东京峰会召开在即，为了确保会议顺利中止，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设备“陆地边缘”中止安保义务。可就在严密的防控下，此地已然发作了爆炸案。令柯南（平地南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极端不利的证据。在此之后，小五郎 遭到拘捕。柯南则发现安室透曾出如今爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的洁白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小同伴们结合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深化，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐惧分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令一切人张口结舌……
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