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数千年前，弱小力薄的动物们为了自保，选拔出了具有特殊力量的动物组成了迷你特工队。他们四处奔波，保护着濒临灭绝的动物们。
兔子妈妈和兔子宝宝在洞穴里玩捉迷藏，突然出现了一只巨大的怪兽袭击了母女俩。它吐出带电的蜘蛛丝，将兔子母女困在了蜘蛛网上。
兔子妈妈和兔子宝宝在洞穴里玩捉迷藏，突然出现了一只巨大的怪兽袭击了母女俩。它吐出带电的蜘蛛丝，将兔子母女困在了蜘蛛网上。
小浣熊们在路上遇到了皮欧的袭击，它们都被皮欧麻醉后抓了起来。帕斯克命令皮欧去对迷你特工队，特工队要如何救出被抓的小浣熊们呢？
托雷斯奴役了一群乌龟，强迫它们为自己做劳力。乌龟们敢怒不敢言，有违抗者就会被托雷斯施以酷刑。
迷你特工队捡到了一颗奇怪的蛋，这颗蛋细细长长的跟普通的鸡蛋不太一样。不管是什么动物的蛋，都得尽快送回妈妈身边去，丢失了自己的孩子，这个妈妈肯定非常着急。
奈恩的计划正在实施，他狂妄的认为自己可以统治一切动物。帕斯克准备一台自动贩卖机装甲，准备用这个装甲去偷袭动物们。
奈恩的军队又制造了新的机械装甲，这次的机械装甲可以腐化一切食物。奈恩打算用着散发着臭气的机械装甲去除掉迷你特工队。
迷你特工队家里来了只迷路的小猫，她叫力帕斯。男生们都对她一见钟情，大家开始积极地向力帕斯献殷勤。
帕斯克的军队来了一位新成员，他名叫美杜莎。长着蛇形头发的美杜莎可以将动物们都变成石头，迷你特工队要如何抵挡美杜莎的攻击呢？
