麦卡离开了仓库，F夫人将原ATF探员金克斯召入仓库，成为皮特新的外勤搭档，金克斯有分辨人是否撒谎的特异功能，皮特并不太接受他们的好意。皮特和金克斯开始调查连环离奇杀人案，并结识了FBI思妥夫斯基探员，时常与二人唱反调。死者均以离奇方式死亡，唯一的共同点是在死前都念了一句莎士比亚戏剧中的台词，皮特与金克斯一筹莫展，皮特于是前往请求自小在书店中长大的麦卡的协助。F夫人邀请麦卡回到仓库，同时HG也加入了劝说，麦卡终于同意。只是HG失去了自由，她被投进监狱，只能以全息投影、传送意识的方式出现在麦卡眼前。另一方面，留守在仓库的阿迪和琳娜在拆封二号仓库的藏品时似乎遇上了一点小麻烦，仓库里的宙斯雕像开始发起怒来，他们必须得找到原因。
麦卡回到仓库，却对自己的存在产生了疑惑。她与皮特一起调查专业人士忽然退化至儿童时代的案件，调查中他们发现这一连串案件都与此前发生的一起餐馆枪杀案有关。就在他们极力追寻藏品时，皮特不幸中招也开始退化了，为了搭档的安全，麦卡必须抛弃对自己的质疑，证明自己！而她也终于对皮特敞开了心扉，重新回归大家庭。分享者影视，同时，克劳迪亚接到了自己的第一单外勤任务：去拍卖会上扮做买家，带回藏品，与她一起搭档的是金克斯。然而这个看似简单的任务也让克劳迪亚费了一番劲，不过也加深了她与金克斯的了解，年纪相仿的二人友谊开始萌芽。
阿迪开始调查年轻女子器官土质化至死亡案件，重遇了此前有好感的瓦内莎医生。原来一切都是计算机病毒搞的鬼，阿迪请来雨果米勒帮忙但雨果和瓦内莎竟然是老相好，并且看起来雨果对瓦内莎旧情难忘，阿迪心中不是滋味儿。另一方面，麦卡和皮特赤身裸体在阿迪的床上醒来，麦卡甚至变成了金发！更诡异的是，阿迪的牙刷竟然被他们压在身下！麦卡和皮特开始调查二人前一天到底是怎么了，当然最关键的是他们究竟睡了没，不过比那更重要的是，他们似乎对金克斯做了什么“过分”的事，以至于金克斯“不见”了。
皮特的前妻阿曼达出现了！她竟然是一位少校，皮特对这段经历显然不愿提及，然而阿曼达不慎带走了藏物，皮特与麦卡不得不跑一趟阿曼达再婚的婚礼。藏物还真是给婚礼造成了不大不小的混乱，但最终还是顺利进行了，皮特也大方为前妻送上了祝福。同时，克劳迪亚与金克斯前往军事公园的内战重演现场寻找格兰特总统的水壶，谁喝了壶中的水，会认为自己真的身处内战现场。克劳迪亚美人救英雄的救了金克斯一把，金克斯在克劳迪亚身上看到了姐姐的影子，并告诉了克劳迪亚自己的过去，二人的友情逐渐加深。
一个神秘的号角杀死了匹兹堡一名高空作业的普通工人，而这个号角据记录曾分别在1893年的伦敦与1962年的俄亥俄。在当时的探员杰克与丽贝卡的调查和线索下，当然还有12号仓库时代的HG的帮助下，麦卡与皮特去阻止有人用这只号角伤害更多无辜的人。但对于HG的同行，麦卡力图主张他们需要HG的帮助，但皮特可不这么看，他认为HG行为人们的死亡负责。
为仓库升级系统的程序员道格和同伴合作，三人合作开发了一款游戏。然而道格和一位朋友在游戏中迷失了自己，道格的同伴慌忙中请克劳迪亚，麦卡和皮特前来帮忙。原来道格无意中发现了一件藏品，能够洞悉到每个人心底的恐惧，并实体化。为了拯救同伴，大家只好披挂上阵，进入系统却大吃了一惊，原来道格竟然按照13号仓库设计了游戏，连阿迪和琳娜都在游戏中扮演了角色！13号仓库游戏版，game on！而真实的阿迪与金克斯发现梵高的名作《暴风雨似的天空》是藏品，然而这幅画可是世界级珍藏，如何能掩人耳目地将它带走呢？斯托科夫斯基探员帮了他们这个“忙”，但阿迪却觉得不简单。
麦卡与皮特回到丹佛执行任务，麦卡发现了三年前杀害男友搭档的凶手乔装打扮回到了丹佛，麦卡誓要捉拿凶手归案！在皮特的启发下，情绪化的麦卡终于揭发了当年男友死亡的完全真相。而金克斯和克劳迪亚在回收一件藏品时遭人暗算，被盗走了藏品，目击者却是一条狗。最后他们发现的，盗走藏品的可是他们的老朋友了。
五位董事先后被杀，调查与斯托科夫斯基有关，探员们顺藤摸瓜发现她正意图对另三位董事不轨，准备将他们一网打尽。为了保护董事们，大家分红合作。阿迪和麦卡想尽一切办法带董事走出不断烧毁侵蚀的大楼，皮特和克劳迪亚前去追踪造成大楼主体损害的藏品，金克斯则和F夫人一起审讯斯托科夫斯基。大家得救了，却还是有一位董事不幸死去，象征仓库守护者身份的吉祥天母枷锁被迫交接，而枷锁的新主人竟然是皮特的母亲！另一方面，由于金克斯不满F夫人的审讯方式，他拿着枪指住F夫人而被F夫人开除。
皮特无法介怀母亲简的隐瞒，麦卡只得与克劳迪亚一起出外勤。波特兰发生多起失踪案件，事主在一片强光中消失，同时附近地区伴有断电。麦卡和克劳迪亚找到与案件相关的女孩寻找藏物，但女孩坚信是自己被诅咒了，她说每当自己心情不好时，就会有人自爆。同时皮特与母亲为了追查董事被暗杀的线索进入了简的回忆世界，开始记忆溯旅。皮特终于理解了母亲，母子二人重归于好，简也发现了一直与他们作对的是当年他们回收藏物的主人塞克斯，那时他还只是一个小男孩。而塞克斯对被解雇的金克斯产生了兴趣
阿迪协助麦卡皮特调查一起人变丧尸案件，皮特被咬伤了，可是变异的却是麦卡，即使是阿迪也百思不得其解。克劳迪亚与一个男孩擦出火花，然而她却不断收到仓库中一件藏物死亡警告的预言卡，同时真的有各种危险事件在克劳迪亚周围发生，这令克劳迪亚不得不信以为真。金克斯被开除后，由于仓库的干涉找不到工作，塞克斯派出马库斯和他接触，他们对金克斯发出了邀请。
