2125年，为了寻觅新的动力（人口爆炸到一百来亿了），太阳系开发机构决议推进“木星太阳化方案”，定于2140年完成这一方案。驻扎在前线基地“米涅瓦”的方案主任本田英二（三浦友和）就在这时分与失掉联络多年的恋人马利亚重逢了，但是他不知道的是，玛丽亚是旨在破坏这一方案的极端环保组织“木星教团”的破坏小组组长！在宇宙言语学家威廉姆的协助下，英二乘坐木星探查艇“JADE－III”探望了数万年前来访的宇宙人的飞船“木星之魂”。另一方面，英二的冤家PILOTKING和天文学家井上乘坐的宇宙船遇难，调查的结果，是遭遇黑洞所致！太阳系面临被黑洞吞噬的危机！处置危机的方法只需一个，经过引爆木星来改动黑洞的轨道（剧组在这个效果上花了很大的肉体，甚至动用了计算机做考证和计算义务）。英二与基地内人员一同为拯救太阳系而努力的时分，玛利亚带人杀进了基地。。。
