小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳竞赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人各奔前程。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长配音）和好冤家橘真琴（铃木达央配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼配音）重逢。三人回想起小学光阴，商定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守配音）。预料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起应战，结果遥输给了他。遥、真琴和渚决议成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅配音），他们以县大赛冠军为目的，中止紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作预备。他们商定，要在赛场上决一上下。充溢热情和生机的游泳部，在这个夏天，末尾了关于友谊与青春的Free!故事。
