自那之后曾经过去了5年。Amazon简直被驱除，世界趋于战争。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在继续发作扩展，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。
其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战役。但在被生来的吃人激动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战役的少女·优。关于这样的优，他第一次没有发作“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复生的Amazon。
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