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大唐贞观初年，唐太宗李世民登基不久，此时并非大唐王朝最好的时代，广袤疆土还未从连年的战火杀伐中恢复元气，紧接着出现的大规模寒雪之灾，列使数以万计的流民涌向大唐王朝长安。这个时候，玄武门蒙难的隐太子乘机制造混乱，排斥当朝新政，运用古代的各种杀人手段，残杀数万民众，从而给贞观新朝蒙上了一层动荡的阴霾。长安城门前横尸遍地，那人杀完人后自刎了。尉迟方将人翻过来后看出那人是神刀崔元启将军，崔元启的手上有李淳风的血印。崔元启杀人的事情在城中传开，死前有谣琴响起。李世明了解了案性后知道杀人者是已故的崔元启，民间传出了种种鬼神之说。李淳风知道自己的麻烦来，他精通天文地理，常住在随意楼，尉迟方打听到了他的住处，崔元启尸身杀人让众人难以理解。李淳风回到店里后悄然坐到了尉迟方一旁，他看到了来店里闹事的钟馗，钟馗不分三七二十一就砸了随意楼的桌子和招牌。钟馗喝了东西后口吐白沫倒地，他让人将钟馗拖出去，尉迟方将李淳风抓走。李淳风通过骨相看出了来人是尉迟恭，他的话让尉迟方信服，尉迟方只好放人，李淳风骂他的昏官，尉迟方将他带走。郡主装扮成公子模样来到长安街上，李淳风看到了崔元启手上自己的名字，他看出那字并非是崔元启所写。谢应龙见到郡主来到崔元启的尸旁，李淳风在崔元启手上画了符印，崔元启手上的名字印迹已经不见，尉迟方对他无法定罪。郡主看到崔元启手上的名字已被销毁，她猜出那人就是李淳风，她只能是静观其变。谢应龙来到青楼找柳五娘，他让她从实招来。
谢应龙在青楼里被人用针扎中头部后倒地身亡，尉迟方时刻在盯着李淳风，他们看到了一匹马在追赶一姑娘，尉迟方出手制止了那匹受惊的马，那女子正是柳五娘。从尉迟方那里李淳风知道崔元启和谢应龙是隋朝旧将，他们跟着那匹马来到城外的墓地。李淳风想从尉迟方那里拿到一些银两，尉迟方让他先随自己办案。在坟前他们看到了运尸的马车，没有赶车的人，车后躺的人突然站了起来。尉迟方冲出去阻止，刚一交手马车和人都不见了。李淳风看到了背后无头的将军，他用笛声和那琴音相抗。尉迟方随后和那无头将军打斗，李淳风的笛声让那无头将军不能动弹，他看到了李淳风刀上的血，这血证明了那无头将军并非鬼魂。等他们返回城中时发现城门楼上吊着一个坟前见过的人，城中闹鬼的事情传开。李世民对于案件的进展很生气，他发布了告示以示万民，一些造谣生事之人被抓了起来，他们都是无辜的白姓。拂云郡主也接到皇上圣谕，郡主府也受到连累。李淳风查起了魏纪，他看出了一些端倪。拂云郡主通过下人想起了以前的往事，她知道李淳风已经卷入此案。谢应龙骑马倒在地上被自称长安双侠的人看到，他们到后发现居然是死人。尉迟方发现城门口所吊人的心肝被人挖走，他警告士兵不要煽动鬼案。尉迟方拿出了证据让李淳风看，李淳风无法解释，他拿出了心脏给尉迟方看，这是为了查清死者死因。从心脏上他发现了一丝端倪，李淳风认为是那些人的经络被人控制所致，正是傀儡术起的作用，他们讨论之时收到了尉迟方的死讯。
郡主猜出凶手是冲郡主府而来，她要去看一下。钟馗被误认为成杀死谢应龙的凶手，尉迟方提出要将钟馗带走查问，郡主到后让人将钟馗送到衙门，李淳风也来到现场说了自己看法，他的话让郡主哑口无言，李淳风说谢应龙根本没死，何来凶手。李淳风和郡主打赌，他提出要屋内作法来将谢应龙救活，还让尉迟方做护法。李淳风在屋内用磁铁吸出了谢应龙身上的针刺，留下药方后他就离开了，三日后谢应龙可恢复正常。谢庆龙还魂的说法传开，钟馗自然被释放。李淳风将房门关上后叫尉迟方一起看了谢应龙的虎口，他们明白那人就是坟场的无头将军。郡主因打赌输了，李淳风摘下了她的头簪。谢应龙的血脉被针封住，李淳风的解释让尉迟方明白了几个人的死因，这正是傀儡术的作用。李淳风向拂云郡主讲起了崔元启和谢应龙反叛的原因，他们当年杀死魏纪是为了抢得传说中的傀儡术手札，拂云郡主说她并不了解此事。李淳风知道谢应龙肯定成了某人的傀儡，钟馗找李淳风表示感谢，他讲起了当天闹事的原因，瓜哥和葫芦的出现说那晚他们听到琴声。李淳风在街上闲逛时听到了琴声，追寻过去后听出琴声来自郡主府，和他猜测的一样。李淳风说出了傀儡术的傀儡是被琴声所控，他向郡主说出了自己的想法，他怀疑她就是背后的操控之人。郡主不承认她那样做，李淳风看出她不是真凶。李淳风将自己的判断告诉了谢应龙，他带他来到明翠楼查案，他们直接去了五娘房中，五娘说她不会弹玉玲珑，他拿出手帕时看到了她表现的惊慌之态。
公孙先生躲暗阁中观察着外面的情况，李淳风向柳五娘提起敢崔元启的死，他提出要房中小坐一会儿，从崔元启的手书上李淳风看出了墙上那副字画是崔元启所写。乌夜蹄在街上追赶柳五娘也值得怀疑，李淳风决定去司马府找她，到后验证了柳五娘不在那里。李淳风明白操控傀儡术的人绝非常人，这可能是对方欲擒故纵之计。乌夜蹄的出现让李淳风明白真相很快会大白于天下。李淳风和尉迟方跟着乌夜蹄来到乱葬岗，李淳风猜应该还有人会来，郡主的出现早在他的意料之中。李淳风在乱葬岗让尉迟方将大树砍断，之后他们三人一起来到了地下洞穴。李淳风猜出是公孙先生操纵着傀儡术，这个公孙先生是郡主师傅的胞弟公孙敕，李淳风明白此事因自己而起，他要弄清楚事件真相。李淳风看到了傀儡术手札，公孙敕趁机将针扎向了李淳风的背后，李淳风随后将丹书上面的文字说了出来，公孙敕大笑，他费尽心机是想操纵活人，颠覆大唐。公孙敕讲起了当年发生的情况，他明为太子部下，暗中做他哥哥的替身。公孙敕自信能颠覆大唐，李淳风知道了全部事件的真相。听到琴声的傀儡开始攻击郡主和尉迟方，李淳风也试图对琴声进行反抗，公孙敕在对李淳风动手前他早已在他身上扎入三根针，而公孙敕扎在他体内的针已被吸出。李淳风拿到所需东西后就离开了，他将傀儡术手札烧毁，从此傀儡术成了永久的秘密。
三月初三，正是长安城春意盎然之时，但就在这满城春风之中却透出一股浓重的血腥之气，上元过后朝中已有六名重要人物被人刺杀，且刺客行刺手法与隋朝末年江湖中的神秘组织游侠令同出一辙，一时间王城之内人人岌岌可危。荆捕头神色慌张地将刘学士被杀的情况汇报给长史易秋楼，现场已被守护，验看尸首后荆捕头推断出了死因，刘学士在抬头的瞬间被铅丸杀死。皇上命易秋楼限期破获刘钧被杀之案，公公告诉他全朝都在议论此事，并告诫他尽快破案。易秋楼不知道该如何办才好，拂云郡主让马周建议易秋楼找随意楼的李淳风帮忙，李淳风到后看到了荆捕头袖口的药渍，他推断出荆捕头家中定然有病人，荆捕头在京城中有天罗地网之称，易秋楼希望他们能联手破案。李淳风看完尸体后提出了因果之说，随后荆捕头回去看望儿子荆武，易秋楼听完李淳风的分析后十分敬佩。荆捕头无意中看到了街上卖糖糕之人手上的伤痕，他命人追踪过去。易秋楼向李淳风请求如何破案，李淳风提出先寻找凶手的动机，易秋楼向他介绍了被杀的情况，李淳风推断是买凶杀人，他知道最近有一个组织死灰复燃。尉迟方收到了一女子送的盒子，打开后发现里面是两颗眼珠，这让他大吃一惊。李淳风拿着铅丸上山来到道观，观主了解了案情，死者死前都有预警，观主也不知道是否和游侠令有关，李淳风这才了解游侠令组织当年受到灭顶之灾，冷血十三杀了他的师傅羽之，传说中游侠令牌存在惊天秘密，观主建议他不要插手此案。凶手知道李淳风已涉足此案，他们想让朝野认为李淳风和游侠令在一起。长安双侠跟踪两人来到随意楼，他们将对两人的怀疑告诉了小掌柜，摇光掌柜出手后将他们吓跑。摇光掌柜让长安双侠去通知钟馗和尉迟方，李淳风在街上遇到了那两人，他们要他交出游侠令符。
钟馗突然出现将其中一人打伤，尉迟方也将另一人吓退，李淳风感觉他们的出手破坏了线索。华原县令方恪从噩梦中惊醒，他被调长安任职。拂云郡主向李淳风致歉，他不明白她为何要推荐他去协助破案，李淳风也很乐意参与此案。尉迟方拿着铅丸射向烛台，李淳风听到他说出那木盒后急忙离开，当时方恪也在现场，李淳风猜出方恪定然有难，他们赶往方恪的住所。尉迟方和刺客交手，方恪逃过一劫，幸好李淳风提前将硬物放于方恪眉心。陈六回到家后发现妻小不见，凶手让他按自己说的去做。李淳风对于幕后凶手有怀疑之人，他准备先把方恪藏起来诈死。易秋楼知道方恪死后很难办，荆捕头提出游侠令，陈六被他羁押，陈六招供说李淳风是游侠组织幕后之人。易秋楼听完荆捕头的话后准备拿下李淳风，李淳风见官军来后算出了他有牢狱之灾。李淳风跟着荆捕头回到衙门，尉迟方到后听摇光说了李淳风被带走的原因。陈六被带到大堂之后一口咬定李淳风是羽之的幕僚，他没有证据证明李淳风就是那位高级幕僚。荆捕头从李淳风身上搜到了杀人的铅丸，一女子将木盒送给长史，易秋楼打开盒子后很吃惊，陈六见到那盒子也受到惊吓，易秋楼急忙退堂。郡主出面让李淳风无罪释放，李淳风告诉尉迟方说陈六就是冷血十三中的老幺。真正的幕后之人是荆捕头，他猜出李淳风已怀疑自己，他命人把李淳风杀死在陈六面前，目的是为了证明此事是游侠令所为。郡主和尉迟方来到随意楼发现李淳风不在，他们猜测出李淳风肯定找陈六去了，杀手要行刺李淳风时拂云郡主出手阻止。
郡主与郡主斗得正酣，李见陈六抱着扁担不放，于是伸手去拿，陈六伸手钳住李的脖子，将其推开，转身飞走。杀手中一人腾出手对付李，杀手伤了郡主，郡主怒杀之，另一杀手欲逃，郡主飞剑击杀。李蒙眼为郡主敷药，期间谈起长史易秋楼的往事，郡主准备亲吻李，尉迟闯入，误以为李非礼郡。李找到马周，要他请常和出面，督促易秋楼办案，而不是一味逃避。李和荆捕头在长史榻前议事，长史被中发出女子之声，原来是长史的小妾被长史手上老茧磨痛，长史说是常年摸玉佩导致手生老茧。李荆二人同时想到诱敌之计，以易秋楼为饵，诱出杀手。游侠令中送信物的女子在陈六面前丢下一封信，信中要陈六半路截杀坐在轿中的易秋楼。而尉迟则在长史府中保护易秋楼，李荆二人护卫着空轿去诱敌。陈六还未动手，荆就大喊拿刺客。陈六大喊一声，是你。荆欲杀陈六，李从轿中大喊留下活口。陈六用机括射出铅丸打中荆的肚子。随即玄妙观观主出现，使出天绝之剑杀死了陈六。荆随身金甲救了他的命。李随即问起荆如何认得陈六，荆回忆起往事，敷衍过去。刺客前来长史府刺杀易秋楼，尉迟将他击退。李荆赶回长史府，将躲在床下的易秋楼拉出，李随即发现床上的铅丸，他自隐匿。长史府衙门内，陈六从停尸房爬出来，刚翻墙出来，便被李淳风叫住。是李让陈假死。红武黑文，白丸料理后事。原来陈六当日选中的是白丸。荆赶回长史府，听说陈尸身已然不见，大惊失色，随即猜到陈六是炸死，是李为其设的局。李要摇光请郡主去开远门外阻止一个人去杀陈六，而李自己则去钓鱼，荆到李钓鱼的地方准备杀李。
荆欲杀李，将杀人经过和盘托出，然后问李如何识破？李告知一切。荆举刀欲刺，却觉得浑身不能动，原来荆昨日被陈六射伤之时，李给荆喝下了春风散，一发怒便浑身无力。荆自知无法杀李，便引刀自裁。死前要求李不要在插足此事，希望他的死可以让此事一了百了。易秋楼聚集衙役去杀陈六，半路被郡主截住，变转身到了随意楼。李回到随意楼，然后看到了易秋楼，易秋楼告诉他就是背后主谋。然后将事情原本道来。易秋楼的父亲因为直谏得罪奸臣，被太宗下狱赐死。易秋楼誓要秉承父志，杀尽天下奸臣。尉迟护送方恪出长安，方恪道出其实是他为了封赏，杀了灾民。尉迟愤然与其断交。在观中观主劈开陈六的扁担，原来游侠令符藏在扁担中，李淳风将令符还给陈六。方恪前往原州府一个县任职，易秋楼也前往原州府。时摩勒三万大军背叛大唐，易秋楼率军抵抗，陈六也用游侠令召集旧部组成民兵抵抗叛军，战争获得胜利，二人却英勇殉国。
贞观初年，郡主府内，冯嬷将进献给皇上的食盒交给侍女，是女不小心打翻盒子，郡主整理食盒之时，意外发现里面放了一个小木人。郡主拿着木人去找李淳风，李淳风撬开木人，发现里面有一块黄布，赫然写着李世民的名字。李将黄布烧掉，并告诫郡主不要再提起此事。李向郡主要钱，郡主从脖子上摘下随身携带的铜钱项圈。李前往郡主府查验，向管家索要郎巾，郎巾便是灰狼的筋，李推说是断案神器。李召集郡主府众仆役，说明日要烧烤郎巾，如果有人在木盒放了木偶人，那个人就会做出不正常的反应。冯嬷听了之后呆在原地。天牢之内，马周提审一个叫张彪的隐太子李建成近卫。从头他口中得知建成的幼子可能没死。马周将此事禀报上官，并且猜测可能隐太子余党会在太上皇前往慈恩寺上香之际让太上皇爷孙相认。为了朝廷不再起风波，二人商议，要张彪潜入慈恩寺，找寻隐太子的幼子。张彪装作是嵩山少林寺挂单的僧人，寺里安排玄奘招待张彪。玄奘拉着张彪讲经说法，张彪一时之间忘了词，不知如何应对。此时一个小沙弥进来向玄奘问安，张彪便借此向玄奘打听寺内小沙弥之事。寺内和尚开始怀疑张彪。马周找到尉迟，秘密交代尉迟在太上皇上香那天一定要保护好太上皇。尉迟去找李淳风，李不在店内，尉迟给了摇光银子，拿起酒喝了起来。李淳风回到店内，发现尉迟等他等到睡着。便把他叫起，二人在楼上交换秘密。
尉迟告诉李淳风马周交给他的秘密任务，李淳风当下猜出马周的用意。尉迟随即问李的情报，李开玩笑说和郡主喝酒赏花。尉迟笑他有佳人还有吃有喝有的拿。李便说那个木人是诅咒皇上的。冯嬷去慈恩寺求签，刚准备解签，一个和尚把她的签撞在地上，和尚帮她把签捡起解签，是一个下下签。冯嬷回府后心神不宁，找来芹妈，问是否真有狼筋断案之说，芹妈对郡主和李淳风深信不疑，使得冯嬷更加担心。张彪和玄奘行至藏经阁，张彪便问玄奘藏经阁是否有人看守，玄奘说白天有元觉看守，晚间无人。正议论间，寺主仿熙大师从旁边经过，原来寺主是一个下半身瘫痪的人。看守藏经阁的元觉夜间和一女子偷情，忽然听见门外有响动。待出去查看，却空无一人。此时张彪却进入了一条地道，来到一处暗室，发现几箱隐太子的珠宝，同时发现一具骷髅，骷髅上有一块玉牌，玉牌上写了一个李字。刚要说出骷髅是谁，却被人杀死。元觉和尚和偷情的女子商议私奔之事，突然又听到响声，二人前往查看，发现张彪的尸体直挺挺的在移动，移动到藏经阁二楼，突然尸体后面出现一个黑衣人，把张彪的尸体扔下藏经阁。和元觉偷情的女子和元觉约定在后山等他一起私奔，元觉答应了。郡主府婢女雪儿一早来找李，告诉他冯嬷死了。李刚出门遇上尉迟，三人便一同前往郡主府。郡主见到李淳风前来便倒在他怀中大哭，李判定冯嬷悬梁自尽。李前往冯嬷住处查看，找到一个箱子里面有个布老虎，同时也找到那张签文。李断定冯嬷去过寺庙。管家叫来芹妈，芹妈道出冯嬷的往事，并且如实交代冯嬷有个孩子，并且她认为那是冯嬷和和尚通奸所生。李推断那个孩子已经死了。元觉收拾东西准备和偷情的女子逃跑，被元弘发觉，元弘拖着他去藏经阁。
