先人类和普通人类的人种战争曾经到了白热化的阶段，野野村组长逝世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残酷屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言完成了。恐惧扎眼的蘑菇云在上空升起，不可胜数的八尺乌遮天蔽日，被愿望所支配与荼毒的世界迎来了消灭时辰。在命运的交点，当麻和焚流能否阻止世界的消亡？
