首集剧情讲述Brennan和Booth发现了一个头骨，上面留有人类啃啮造成的痕迹，这些资料引领二人到一个秘密食人教派。与此同时，Zack的离去令Brennan和她的小组成员需努力去适应这个新的工作环境。
一辆小型客货车在公路旁暂停位置爆炸，驾车的是一名住在郊外的妇人，Booth从车牌资料中找到车主Jeremy，似乎死者就是他的妻子。当时车内还有皮箧和一些记念品，Jeremy的太太是否离家出走？不过，Jeremy却说她只是去探访他们在大学念书的女儿，事实究竟如何？另一方面，Brennan到狱中探望父亲Max，不过二人关系仍然紧张。Max和Brennan道歉，但Brennan怀疑他只想博取Brennan为他出庭作证。
一具男人残骸在丛林里被发现，双脚被斩，双手受绑，小组接手调查，验屍得出的线索把Brennan和 Booth带到一处提供性虐待服务的小屋。Angela尝试用催眠的方法去找出她那神神秘秘的丈夫的真正名字，以便跟他离婚。
Booth和Brennan新的治疗师Lance Sweets年方廿二，却打算评估两人，看他们是否适合继续结为工作搭挡，还是该拆夥；需要二人需要回家进行测试。与此同时，一具屍体在已空置的医院内发现，而从屍体的腐烂程度来看，似乎屍身早在数星期前开始腐烂，可是屍身还是暖和的，而体内的温度更高达摄氏52度，原来屍体是被烹煮过！Angela鉴定後证实了死者是售卖有机食物的连锁超级市场东主Franklin Curtis；而Hodgins更在死者的裤子上发现杀虫剂，可是，这中年东主是致力於售卖有机食品的，他又怎会沾上杀虫剂这类化学物呢，到底箇中原因是甚麼？
一名小孩到乐园内的万圣节迷宫玩乐，在疑幻疑真的万圣节装饰中，小孩骇然发现一个像真度极高的木乃伊。Brennan检验後证实那具木乃伊真的是由一具屍体乾缩而成。Brennan的小组迅即证实死者是女性；而Hogins更发现屍体被涂上一层透明漆及有一个标示Free Church of America Thrift Store的贴纸。到底死者是谁，而她又为何会遇害？
医院的焚化炉裏面，竟然有一具烧焦了的屍体，Angela重组屍骨头颅的结果，显示受害者是实习医生Kristen，也就是从前在医院工作的Reardon医生的女儿。Angela知道Kristen与另一位已婚的医院员工有非常密切的男女关系，究竟她的被谋害是否与此有关？
一个1987 年的时间囊里面，竟然藏著一个失纵已久的年青电脑怪杰的屍体，并已化成水，只剩下一堆骨头。Booth 与Brennan出动调查，发现原来他又涉及一个令人惊讶的秘密。
神秘组织Gormongon又再肆虐，引发新一轮的连环杀人事件。而Brennan与其兄弟的重聚，过程却错综复杂。Booth正调查一具有刀伤、膝盖骨被移除的裸屍，Brennan却收到一份装有膝盖骨的包裹。包裹从华盛顿寄出，经检验後证实死者为华盛顿一位神父。另一边厢，Brennan欲找她的兄弟Russ以告知他女友的女儿病危一事，但当他出现时Booth却把他拘捕。Zack发现凶手所用的凶器与Gormongon所用的一样，亦同时发现他们已被监视。Zack打算将计就计诱出凶手，Bernnan却因此受到凶手的袭击而受伤。
圣诞临近，Booth和Brennan正忙於处理烦恼的家事。另一方面，一名圣诞老人被发现死於商场的下水道，屍身腐烂发臭，满布蛆虫。死者的头颅有明显的致命伤痕。Booth和Brennan经深入调查，发现死者名叫Kris，是一名全职的圣诞老人。经化验显示，死者身上的蛆虫有燕窝汤的成分，Booth和Hodgins到全市唯一出售燕窝汤的中国餐馆，发现同一种类的蛆虫，也证实凶案现场正是餐馆後的小巷。机缘下Booth和Brennan找到Kris曾经工作的圣诞老人公司，与同样扮演圣诞老人的Jeff会面。Angela及Hodgins发现杀死Kris的凶器为圣诞钟，在Booth的假设侦查下，凶手终於揭露真面目。
一对年轻情侣在一个温泉中发现了一名专业电单车赛车手的骸骨，正当调查小组以为他们已经破案的时候，又有另一宗电单车车祸发生，令事件更添神秘！另一边厢，Sweets医生促使Brennan 和Booth与他和他的女友四人约会。
