传奇队员意外导致时空错乱，大街上出现恐龙，著名地标也都穿插出现，队员们正手足无措，时间大师里普出现，告知队员们自己正在和特工们努力处理这些时空错乱现象，建立时间管理局机构，将出现在错误时空中的人物，地点，事件全部还原。里普和特工们井井有条地处理着这一切，因而里普告知传奇队员们，明日传奇不再被需要，将即刻就地解散。队员们因任务被取消，于是都回到了现实生活中，做起了普通的工作，然而大家却都很难适应现实中的普通工作。莎拉就职于一家超市，无聊的工作加上主管的刁难让莎拉很不适应，但也只能忍受。雷则就职于硅谷的一家科技公司，但也同样不受重用。杰佛逊和内特则继续在中央城做着惩奸除恶的工作，继续自己的英雄梦。罗里在阿鲁巴享受着沙滩阳光，却意外遇到了穿越时空而来的凯撒大帝，罗里制服了凯撒大帝，并且打电话通知了莎拉，莎拉得知消息，知道明日传奇将因此再次获得时间局青睐，于是终于不再忍受令人厌倦的工作和恼人的主管，立即辞职扬长而去。
内特回忆起半年前自己生日时和阿玛雅在一起的时光，阿玛雅在内特下楼买甜甜圈的时候失踪了。杰佛逊打断了内特的回忆，几人继续商议修正时空错乱的方法，雷发明出了超分子压缩机，可以将一切错位的事物缩小并且还能恢复原状。传奇开始商议从何处开始修复众多的时空错乱，最终大家决定从错乱等级最低的1870年的威斯康辛州开始。传奇回到了1870年威斯康辛州的一个马戏团，并决定分头行动去修复时空错乱。雷等人来到了马戏团后台，惊讶地发现了一只遭遇时空错乱的剑齿虎。雷准备用缩小器将剑齿虎缩小，却不料调错了参数，将剑齿虎变得更大，剑齿虎撞破笼子逃出。1870年威斯康辛州的时空错乱等级因此由1级上升到了4级，传奇不但没能解决问题，反而使问题变得更加复杂了。莎拉想到了擅长和动物打交道的阿玛雅，因此来到赞比西找阿玛雅帮忙。但此时的阿玛雅正过着自己喜欢的平淡生活，唯一让阿玛雅惦记的只有内特，莎拉骗阿玛雅内特知道她的回归将会很激动，阿玛雅因此决定帮莎拉的忙，但回到飞船上，阿玛雅发现内特并不知情，对自己的回归也似乎无动于衷。
阿玛雅的失控行为变得愈加严重，她在梦游时召唤出了蜘蛛的艾什，这令内特和马丁感到十分震惊，马丁决定对阿玛雅展开治疗。莎拉截获了盖瑞在2042年的西雅图发回的求救信息，盖瑞发现一名不明身份，正在大开杀戒的变种人。传奇队员经过讨论决定前往调查情况。传奇队员找到了盖瑞，在众人的逼问下，盖瑞说出了这是一个可以控制水的变种人。传奇队员分析了录像，发现了变种人的意图并不是杀掉天眼会成员，真正的目标是天眼会抓获的囚犯。传奇队员找到了这名囚犯，却发现在从2021年开始，变种人就变得不合法了，传奇队员们被天眼会发现，经过一番搏斗，众人才摆脱了天眼会的逮捕。马丁无法确定阿玛雅的失控究竟是什么原因造成，但阿玛雅认定失控一定和祖先留给自己的图腾有关。传奇队员们通过查找变种人扎里的档案发现了她有很多犯罪记录，并且发现在2042年，宗教也变成了违法的事情。众人来到酒吧寻找扎里，果不其然扎里正待在酒吧，传奇队员们找到扎里，但也发现了能控制水的变种人库阿萨。莎拉和库阿萨打斗起来，莎拉一时难以战胜库阿萨，于是带扎里一起回到飞船。
雷为了让扎里尽快融入传奇团队和大家一起进行团队信任活动，但在雷与罗里进行信任测验时，雷突然消失，众人惊慌失措，吉迪恩告知众人，雷在1988年死去。众人决定回到雷死去之前去拯救雷。众人回到1988年雷死去前的一天，雷突然又出现了。雷对自己即将死去的事没有表现出任何紧张情绪，反而充满乐观。众人找到了小时候的雷，一路跟踪着雷，却发现一切都非常正常。小雷回到家中，拿出了自己偷的糖果，给了自己床下的外星人幼体支配者。支配者是通过时空错乱来到了小雷身边，而成年的支配者将会变得十分危险。雷和扎里来到了小雷的家中寻找支配者，二人以为小雷此时正在学校，小雷却突然出现，雷只得缩小躲避，被小雷当做玩具放在一边。小雷正和支配者一起看电视，小雷的妈妈突然回家，雷妈妈斥责小雷要他去上学，支配者雷妈妈对小雷发火也变得生气，充满攻击性。传奇队员见势不妙，内特和阿玛雅只得假装动物管理局人员出现。小雷趁机将缩小的雷和支配者一起装在书包里逃向树林里，扎里紧随其后。
杰佛逊在雷的帮助下将火风暴分离，而内特则召集众人，告知众人自己在1895年的伦敦发现了吸血鬼。众人为了查明真相，回到了1895年的伦敦。传奇化身警察，找到了一名吸血鬼受害者，众人在验尸员口中得到重要消息，前往墓地寻找验尸员所说的来自未来的人，然而传奇发现此人正是里普，里普跟随众人回到了船上。马丁发现了杰佛逊的不对劲，但却依然无法抗拒女儿外孙所带来的幸福。阿玛雅找到扎里，二人的图腾发生了神奇地感应，二人决定一起找出其中隐藏的秘密。原来里普发现了时空错乱中的异常值和恶魔马鲁斯有关，马鲁斯正在召集不同时空的盟友，而里普对抗马鲁斯的决定却遭到时间局反对，里普只得再次找到传奇合作，一起去制服马鲁斯。传奇众人接受了里普的请求。内特作为诱饵来到大街上引诱吸血鬼，吸血鬼果然出现并抓走了内特。内特被绑在了一间屋子内，传奇众人则通过内特给出的线索确定了内特的位置，并推断出夜晚将出现红月，吸血鬼将出现。于是众人来到一场诡异的酒会，准备营救内特，狩猎吸血鬼。酒会上出现一名神秘人，装神弄鬼地说可以让活人和死人对话。
雷设计出一台机器，想要将马丁体内的火风暴基因完成转移给杰佛逊，然而因为能量过于强大，实验失败，意外地导致了马丁和杰佛逊二人身体互换。传奇队员集合在一起，商议去解决因美丽的来自特洛伊的海伦因为时空错乱错误地来到了1937年的洛杉矶而引起的一系列问题。传奇队员来到剧场对海伦进行侦查，海伦的一举一动都吸引着所有人的目光，片场也因此陷入混乱，海伦趁乱逃出，坐上另一家影视公司的汽车离开。众人回到飞船，决定在海伦引发更大混乱时，将她带回她应该在的年代。传奇队员们乔装打扮一番，决定去好莱坞寻找海伦。众人来到酒会等待海伦，马丁在酒会上见到了自己喜爱的影星，但发现她受到海伦影响并未出演过任何电影。此时海伦登场，所有人的目光再次聚集到海伦身上，传奇见海伦周围护卫众多，于是设计打湿了海伦的衣服。莎拉和扎里跟随海伦进入更衣室，想劝海伦离开，但海伦却并不想离开，躲开了二人。二人尾随海伦回到酒会，却在酒会上遇到了刚刚复活的达克，达克也带着自己的随从们来到酒会，达克想要海伦留下。阿玛雅遇到了同样来自赞比西的库阿萨。
莎拉由于受到达克攻击而一直处于昏迷状态，马丁一直试图唤醒莎拉无果。传奇决定让莎拉慢慢恢复，由其他队员继续时空修复工作，杰佛逊随手一指选中了下一个目标，1967年的越南。越南战争此时正在进行，数据显示有很多士兵在树林中遭遇不明生物袭击失踪。传奇队员假装成记者找到了一名遭遇袭击的幸存者，却没找到有价值的线索。神秘女子李安却找到队员们，告诉队员们她了解关于丛林的一些消息。米克和内特则直接进入丛林搜索，却意外在丛林中遇到了此时正在参加越南战争的米克的父亲，米克看到父亲却表现得充满敌意，内特不解准备开导米克，却从米克口中得知是米克日后杀死了自己的父亲。米克和内特和米克父亲带领的美军小分队一起在丛林中搜索不明生物，突然众人面前出现了许多之前失踪的士兵，士兵劝说众人信奉新神，并开枪攻击，米克的父亲救了米克，和米克一起杀死了叛变的美军。夜里，米克和父亲坐在篝火旁，米克感谢父亲救了自己，了解到父亲其实责任心很强并且对自己的母亲充满爱意，米克对父亲的态度也渐渐改善。
马丁在战斗中不幸中枪，传奇队员和其他英雄决定先带马丁离开。而此时闪电侠巴里正在赶往裂缝机库，以阻止纳粹炸悔大家回到地球的通道。众人和纳粹的战斗越发激烈紧张，马丁凭借自己顽强的毅力，在枪林弹雨中冒险打开了裂缝装置将纳粹士兵们吸进裂缝，而自己却再次中枪。马丁危在旦夕，杰佛逊与马丁合体为火风暴以保护马丁，众人通过裂缝赶回地球。卡拉被绑在床上，门格勒医生试图取出她的心脏，但原子侠雷及时出现，阻止了门格勒并救走了卡拉。传奇队员们同时闯进纳粹监狱，解救了其他被困的伙伴。绿箭侠X为了救女友，决心一定要抓到卡拉，拿到她的心脏。传奇队员和其他伙伴决定一起返回地球1，保护卡拉，却遭到纳粹机器人的阻止，传奇和伙伴们合力击退了机器人。而此时雷遭到绿箭侠X攻击，绿箭侠的女友挺身保护卡拉，绿箭侠X准备射杀她，却看到绿箭侠绑架了卡拉X。二人对峙时，门格勒化身闪电救走了卡拉X和绿箭侠X。局面暂时脱险，绿箭侠和女友紧紧拥吻在一起。杰佛逊和马丁化身火风暴，急速赶回了飞船，马丁昏迷不醒，杰佛逊也表现出了生命垂危的迹象。
里奥留在了乘波号飞船上，因为马丁的过世传奇队员们都陷入悲伤，里奥想要给大家进行心理治疗，但因方法失当，毫无效果。突然发生的时震只能让众人暂时收起悲伤，原来造成时震的是公元1000年的维京人，一个等级为12的时空错乱。传奇队员们来到了公元1000年的北美大陆，在观察维京人的时候，杰佛逊发现了年轻的马丁，原来马丁就是造成时空错乱的原因。马丁带着为女儿买的比宝玩偶意外穿越到了维京人的领地。维京人头领利用比宝，将比宝当错神，用自己的意愿歪曲比宝的话，错误地引导维京人。众人将马丁带回了飞船，杰佛逊对马丁的死一直耿耿于怀，想要将马丁的死因告知马丁。正在众人商议如何修正时间粗乱时，夏普探员连线了莎拉，表达了对马丁教授过世的慰问，同时也想要传奇去修复比宝带来的时空错乱，莎拉表示自己和队员都还没有完全摆脱马丁死去的影响，想要寻求夏普的帮助，夏普登上了飞船。传奇队员们乔装打扮，带着酒来到了维京人的领地，想要借机带走比宝。罗里被里奥禁酒48小时，但在寻找比宝时看到维京人向比宝供奉的酒一时忍不住想要喝，被维京人抓了现行。
驱魔大师约翰·康斯坦丁找到莎拉，告诉莎拉自己在驱赶艾米丽身上的魔鬼时听到了魔鬼说出了莎拉的名字，莎拉并不相信恶魔，但联想到自己曾进入不明时空遇到马鲁斯以及传奇最近遇到的麻烦，莎拉决定和约翰一起前去驱魔。夏普再次连线莎拉，告知他时间局仍旧不相信关于马鲁斯的事情，同时因为探监手续十分复杂自己也还未见到里普。里奥则敏感地再这次连线中发现了夏普对莎拉怀有好感。传奇队员跟随约翰来到精神病院，众人找到了艾米丽，但库阿萨出现妨碍众人，阿玛雅只得留下阻止库阿萨。众人发现艾米丽被人改了姓名同时又失去了家人，此刻则正处于昏迷状态，众人为了不让恶魔出现，只能想办法向唤醒艾米丽。内特帮助阿玛雅将库阿萨冻住，约翰开始了自己的驱魔工作，艾米丽被唤醒，约翰唤出恶魔，但却无法将之驱除，恶魔抓走了约翰等人，将他们带到了1969年。传奇队员无法联系到莎拉，雷和扎里来到精神病院，发现了恶魔留下的符号，内特通过传回的符号发现了莎拉等人被送入时间线，但一时无法确认具体时间。扎里找到艾米丽，想要问出莎拉等人的消息。
