来，比如，她是如何独自在另一个星球活下来的。但大家尊重爱护她，决定等待，到她自己想说的时候再听。林肯躲到了一个朋友家，但当朋友从电视上得知他就是那个外星杀人犯，于是打了热线电话。林肯逃跑时他因受到了惊吓而死，林肯感到十分内疚。林肯打电话给黛西，诉说了自己的心境。菲尔约了罗莎琳见面，她就是政府的秘密组织ATCU的总负责人，她所领导的黑色行动队总是在异能人出现的时间赶到，并将他们带走。神盾局的人怀疑他们将这些异能人杀害并研究，美其名曰为了给国民以安全感。这次见面，菲尔想劝她同意神盾局将林肯带走，但罗莎琳还是拒绝了。菲尔还想请求她一件事，不要透露出黛西的信息，他知道罗莎琳手里有张医院的照片，如果她将之公布，黛西的安全也将受到威胁。黛西和迈克赶到去营救林肯，黑色行动队的人也到了。黛西想说服他不要再陷入对朋友之死的内疚，跟着她走。她表达了一直以来对他的爱情，当黛西成功说服林肯，准备带他撤离时，迈克进来告诉她计划有变，菲尔让把林肯交给黑色行动队。林肯再次使用异能逃脱。当黑色行动队又准备对付黛西时，菲尔选择了以后跟他们一起合作做为条件，才保全了黛西。菲兹带西蒙斯去吃他精心准备的浪漫晚餐。西蒙斯突然哭了，菲兹搂住她安慰着。她离开得太久，有很多事需要重新适应。亨特和梅经过一轮轮血腥残酷的杀戮，亨特最后被带到了总部，他将被安排与沃德见面，这正是他们此行的目的。
阿丽莎告诉异能人朋友西恩和罗莉夫妻，说泰瑞根泄露了，正说着，那个攻击过林肯的怪物来了，又攻击了阿丽莎的朋友并杀死了他们。阿丽莎也受到了攻击负伤，但身负异能的她，瞬间回到了神盾局，她的异状引起了菲尔的注意，菲尔急忙询问阿丽莎怎么了，得知了情况。赶紧派了黛西迈克赶去追踪怪物，结果两人最后跟罗莎琳的ATCU黑色行动队遭遇了，菲尔也在，双方不快地同时放下了枪。菲兹和芭比在查死亡的那对夫妻的现场，并找到了线索。黛西分析后发现，原来那个怪物是靠电邮定位袭击对象的。菲尔让他们将这个情报分享给ATCU，以期能互换情报。加纳劝告菲尔不要让阿丽莎出外勤，他认为这些异能人情况不明，可能有些还是有问题的，比如阿丽莎，但菲尔没听。两人正在谈话时，梅找来了，加纳跟梅曾是恋人关系，气氛顿时有点尴尬。梅是请菲尔劝亨特的，亨特找沃德复仇心切，听不进梅的劝告，情报计划并不周密，就想独闯九头蛇找沃德复仇。被救回来的西蒙斯现在表现得很古怪。她独自研究着巨石和异人资料，被菲兹发现后她生气地抢了回去。神盾局特工和ATCU黑色行动队一起，找到了弗莱，他就是发送病毒的异能人，然后怪物鞭笞就会赶过去杀掉那些追踪到的异能人。黛西和迈克跟着黑色行动队，想看他们会怎么样对付抓到了的弗莱。路上，怪物鞭笞出现，跳到车上带走弗莱并杀死了他。黛西感觉鞭笞跟原来想的不一样，他也可能会变回人，甚至任何人。亨特总算被带到了沃德面前，双方展开了激战。梅也及时赶来增援，但沃德却用加纳的生命来威胁梅，说如果三十秒内梅不放下枪，加纳就会死。梅正在犹豫，正要妥协，亨特急于报仇，对她说了句对不起冲了出去，他击中了沃德的身体，却还是被他逃掉了。超市里，沃纳和其它同伙走近了加纳，他们击晕了加纳，倒上汽油，将打火机扔到地上，然后跑了出来。超市在沃纳的身后发生了爆炸。
西蒙斯开始回忆当时发生的一切：半年前菲兹与西蒙斯约好一起吃晚饭后，西蒙斯带着略喜悦的心情去检查巨石，发现巨石门锁被打开了，然后被巨石吞入丢进了一个陌生古老的沙漠星球，在起初的惊慌和错愕过后，她发现这是个长年不见太阳，周遭也没有明显动植物活动迹象的沙漠星球，西蒙斯开始尝试以乐观和自己的科研态度去缓解自己的紧张情绪，并以手机开始语音报告周围的状况，但几天过后，随着时间的流逝，西蒙斯开始怀疑是否能够得救，并开始出现激动，压抑，崩溃的状态，她离开了投放进入的位置，开始去寻找水源和食物，并在经历了沙暴后找到了一个寄生着触手般植物的水源，通过冒险捕猎暂时解决了饮食的问题。过了一段时间，西蒙斯偶尔间竟掉入了一个地底的人造陷阱里，她发现在这个地底下居然有一个男人的存在，那个男人与西蒙斯在彼此试探了几次后得到了彼此的信任，西蒙斯惊讶地得知他是NASA以前派来巨石星球探索唯一的幸存者威尔，更惊讶地得知对方竟已经在这里活了十四年，威尔告诉西蒙斯这个星球如同一个邪恶而且闹脾气的生命，在这里有着一个身份不明并能影响他人心智的可怕捕猎者，就是它把当初的探索队逼疯自杀和互相残杀，西蒙斯却不相信，并希望可以去周遭的禁区探索回家的方法，又过了一段时间，外出觅食的西蒙斯竟在万人坑的沙暴中遇到了那个一身黑色斗篷的捕猎者，她赶紧回到了安全地带，威尔警告她不得再去那里，西蒙斯却在万人坑里找到了从星图对应到巨石通道位置的方法，并决定牺牲自己唯一的手机提供能源，两人冒险到达了巨石通道的地点，却在最后投放信息的时候失败了，失望与压力相互激荡的西蒙斯在地洞里与威尔相拥在一起，星球上唯一的一男一女开始了激吻。两人在一起后，西蒙斯算出了这个星球十八年一次的日出，威尔找来了一瓶古老的红酒，两人在庆祝时西蒙斯却发现了菲兹投来的信号弹，两人正打算赶往通道时捕猎者却又和沙暴一起出现，西蒙斯悚然发现它居然真的可以幻化成宇航员等各种虚假的形象来猎杀，最终威尔让西蒙斯一人赶往通道，自己却留下了抵抗捕猎者。回到地球的西蒙斯不知威尔是死是活，她央求菲兹帮她回到巨石星球解救威尔，却不料菲兹早已分析完了巨石通道的各种原理和恢复方法，并承诺会救回威尔，西蒙斯不禁大受感动……而另一方面，威尔在十八年一次的日出阳光下，站在西蒙斯离开的地方，丧气地将没有子弹的手枪丢开，在日落的夜幕下离开
亨特刺杀沃德失败，间接导致安德鲁被伪装成学生的九头蛇成员沃纳袭击，但是安德鲁却侥幸逃了回来，他告诉梅是寇森暗中派遣的手下救下了他，任务失败的亨特被命令不得再参与沃德的追杀任务，而芭比则经受了梅的突击测验，梅认为芭比已经恢复到了足够出任务的程度，两人组成队伍去追击沃纳的踪迹，而沃纳此时则躲入了父亲以前部下的庇护。另一方面，闲极无聊的亨特去调侃菲兹打算救回西蒙斯未婚夫的举措，却被菲兹拒绝了无聊的举措，并与黛西和麦克一同侦察鞭笞的身份，却不料追踪到了菲尔和ATCU首领的私下会面，并得知ATCU一直在追捕和医治异人。与此同时梅和芭比找到了沃纳的所在地，却不料沃纳遭到了出卖，九头蛇的人先一步找到并折磨了沃纳，恢复了身手的芭比击败了沃德的副手，而梅从沃纳口中得知了一个惊悚的事实：当时救了安德鲁的人并非是寇森的手下，而是安德鲁自己发生了可怕的变化——他竟然就是那个不断追杀异人族的异人猎杀者鞭笞。变身后的安德鲁干掉了当时沃纳以外的全部九头蛇成员，之后变成原来的样子用打火机引爆燃料，伪装成自己遭遇袭击侥幸逃命的样子。得知了真相的梅头一次露出了犹豫迟疑的神色。与此同时在神盾局里，黛西与林肯进行了一次秘密通话，林肯却不愿透露自己的位置，尚不知安德鲁身份的黛西告诉了安德鲁林肯的事，却没看到安德鲁的目光在转身后，逐渐变得阴沉了起来
菲尔、黛比和加纳一起，讨论着ATCU将异人族冷冻起来的事。黛比表示反对，她希望异人们也能有机会选择做自己。加纳冷冷地跟在他们后面听着，然后插话说赞成菲尔，说不是所有的异人都像你一样学会了控制自己的力量。菲尔提到了下午要和总统有一个秘密会面，以ATCU成员的身份和罗莎琳一起，并说了会面地点。菲尔还提到如果黛西能说服罗莎琳，事情会好办些。加纳说他可以及时将乔伊的报告交过来作证明。因为乔伊发现了自己的的异能之后，非常担心伤害到别人。黛西带罗莎琳参观神盾局的飞行器，并告诉她，她觉得更好地对待异人的方法。不是冷冻他们，而是教化他们。罗莎琳并没有被她服。西蒙斯将她的手机交给了菲兹，她用它记录了在另一个星球发生的一切，现在它损毁了，想看看菲兹能不能帮它复原。菲兹成功地复原了手机的资料，看到西蒙斯跟威尔依偎在一起的照片时，很难受，但当他听到西蒙斯说只能看到星星和两个月亮，看不到太阳时，他赶紧听了下去。并从威尔袖臂的徽章找到了重新开启传送门的线索。梅暗中调查了加纳的行踪，心里对他就是怪物鞭笞的怀疑加深了。但她没有告诉别人，而是独自去找加纳。加纳正在给乔伊做评估，听到乔伊说对新具有的超能力感到高兴时，内心里充满了杀死乔伊的冲动，但还是管住了自己。他克制着对乔伊的敌意继续交谈，这时，梅闯了进来，让把乔伊带出去，只留下两人单独谈话。梅让加纳说出真相，加纳被逼问得紧了，竟拔枪击晕了梅，然后将她带到了他工作的大学锁了起来。梅醒来后，他告诉了她真相，原来就是那次两人在夏威夷，他调查黛西母亲嘉颖时，翻看的一本记录异人的书，有阵迷雾喷出，他就出现了异状，这种异状只有在他攻击异人后才能有所缓解，所以，他只能跟她分手。现在，他希望得到她的帮助。 林肯打电话给了迈克，迈克赶了过去。林肯告诉他，据他的调查，怪物鞭笞应该就在神盾局里。迈克带着他去找菲尔，告诉了他情况，菲尔觉得这不可思议，但同事们的话，让他不得不相信，他推迟了和总统的会面，一起赶去找加纳和梅。 加纳试图告诉菲尔，他所做的一切，跟菲尔目标一致，但对他充满敌意的林肯，率先发难，加纳马上变身鞭笞，狂性大发，甚至将罗莎琳扔下楼，幸亏黛西救了她。梅尔在鞭笞又要对林肯动手时，插到两人中间，她的出现让加纳已恢复了常态，这时，梅掏枪击中了他，并借机将他关进了隔离舱。
沃德和原九头蛇高层马利克一同进餐。马利克是活下来的唯一元老,他出卖了沃纳向沃德示好,但正因此事,沃德并不信任他的人品,认为是他控制了九头蛇的密室,那密室据说是九头蛇的力量源泉。席间,两人话里藏刀,马利克离开后,他的人袭击了沃德,但全被沃德制服。沃德要利用他俘获的人进入密室。然后他赶往了在德国普策科的密室。加纳也被冷落起来放入了罗莎琳的基地,梅心里并不好过,所有人都感受到了这一点。林肯倒是能安心地睡个觉了。黛西劝他尽管找好自己的位置,因为神盾局并不会留着一个到处闲逛的人。菲尔跟罗莎琳越走越近,这引起了迈克的忧虑。他找到菲尔询问两人的关系,菲尔却说这是他自己的私事,虽然他并不完全信任她,但他想一探究竟,看她是不是值得信任,他决定带她前来他们的秘密基地。其实,菲尔也想借机打入罗莎琳的ATCU组织,查一下他们的底细。他做了行动布署。芭比和亨特前往ATCU基地,成功地将电脑木马置入了ATCU的系统中。梅和林肯赶去ATCU执行下一步任务。黛西根据芭比传回的信息发现,ATCU组织不是在治愈异人,事实上他们是在更快地转化异人。菲兹和西蒙斯查到了威尔并不是宇航局派去完成科学任务的,而是跟一个邪恶组织有关。西蒙斯说,那组织将威尔当成了血祭发往了那个星球,但她却不想查下去了,她担心另有隐情,她希望威尔高大的形象留在心里,她爱威尔。当然,也爱穿过宇宙去救她的菲兹。菲兹说服了她继续查下去。马利克将恢复人形的加纳带到了密室谈话。他想从他嘴里套出神盾局的秘密。罗莎琳还想跟菲尔调情,菲尔却揭破了她组织的秘密,罗莎琳这时才发现,她是被马利克利用欺骗了。亨特和芭比受到ATCU组织中外星人的攻击,罗莎琳让班克斯带他们逃出来。
菲尔听到ATCU和九头蛇马利克的关系后，和罗莎琳进餐时，他担心起罗莎琳的安全。罗莎琳说ATCU是她的地盘，不会有什么问题。话未说完，一颗子弹穿透了玻璃，罗莎琳咽喉中弹倒地而亡。射中她的是沃德。菲尔接到了沃德的电话，他告诉菲尔，这是为了让他感受一下心爱的人死在面前的心情。而且因为神盾局总是派出最优秀的特工前来暗杀他，所以，他也派人前去杀他了。菲尔好容易突围出来，跳上了迈克迎接他的车。顾不上管罗莎琳了，菲尔心情沉重地返回了神盾局。他开始在神盾局内动员调查沃德，让他们说出记忆中关于沃德的一切。他甚至问到了梅和沃德上床时，沃德透露出的个人经历。沃德显然和神盾局的很多人都有很深的渊源。他救过西蒙斯，和菲兹相处得像兄弟，爱上过黛西。菲兹一一地了解着这些事。黛西告诉菲尔，沃德很容易被一个强有力的父亲似的人吸引，所以才被招进了九头蛇。他杀了不少人，不是因为没有感情，而是因为太有感情。但黛西并不会原谅沃德的行为，他为了伤害菲尔杀罗莎琳，当年因为爱她杀了也同样爱她的凯尼格。马利克向沃德展示了他珍藏的五块石头，它们都是从那块传送门的巨石上取下的。九头蛇存在的目的就在于此。马利克说菲尔的逃脱会威胁到计划。沃德说他会保证一切成功。菲尔见到亨特后，迁怒于他，说如果他当时杀掉了沃德，罗莎琳就不会死了。他也恨自己当年怎么把沃德招进了队里。亨特要求再给他一次杀沃德的机会。菲尔让迈克替他暂行神盾局局长的职责，他要率人找沃德复仇。班克斯带着西蒙斯、菲兹去远星机构查资料。谁料刚到地方，班克斯竟被无形的力量控制杀人然后自杀。西蒙斯和菲兹被绑了起来，去见了沃德和马利克。沃德让菲兹看对折磨西蒙斯的视频，逼菲兹说出西蒙斯重返地球的办法。这时，菲尔他们找到了沃德的亲弟弟托马斯，并通知了沃德。菲尔利用托马斯得知了沃德的位置，于是赶去那里。迈克决定派黛西率领异人林肯和乔伊出发前去支援菲尔。菲兹不忍心看到西蒙斯受折磨，于是答应了马利克和沃德，前去那个星球，带九头蛇的那个怪物回来。沃德本想找菲尔复仇，但马利克说服了他，带队跟菲兹一起前往另一个星球。菲兹暗暗地向西蒙斯保证，只会带威尔回来。
在传送门最后关闭的瞬间，菲尔从空中飞过，直坠入传送门，也来到了异星球塔图因。但他沿着山坡滚动下来时，头磕到了一块石头上，晕了过去。清醒过来后，他给手枪装好了子弹。沃德率人和菲兹在异星球上边走边观察着，菲兹借机想将沃德的手枪抢过来，却被防范甚严的沃德识破。为了逼菲兹配合行动，沃德警告菲兹，如果六小时后他们不能完成任务，带那个怪物回到地球，那么西蒙斯就会被折磨致死。芭比黛西和迈克在商量在到底应该怎样行动，是先救菲尔，还是攻进九头蛇救出异人们，还是拿下传送门。新加入战队的异人乔伊倾听着他们如何商量。迈克最后做出了最终决定，众人开始依言悄悄采取行动。菲兹总算找到了威尔的洞穴，两人刚刚见面，沃德也跳了进来。菲兹解释说威尔可以做他们的向导。这才使沃德打消了杀掉威尔的想法。威尔的一条腿受了伤，是当时帮西蒙斯逃走时被怪物咬伤的。威尔和菲兹暗暗商量好了对策，菲尔此时也及时出现，他开枪打死了沃德带的士兵，当沃德说他打伤了菲兹，菲兹在流血，嗜血的怪物肯定不会让菲兹活着回去时，菲尔愤怒地击中他，这下沃德也在流血。菲尔用枪指着他，让他带路找到菲兹。神盾局的同事们拉掉了电闸，一直在设法逃脱的西蒙斯，借机趁黑离开囚禁她的地方，这时她发现了被关着的加纳博士。加纳请求她放他出来，他再次变身鞭笞才除掉了那些要抓西蒙斯的九头蛇士兵。逃掉了的西蒙斯成功地跟神盾局的同事们会合了。他们到巨石传送门室商量着下一步对策。加纳化身的鞭笞将九头蛇冷冻着的异人全杀了。菲兹和威尔边走边谈论着，菲兹为威尔包扎伤口时发现了破绽，原来，威尔在抵御怪物救西蒙斯已被杀掉，假“威尔”正要杀死菲兹时，也来到传送门附近的菲尔，举枪击中了他。沃德见状又攻击菲尔。菲兹在旁边开枪击了沃德，然后从菲尔的背包里找到了火焰枪，击中了假威尔，假威尔燃烧起来。传送门就要关闭了，菲兹催促菲尔赶紧离开，想到死去的罗莎琳，菲尔用机械手亲手弄死了沃德，然后将机械臂取下扔到他旁边，然后和菲兹一起离开。神盾局的同事们欢迎着他们。菲兹和西蒙斯拥抱时，正和梅拥抱着的菲尔，也看向他，目光冰冷而神秘。
