市立见泷原中学，又迎来安静祥和的一天就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和冤家美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）纵情讨论恋爱的话题，享用少女的快乐青春这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的重生，这个带着些许微妙气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声响来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危殆时辰，她们失掉同为见泷原中学先生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的协助，进而得知那只名叫丘比的生物有可以协助人变成魔法少女的才干。少女们有意间开启了通往另一个世界的大门……
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