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Ziva偶然目睹了一场政治性暗杀的全过程。Gibbs正享受着退休生活，因此Ziva只能独自处理自己出现在现场这一巧合。她知道FBI正到处搜索自己，因此躲藏起来。现在由Tony带领的NCIS小组努力证明Ziva的清白。然而当事态变得更复杂，Ziva只得向一直相信她的人——Gibbs求助
Fornell逮捕的一个囚犯越狱了，他威胁要对付Fornell和Fornell的女儿Emily。Gibbs中断退休生活回来帮助他解决危机。Gibbs和小组成员重新调查这个囚犯的抢劫案。调查期间向一个退休海军——逃犯入狱后唯一一个保持联络的人问话。整个调查过程引向了一个意想不到的结果。
一辆被遗弃的车辆上遍布血迹，这俩车属于一个失踪的海军中尉。调查中发现这个失踪的中尉一直在剖析男人、希望能筛选出一个理想的结婚对象。他们还发现中尉曾经到一个酒店参加相亲聚会。为了发现更多线索，Ziva乔装打扮去参加那个聚会。刚完成心理学学位的Ducky忙着展示自己的新学问、对Ziva见到的男人逐一进行分析。Jenny私底下向Tony提供了一个职位。
警察逮捕一个持有武器的男人时，一俩载有尸体的车撞向了警车。被逮捕的男人是俄罗斯人，而国土安全局声称该男子是为他们工作的。这个俄罗斯人和Gibbs前上司Mike Franks 以前办的一个旧案子有关联。Mike 中断退休生活回来将他绳之于法。
地产经纪带客人看房子时，在空屋里发现一名失踪准下士的尸体。NCIS发现他最初被埋在后院然后又被挖出来。识别身份后，他们发现下士是被派往伊拉克服役的，但却始终没有去报道。接着他们又发现了新线索——下士竟然有两个未婚妻。Abby分析这两个女子的DNA，希望找出哪个能与尸体上发现的DNA吻合。
万圣节的夜晚，一海军士兵在家中遇袭，女儿被绑架，绑匪索要赎金。NCIS接报到场，展开调查。在调查过程中，他们发现这对夫妇已经分居，而妻子是有外遇的人。调查重点放到妻子的前男友身上，但审讯后一无所获。
海军上校在基地里的高尔夫球场打球时，突然被炸得粉碎。NCIS联同陆军罪案调查处一起调查疑似恐怖袭击。接到CIA提供的线索后，他们一起去到一个废弃的仓库，随即发现是个陷阱，这个仓库已经安放好定时炸弹了！Mcgee运用他高超的电脑技术黑进了政府的秘密档案里，发现了恐怖组织的基层架构。
军部在酒店举行酒会，一个被授予荣誉勋章的退伍老兵尸体从天而降。NCIS展开调查，他们发现这个老兵并不是自杀的，而且退伍之后一直无家可归、是个流浪汉。在清点他的个人物品时，发现了一些对他不利的证据，但Gibbs决心证明他的清白。
Mcgee的妹妹Sara神智不清、满身鲜血地出现在他家门口。为了帮助心爱的妹妹，Mcgee不惜冒失去工作的危险、没有按规矩上报。Mcgee努力的想找出妹妹身上发生了什么事，与此同时，NCIS接到了一个海军士兵被杀案，种种线索都引向Sara，情形相当不利 Tony和Abby都忙于解决自己的感情问题，而Mcgee貌似有另外一个秘密。
在施工人员清理海军基地某建筑的暖气管道时，发现一具烧焦的木乃伊。NCIS与FBI一起调查这个案件。识别身体后，惊人地发现这具尸体竟然是连环杀手。整队人去死者家中调查，发现了震惊的事情
