Clark从Jol-El留下的“后门”返回地球要打败Zod。而Lana终于意识到Lex已经被Zod控制。Martha和Losi的飞机降落到北极Jol-El的堡垒，Jol-El像Martha承认了自己对Clark教育的失败，并告诉Martha找到clark留下的可以杀死Zod的匕首。Chloe在星球日报遇到了自己“小朋友”Jimmy。
因为在幻影区时身体失去免疫力，Clark换上了感冒，并发现自己的喷嚏有超强的毁灭性。Lex被“绿箭”Oliver Queen的手下绑架，试图找到Lex获得超能力的秘密，可惜由于Zod被打败，Lex的超能力也早已经随之而去。Clark在Chloe的帮助下挖掘出了自己吹气的潜能，而Lois也完成了一生中第一篇新闻稿。
Chloe和Jimmy在树林里发现一对情侣被某种神秘的生物袭击，Clark发现袭击人类的是林中被人控制的植物。通过调查Clark找到了控制植物的幻影区的逃犯，但和Jimmy双双被俘获。Chloe找到被控植物的弱点，救出了奄奄一息的Jimmy和Clark。
在Lionel Luthor为Martha准备的晚会上，绿箭抢走了Martha佩戴的项链。Lois在追赶绿箭的时候夺到了绿箭随身的饰物，并立志要揭露绿箭的真面目。Clark得知此事后和Chloe对绿箭的身份展开调查，最终发现绿箭偷盗珠宝的真实目的，而知道了Clark身份后的绿箭也给了Clark新的建议。
Lex和Oliver Queen等前精英学院的同学一起参加同学聚会，Oliver当年的好友向Lex提起了当年的同学Duncan。在Lex就读精英学院的时候，因为自己独特的形象，经常受到Oliver等同学的欺辱，唯独家境贫穷靠奖学金入学就读Duncan和Lex成为了好朋友。正当Oliver的同学走到当年的学校大楼下方的时候，楼顶的雕像落下，Oliver的同学不治身亡。 Chloe在电视上看到“黑色星期四”之后世界上不少地方都发生了灾难，于是怀疑和Clark从幻影区返回有关，得知Oliver的卫星是当天唯一工作的卫星后，Chloe恳求Clark去找Oliver调用当天的卫星地图，寻找类似Clark归来时的陨石坑。与此同时，Lois、Oliver和Oliver的另一个同学参加了被砸身亡的同学的葬礼，在回家的路上Oliver同学的汽车发生了爆炸。面对两个同学的死亡，Oliver开始怀疑Lex是幕后主使。正当Lex在城堡中怀念当年的好友Duncan的时候，城堡的吊灯奇怪的落下，Lana为躲避吊灯摔成了脑震荡。Lex意识到自己是真正的目标，而Clark也相信Lex不会为了掩饰自己的作为而用Lana做牺牲，幕后的真凶另有其人。于是找到Oliver询问当年在精英学校发生的事情。原来Duncan一心想成为战天使那样的英雄，立志成为医生或律师帮助天下的穷人，Lex也愿意和Duncan一起实现理想，一天二人在楼道中无意中发现Oliver几个同学偷走了中考的试卷，Duncan坚持要去校长那里举报Oliver等人的行为，而Lex却为了成为Oliver等人的朋友而阻止Duncan像校长告发。Duncan无法接受Lex放弃原则的行为，而Lex也失去理智暴打了Duncan。激动的Duncan在靠近公路的时候被汽车撞到头部。因为贫穷Duncan的家庭无力医治，而Lionel Luthor为了掩盖Lex的过失，承担了Duncan的医疗费用。但Duncan在几天后死亡。Clark找到了Lionel，得知Duncan并没有死，而是成为了植物人。Lionel因为担心Duncan的存在影响Lex的生活而编造了Duncan死亡的消息，同时使用各种药物医治Duncan。Clark和Lois同是找到了Lionel医治Duncan的病房，发现Duncan从几天前开始注射含有陨石的药物，脑电波异常活跃。与此同时，Lex来到Oliver的住处，却遭遇Duncan的袭击，幸好Oliver即时相救，Lex得以幸免。Duncan控制Oliver屋内的弓箭袭击Oliver，Clark及时赶到用身体挡住了致命的一箭，箭头上的磁暴装置爆发，磁暴破坏了Duncan的脑电波，Duncan结束了自己的生命。
从幻影区逃逸的囚犯Baern降落到地球并附身在一个打篮球的少年体内，试图寻找并杀死Clark。Raya再次出现在Clark面前，并在Baern试图危害Clark的时候即时相救。在Raya的帮助下，Clark发现北极的堡垒有了复活的可能。Jim拍到了Lex研究氦星文字的文件，令Chloe紧张不已。
绿箭在一次阻止匪徒抢劫的事件中受到枪击，注射一种能使得伤口迅速复原的药物，这种药剂具有极强的副作用，使得oliver和lois的关系也处于紧张状态。制造这种药剂的女博士pamela black为queen工业工作。Clark与chole发现女博士的实验室。
深夜lex城堡内警报响起，警卫通知142号威胁。 lex和lana等人欲图进入密室躲避，就在进门前lex变成电视机频道雪花，被蒸发到另一空间层。lana找chloe帮忙调查。儿子不见了，老爹当然着急，莱诺在142号陨石怪带着lana去机密研究室33.1层前一天，撤走了一切，一切都消失得无了影踪！最终jimmy通过对各空间层频段的干扰成功救回了Lex。Lex继续作他的恶，当然接下来他有了支持者——怀孕的lana， 也可能是很快成为他妻子的lana。对于luthor公司的机密莱诺也极其关心，并且最后想联手lex进行陨石研究。 Lex消失的同时，远在西雅图出现了诡异现象，某艘船上的船员被害，死状很惨全部被拆骨，只剩一堆皮肉。当chloe问及正要赶去西雅图的ck是否该留下找lex时，ck选择了去西雅图拯救更多的人。这个凶手是吃人的幻影区逃犯，这个逃犯肉体健在，而Jol-El的水晶只能对付失去肉体只剩阴魂的幻影，clark陷入险境，某位爱吃巧克力饼干的外星超能力者（火星猎人）暗中救了他。
陨石给了老肯特旧友——农场主McNally土地公公的能力。利用这个能力McNally农场的规模不断扩大，需要的人手也越来越多。McNally将农场所需劳力的目标放到了那些非法移民身上。并利用自己的地下穿行能力，活埋了那些试图逃跑的人。只有从墨西哥来找妈妈小男孩Javier成功逃了出来。而他的好友Francisco则被土地吞没了。克拉克发现了躲在自家谷场中的Javier。在帮助Javier寻找Francisco的过程中，克拉克利用自己的超能力发现了McNally农场地下的掩埋的尸体，从而揭开了McNally利用超能力杀人的秘密。并在克洛伊和杰米的帮助下，找到了Javier的母亲。玛莎则利用参议员的身份帮助Javier以正常身份留在美国。在另一面，农场主McNally则成了莱克思.卢瑟郧石怪物收集中心里最新的一件收集品。
陨石怪是永恒的主题，本集我们看到的是一位爱挖掘别人秘密的不道德女记者---linda 。秘密被公布在报纸上可以给人很大的伤害，而lana和ck竟上了报纸头版。lana对chloe说lex向她求婚，可是因为还爱着ck没有答复lex。这个上了头条可不得了，ck再度郁闷，chloe也麻烦，传话筒不好当，弄得不好就是撒气筒了。私人秘密怎么能轻易被窃去呢？仅仅这点秘密？怎么可能！lex可是会不惜代价挖掘秘密的。linda自然成了雇佣对象，她果真挖到了大秘密.....chloe又一回成了保护ck的人。绿箭也惹捣麻烦了，lois怀疑oliver了，不过联手ck一场表演就可以糊弄过去了。当然重点是假扮绿箭的ck和lois的吻，让这家伙对lois产生了些微感觉。lana这个博爱的人，最终答应了lex的求婚。
