卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑行将执行之前清醒过去，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参与一个能让人类摆脱暴力激动的方案。虚拟事实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇看法到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻觅的是可以控制自在意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻觅伊甸园苹果在现代世界的下落，要挟着他身体和心思的安康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提示他艾伦有可以动机不纯之后，卡勒姆·林奇末尾重新思索他的行为和动机，而人类自在意志的命运也变得悬而未决……
