在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"2009年，MACROSS要塞正在举行一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞末尾了变形战役中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战役救下一名少女，战机却由于速渡过快撞进外层舱室。安宁后，辉发现救得是林明美。俩人相识后，为使明美快乐，辉偷开教练机带着明美去兜风。冤家趁机出现，好在冤家这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过去，发如今一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫"普罗多"的现代文明展开到顶盛时，曾经可以借遗传密码无性繁衍后代，于是国度分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"末尾了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文明被遗忘殆尽，退步成了只会战役的种族，为了维护战争，他们将会采取怎样的举动…… 《超時空要塞》是1982至83年间播出的一部电视动画，本片在其基础上精简改编而成。
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