波士顿机场的一架飞机内的全部乘客离奇死亡，调查过程中FBI探员奥莉维亚·丹翰的男友约翰·斯科特也染上了这种病毒，奥莉维亚去寻找彼得·毕舍普请他把沃尔特·毕舍普博士从医院中带出来研制解药，成功的救活了约翰；然而奥莉维亚发现约翰和研制毒品的人有关联，全员逮捕约翰的时候发生车祸，约翰死前留下问题望奥莉维亚仔细思考。
联邦调查局接到一个离奇案子，上司菲利普·贝雷斯让奥莉维亚和毕舍普父子来调查；一个女子在医院刚刚产下一名婴儿并死亡，然而死前她否认自己怀孕而且产下的婴儿不久便老死；调查后发现此案和之前受害者中央内分泌腺被切除的案件有关，经过调查分析发现凶手是一个生长老化十分快速的人，因此需要中央内分泌腺来防止衰老，而且这凶手是沃尔特多年前一个实验的试验品，而凶手最后衰老死亡。
一辆公交车内的人因空气固化而窒息而死，经调查有人放置气体后下车；而一个叫Roy McComb一直能预见一些事故的画面，而这些画面都是之前发生的事故，部分还是没有对外公开的，在沃尔特·毕舍普博士的研究下发现Roy McComb是一个鬼网接收器，他们猜测使用者并不知道还有第三者可以收听，决定借助这个优势破坏对方行动，在全员努力下他们接获了一个硬币大小的东西；菲利普·贝雷斯偷偷的将此物交给Nina Sharp并警告妮娜离奥莉维亚远点。
一个神秘的圆柱体出现在纽约工地，从地下来钻出来，事发当时边上有一个奇怪的人；沃尔特·毕舍普等人在调查的时候有人想抢走此物，奥莉维亚从一个同行朋友处了解到20年前也出现过一个这样的东西而且最后在地面消失；奥莉维亚发现在20年前的事故现场出现的人在2个星期前也出现在医院，并把此事告诉上司菲利普，菲利普则告诉目前发现神秘男子出现在36个事故现场。沃尔特声称彼得能找到圆柱体，必须赶快过去保护圆柱体，最后圆柱体再次回到地下。沃尔特说真正拯救彼得的就是那个“观察者”；而奥莉维亚在家里看到了约翰。
一台电梯突然失控坠落，电梯内的乘客全部死亡；然而调查发现所有人都是在电梯跌落时被电死的，经过沃尔特·毕舍普一行人发现一名叫Joseph Meegar的嫌疑人，Joseph Meegar被科学家做了非法的人体试验从而拥有能力控制电力；最后他们对信鸽进行电磁追踪成功找到Joseph Meegar以及科学家Fischer。另一方面奥莉维亚再次看到约翰，沃尔特说这是之前那次心灵联通让他们之间建立了意识共享从而奥莉维亚有了约翰的记忆，最后通过这些记忆奥莉维亚找到了约翰的一个秘密调查室，里面有很多约翰自己调查的案子；菲利普·贝雷斯说调查虽然没有搞清约翰为谁工作，但是可以确定约翰认识科学家Fischer。
一个女人在失踪后突然出现在一家餐馆，然而包括这个女人所有在场者都离奇死亡，沃尔特·毕舍普博士觉得这个女人放出的辐射导致这一切；在做调查后发现死者生前患了一种十分严重且难以治疗的病然后突然康复，奥莉维亚一行人查证得知类似情况的患者也全部失踪了，沃尔特由此认为有人用这些患者制作辐射体武器。事情解决后回家的奥莉维亚收到一封祝她生日快乐的贺卡。
菲利普的朋友兼同事Mitchell Loeb在和菲利普谈论之前一次任务失败的事情的时候突然晕倒，在做手术的时候发现Loeb的心脏上有个生物，通过这个生物的DNA序列和奥莉维亚想起跟约翰有关的案子，向菲利普求助。得知在德国监狱中的David Rebert Jones有可能知道关于这个生物的资料。Jones向奥莉维亚提出了一个条件：除非他能从Joseph Smith那里得到他想知道的某个答案，否则什么也不会说。麻烦的是Joseph掏枪拒捕，被FBI特工射杀，沃尔特采用他二十年前曾为政府实验过的一种方法，将彼得和Joseph（尸体）的大脑连接起来，接收死人传来的信息。经过反复试验，彼得终于从Jesoph脑中 "看" 到了点什么。他问Astrid要来纸笔，画下11条竖线，然后又 "极其聪明" 地补上了缺失的横线。最终，纸上出现了问题的答案－－"Little Hill"。Jones在最后一刻相信了奥莉维亚，将杀死寄生虫的配方告诉了她。但在此之前，Jones用隐语警告奥莉维亚：有人在控制他们，也许他们的见面是被故意安排好的，目的是套出 "Little Hill" 这个答案。Jones还宣称，用寄生虫感染Loeb的人不是他。原来处心积虑的Loeb夫妇一直都在演戏，目的是套取 "Little Hill" 这个答案。
一个因为一场车祸而意外获得音乐天赋的孩子Ben在父亲的眼下奇怪失踪，沃尔特发现有人想借助孩子的能力解开一个数学公式。Ben在绑架者的百般折磨下完成了那个方程式，而这方程式是用来干什么的呢？用科学的话来说，就是一把钥匙，可以驱动某个仪器改变物质的相态，从而实现穿越实心物体的目的。Ben的绑架者将方程式交给一个男人（Mitchell Loeb），这个男人做了一个实验－－他从厚实的密封保险箱里取出了事先放进去的苹果。然后他开枪杀了绑架者，打了一个电话说：“成功了”。（本集中有种有趣的设定：红绿灯交替闪烁，会使人催眠。本集中的主要反派角色使用这种手法绑架了很多 "天才"－－受害人都是某领域内的专家。）
一个巨力公司的员工离奇死亡，奥莉维亚调查后发现可能和失踪者任职的巨力公司有关，为了查明真相奥莉维亚请求沃尔特让她进入约翰的记忆。事后沃尔特告诉奥莉维亚进入约翰的记忆十分危险，且不能和约翰交流，然而奥莉维亚收到一封来自已死约翰·斯科特的邮件，内容是“我在餐厅看见你了”(I saw you. In the restaurant)。
深夜Mitchell Loeb带领4个手下使用（第8集里最后完成的仪器）固体穿越机穿透墙壁，从银行保险柜中窃取出一个铁箱，但意外发生，一名同伴被卡在了墙壁中，Mitchell Loeb果断结果了他。事件引来FBI，而奥莉维亚发现自己认识死者，但实际那却是约翰的记忆。沃尔特从带回的尸体样本中发现了微量辐射，说明使用该设备的人都受到了辐射伤害。彼得在和奥莉维亚聊天中意外发现几起盗窃案的保险箱号码和沃尔特的梦话有联系，而沃尔特也回忆起被盗的保险箱是自己在23年前存入的——里面存放的是可穿越（时空）的机器部件。最后Jonse被从德国监狱被‘传送’到了波士顿，但是奥莉维亚被绑架了。
