瑞丽是一名医生，她在回家途中遭到科尔的绑架。科尔称自己是时间旅者，他请求瑞丽帮自己找到利兰。瑞丽称自己并不认识利兰，科尔定下两年之约后消失在她眼前。瑞丽如期赴约，她相信了科尔是能穿梭在时光中的人。科尔肩负着拯救世界的重任，他与瑞丽要做的是杀掉释放瘟疫病毒的利兰。科尔成功杀掉利兰时从他口中得知了十二猴子军团的事，他回到未来将此消息告知琼斯，詹尼弗则接手了十二猴子军团的任务。
瘟疫起源于十二猴军团，它的图腾最先出现在2015的精神病院中。科尔重返2015年调查图腾，却失控的穿越到2006年的朝鲜。经历错误的穿越后，科尔进入精神病院接近画出图腾的利兰女儿詹尼弗，也从她的口中得知一个恐怖组织在寻找利兰神秘实验室中的病毒。好友为帮瑞丽调查而惨遭杀害，瑞丽也遭到杀手警告。瑞丽设法找到科尔，然而此时杀手绑架了詹尼弗，科尔却没能将其救回。
Cole前往2014年寻找病毒的具体位置。Railly医生遭遇人生中最可怕的时刻——这与发生在海地的危险病毒大爆发有关。
一群穷凶极恶的掠夺者四处追捕Cole和Ramse，威胁到Cole拯救过去的任务，一场激烈的战斗随即爆发。Todd Stashwick将在本集中扮演一群未来掠夺者的领袖Deacon，他的人生宗旨是「适者生存」——无论代价是什么。他冷酷无情、阴险狡诈，但表面上看起来温和友好。这群掠夺者称呼自己「West 7」，他们焚毁了最后几个政府隔离区，随后盯上了时间旅行项目所在的建筑物。他们其实并非想要时间旅行技术，主要还是为了生存。
Cole和Railly医生发现了「暗夜之屋」（Night Room），但是十二猴子军也发现了，双方一场激烈的争夺战。「暗夜之屋」是什么？是一个没有任何官方记录的非法实验室，里面储藏着未来有一天会毁灭世界的超级病毒。
cole和瑞丽医生一起找到了夜室，但在夜室遭遇了刀疤男，经过一番激烈的搏斗，cole烧毁了夜室中的病毒，但同事瑞丽被刀疤男带走。烧毁夜室导致了女医生在原来的时间线被杀导致了时间线的破坏，产生了完全不同的新时间线，cole为了纠正这个错误，返回了女医生被杀的前一天，救了她，时间线因此被纠正，但又引出了一个新的东西，车臣的特洛伊行动。
