战后复兴的东京，、少年侦探金田正太郎和他的“铁人28号”一同处置了一个接着一个的困难事情。但是在战争中行迹不明的正太郎的哥哥出如今了正太郎面前。（正太郎的哥哥也叫正太郎，故下面用SHOUTAROU替代）。为了战争而接受铁人操控训练后前往日本的SHOUTAROU却得知了博士的遗言为“将铁人留给弟弟正太郎”。而如今的日本也已恢复了战争，他的存在似乎变得毫无价值。但SHOUTAROU还是接受了这个事实，并向弟弟正太郎教授铁人的操纵技术。与此同时，东京埋藏着“废墟弹”的事实也被暴露了出来，那是铁人28号的开发者金田博士研制出来的最终兵器。假定这个武器爆炸的话，东京将化为一片灰烬。SHOUTAROU传达了金田博士的另一个遗言：废墟弹的所在地只需铁人才知道……。
于是正太郎一行人末尾积极预备废墟弹的回收处置义务。但却突然出现了一个名叫“白昼的残月”的复员兵人。他指摘正太郎没有持有铁人的资历，并不时的希图杀死正太郎，干扰回出义务。
如今，被铁人和废墟弹掩盖起来的可怕事实正在渐突变得明晰……
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