公元2220年,曾经为了维护地球和人类的大和号已在水瓶之海中醒悟了17年之久。而阅历了较长一段和往常期的地球,却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系接近,人类赖以生活的蓝色星球行将湮灭。为了寻得一线生机,人类末尾实行浩荡的移民方案,借助运输船的协助,人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。但是在这一进程中,运输船被星际国度联盟的外星生命视作侵略者,继而遭到消灭性的打击,现代进的妻子阿雪也在最近一次护航举动中失踪。离地球消灭缺乏一个月,现代进临危授命成为第三次移民团的护航舰队总司令,全新的大和号也在这次移民中复生退场……
本片依据松本零士的同名原著改编。