1942年，日本侵略者对重庆的大轰炸已经进入了第四个年头。侵华日军总司令冈村宁次意外的得到一个情报：在重庆西南的古刹华岩寺中藏有一件镇寺之宝--《贝叶金经》，在这部经书中还隐藏了一个惊天秘密。如果得到了这个秘密就可以让日军轻而易举的消灭整个国民党政府，以实现其占领全中国的狼子野心。为了得到《贝叶金经》，冈村宁次精心策划了一次代号“阿波罗”的作战行动，他特别派遣了由日本浪人组成的，日军王牌特工队“樱花小组”秘密潜入重庆，偷偷的把黑手伸向了西南第一古刹--华岩寺。通过各种渠道得知日军特工潜入重庆的消息后，为了粉碎日寇的阴谋，中共地下党组织、国民党中的爱国人士与华岩寺众僧侣与“樱花小组”展开了殊死搏斗，最后他们用鲜血和生命终于将《贝叶金经》完好无损的保护了下来。1942年，抗日战争进行到了非常艰苦的僵持阶段。日寇飞机对国民党中央政府的陪都重庆进行疯狂大轰炸已经是第四个年头了。刚刚得到天皇嘉奖的侵华日军总司令冈村宁次，意外获知了一个可以轻而易举消灭国民党中央政府的秘密，并已根据这个情报制定了代号“阿波罗”的详细计划。而且冈村宁次还亲自挑选了，代号“樱花小组”的特工小组，来完成这一计划。“樱花小组”是日军最王牌的特工行动小组。它的成员包括：光、明子、美亚和阿之四个年轻貌美的女孩子，还有一个总是黑纱罩面的小组首脑--“樱花一号”：藤原爱，她的另一重身份是天皇御妹。樱花小组这次的任务，是要到重庆市郊的古刹“华岩寺”里，盗取那儿的镇寺之宝《贝叶金经》。1942年的一天，在重庆国民党军统局，局长办公室里，军统局长戴笠看着刚刚截获的一封日军密电，不知为什么，他预感到正有一场血雨腥风就要在自己身边爆发。这天，日寇飞机突然一改重点轰炸重庆市区的惯例，而是把炸弹扔在了重庆郊外的西南第一古刹“华岩寺”周围。这时惊慌逃散的人群中有一位衣着雅致端庄的中年夫人不停的大喊：“不要乱跑，快趴下。”并把一个孩子挡在身下，这时候一颗炸弹在她身边爆炸了。这位夫人被方丈怀空大师救起。原来她是东北军抗日将领解望东将军的遗孀施绪萍，从东北逃难至此，现在住在山脚下帮寺里浆洗衣物干杂活为生的柳氏、小叶子母女家。施夫人谢绝了怀空大师让她留在寺中调养的好意，带着丫鬟小凤回到了山脚下暂住的小叶子家。日本人这次不寻常的轰炸引起了“华岩寺”上下的警觉，怀空大师怀疑日本人是想偷镇寺之宝《贝叶金经》，并嘱咐爱徒赵云龙和智青严加防范。戴笠来到华岩寺，转达了蒋介石想在观音诞日来华岩寺作一场“护国息灾大法会”的事，怀空大师答应了下来。一天深夜，云龙和智青在大雄宝殿抓到一个偷东西的贼。经审问，那贼居然是想来投《贝叶金经》。得知经书没有丢失后，怀空大师为免多生事端，名众人将贼放走。那贼刚出山门不远便被一黑衣人一刀杀死。
清晨，赵云龙被一阵枪声惊醒，原来是有土匪包围了华岩寺。听到枪声的施夫人不顾柳氏劝说向华岩寺跑去。包围华岩寺的是贺家寨的土匪头子阚豹。阚豹口口声声，让华岩寺交出杀死贺家寨二当家许山子的凶手。原来那晚抓住的盗贼就是许山子，而他的尸体是在离华岩寺不远的地方找到的。阚豹不信怀空大师的解释，并扬言炸毁寺庙。正在僵持，施夫人赶到大喊：“住手。”奇怪的是阚豹看到施夫人后，她磕起头来。原来阚豹曾是施夫人丈夫旧部，东北沦陷后逃到这里落了草。这时，人群里挤进来一个身着长衫的男人，他自称是逃难来的国文教员纪沧海，是来华岩寺求医问药的，路上碰巧看到了许山子的尸体。在纪沧海的指点下，众人才发现许山子死于刀伤，而华岩寺上下只有防身的棍棒，并没人佩戴刀剑。虽然心有不甘，但是碍于施夫人情面阚豹还是带人撤走了。阚豹刚要离开，正巧放心不下的柳氏母女和施夫人的丫鬟小凤赶到了现场。看见阚豹的柳氏脸上突然变得惊愕异常，转身狂奔而去……怀空大师把施夫人和纪沧海让进寺中，力邀纪沧海留在华岩寺以便治病。而后怀空陪着二人参观起了华岩寺，并答应为施夫人的亡夫做场法会。许山子偷经的事早有眼线报告了戴笠，而戴笠刚巧拿到已被破译的那份日军密电，得知日军的王牌特工小组“樱花小组”已经潜入重庆，正准备完成一项重要任务。戴笠不由把两件事联系在了一起，他怀疑日本人也是为《贝叶金经》而来。于是戴笠找来了自己的得力干将--侄女戴懋玲，命她暗中查访此事。而懋玲也向戴笠投诉了自己的副手欧阳云不务正业。
此时，戴懋玲的副手欧阳云正在重庆最大的妓院“第一楼”里，点名要新来的头牌“梅花”姑娘相陪。梅姑娘不从，欧阳云留下银票扬言明天还来。正在鸨娘和龟奴阿三要教训梅姑娘时，幸得一位梅姑娘的“相好”解围。原来这梅姑娘正是“樱花小组”成员之一美亚，而那“相好”是明子。深夜，住在寺里的纪沧海睡不着出来散步。他发现有人从大殿里偷出一个包裹。纪沧海与“贼人”搏斗，扯下面纱才发现原来是智青，智青向纪沧海解释说：自己是想把《贝叶金经》转移到藏经阁隐藏起来，并请纪保密。此时正有一个黑衣蒙面人在暗处偷听二人对话。暗处偷听的正是“樱花一号”藤原爱，许山子也是她杀的。在“樱花小组”藏身的山洞，藤原爱狠狠的训斥了明子、阿之和美亚，并命令三人继续执行“阿波罗计划”第二步。日军飞机再次轰炸了华岩寺的周围。智青后山救回了一个被炸伤的姑娘。这姑娘叫凤芝，孤身逃难至此。怀空破例留凤芝在寺里养伤，由智青照顾，不想凤芝却突然不辞而别。
这天欧阳云又来到“第一楼”，还是点名要“梅花”姑娘。在跟梅姑娘闲扯时，欧阳云突然说了句日语，而化名“梅姑娘”的美亚竟不自觉的回了句日语……欧阳云走后，美亚在门缝下发现写有：再说日语，小心你的舌头，的纸条。“樱花小组”再次在山洞里聚齐，藤原爱命令三人尽快想办法从藏经阁偷出《贝叶金经》，并告知：代号“火狐狸”的光已为天皇捐躯。此时，为了给施夫人的丈夫做法会，施夫人已经被怀空大师请到华岩寺暂住。深夜，施夫人发现有人窥视自己的住处，那人走后，悄悄跟上去发现好像是智青。深夜，智青来到藏经阁外，不料惊动了躲在暗处，来偷《贝叶金经》的明子、美亚和阿之。阿之举刀砍下，看到是智青时却突然停手。正在这时，跟踪而来的施夫人发现了暗处有人，于是大喊。阿之打昏了智青，跟明子、美亚一起仓惶逃走。安顿好智青，纪沧海问施夫人为何深夜要去藏经阁。施夫人把发现智青窥视自己住处，自己跟踪智青的事告诉了纪。不料二人对话却被暗处的智青的师弟净凡听了去。净凡把所闻告知怀空，怀空很是诧异。第二天，刚刚恢复的智青拦住正在跟施夫人闲谈的纪沧海，把他扯到一旁质问为什么勾结外鬼来偷《贝叶金经》，并要与之玩儿命。施夫人喊来了怀空和赵云龙。怀空命云龙把智青暂押在华岩洞。在得知怀空大师组织了一支用来救助被炸伤民众的“僧伽救护队”后，施夫人主动要求加入，获得怀空认可。
智青让刚刚参加“僧伽救护队”的施夫人上山采药，致使施夫人摔伤。面对众人责难，智青向云龙说出了自己对刚来寺中的纪沧海和施夫人的怀疑。这天，纪沧海把小叶子找来给他看了一张照片。看到小叶子哭着从纪沧海房中跑出，早就对小叶子心生爱慕的赵云龙，误以为她被欺辱，于是就来暗探纪的房间，不料发现了土匪阚豹的照片。云龙把照片交给怀空，怀空让云龙先放回去且不要声张。可这一切都被暗处的施夫人看在眼里。柳氏来找纪沧海。原来柳氏和小叶子竟是阚豹失散多年的妻女。柳氏让纪沧海告诉阚豹，自己娘俩不会再和打家劫舍的土匪相认。这天，纪沧海又匆匆出了华岩寺，身后，施夫人暗中跟随……纪沧海来到一家名为“周君记”的火锅店。谁知这家店正是军统的一个联络站，现在的老板娘正是戴懋玲。纪沧海来跟阚豹的手下刘四见面，二人引起了戴懋玲的注意。对面，跟踪而来的施夫人躲在了一座茶楼里暗中盯住纪沧海。纪沧海要刘四转告阚豹，柳氏母女不愿和身为土匪的他相认，并让刘四传话，力劝阚豹不如投身抗日，以此让柳氏母女回心转意。刘四带着纪沧海的消息回复阚豹，不料半路被人打了黑枪。看到奄奄一息的刘四，阚豹大怒扬言一定报仇。
由于思念心切，阚豹化装成和尚前来探望，不想险些被施夫人认出慌忙离开。施夫人从纪沧海口中知道了阚豹和柳氏母女的关系，也来劝他们相认。欧阳云以居士身份住进华岩寺，并在江边巧遇小叶子，二人一见钟情。智青、纪沧海都觉得欧阳云此时来到寺中身份可疑，便纷纷暗中跟踪。傍晚，他们发现欧阳云去了第一楼。智青回去向怀空汇报，而躲在第一楼旁边的纪沧海，却被外出的施夫人和小凤主仆撞个正着，双方均是无限尴尬。这次欧阳云来见梅姑娘--美亚，故意说漏《贝叶金经》藏在藏经阁，美亚有意无意的询问详情，引起了他的警觉，而且发现龟奴阿三在窗外偷听也是形迹可疑。深夜，在城里的圣母教堂里，藤原爱见到了暗中协助自己这组人马的日本特工“海獭”。这个人正是第一楼的龟奴阿三。阿三带来了华岩寺中内奸鼹鼠转来的，标有《贝叶金经》位置的藏经阁草图……赶着去早市的施夫人主仆，在华岩寺门口救起一个昏倒的小和尚。
这小和尚法号“释一”，是怀空大师的师弟，缙云寺方丈了空大师的亲传弟子。了空大师为救八路军伤员，被日寇杀害，临死前嘱托释一带着缙云寺镇寺之宝夜明珠投奔怀空。怀空惊闻噩耗悲恸不已，让智青先带释一下去休息。是否收留释一，大家意见不一，最后怀空大师还是把他留下了。可是智青心中却始终觉得此事太过蹊跷。赵云龙无意中看到小叶子跟欧阳云很是亲近。妒火中烧的云龙拦住欧阳云让他离小叶子远点儿，两人话不投机动起手来，正打的热闹，被外出经过的纪沧海插科打诨的劝开。纪沧海回到房中，看到施夫人竟在里面。施夫人问纪沧海这两天为何不见人影，纪沧海告诉了施夫人一个“秘密”。
阿之和明子奉命来藏经阁偷经，却看见智青正在藏经阁中。二人正犹豫间被来给智青送茶的小和尚道慈发现。道慈刚想喊叫就被躲在房檐下的一个黑衣人用飞刀杀死。杯盘落地的声音惊动了智青，阿之和明子只好逃走。一直在暗处监视的欧阳云刚要举枪射击，却被不知从哪冒出来的纪沧海拦下，并示意他快去第一楼。欧阳云赶到第一楼，发现那梅姑娘已经和衣睡下，不像出去过的样子。欧阳云来找戴懋玲汇报情况，二人都觉得目前的情况很是复杂。道慈被杀，刚刚进寺的释一成了最大怀疑对象。察觉众人对自己的猜忌，释一无限伤心，想要悄然离去，却被怀空大师亲自带人追回。一次偶然的机会，纪沧海发现自幼出家的释一竟然不会从井里打水，而且在跟智青闲话时二人都觉得释一很像是个姑娘。云龙看到释一腿上莫名的沾上血迹，在帮他包扎时又发现释一的肌肤非常滑腻。这天纪沧海刚进屋门，突然被一把手枪顶在头上。拿枪的原来是欧阳云。两人坐下，欧阳云亮明身份开始盘问纪沧海怎么知道自己去过第一楼，并直言怀疑他是共产党。纪沧海坚称自己不过就是一个逃难至此的教书匠，而且告诉欧阳云施夫人和小凤也知道他去过第一楼……欧阳云见到戴懋玲，向她说出了自己对纪沧海和施夫人的怀疑。
云龙找到智青和怀空大师，说出自己想做一本假《贝叶金经》，而把真经藏在别处的念头，结果遭到二人反对。虽然遭到反对，云龙还是偷着到“同福”木器厂订做了一个一模一样的假经盒。赵云龙又偷偷找到小叶子请求她帮自己藏《贝叶金经》，小叶子答应可以藏在自家水缸下的暗洞里。可这一切都没能逃过施夫人的眼睛。为了抢救被日军飞机炸伤的孩子，施夫人毅然决定中断给自己丈夫做的法事，并且给孩子输血。此举令怀空很是感动，村民们更是送来“观音再世”的牌匾以示感谢。看到牌匾施夫人受宠若惊，随后收拾行李带着小凤搬回了小叶子家。欧阳云来找纪沧海告知对施夫人有怀疑，并请求纪沧海帮自己一起保护《贝叶金经》。纪沧海欣然应允。欧阳云再次来到第一楼，无意中发现了梅姑娘藏起来的一张纸条。纸条上竟是在重庆的国民党政要名单，而且还有一行小字：戴笠，今夜12：00，琵琶山。欧阳云匆匆离去。
听到欧阳云的汇报，戴懋玲立刻决定二人火速赶往琵琶山保护戴笠安全。等到了琵琶山二人却发现那里平安无事。毕竟姜还是老的辣，听完二人报告情况后，戴笠大惊：“你们中了别人的调虎离山计了。”此时，由藤原爱亲自率领的“樱花小组”悄悄潜入华岩寺的藏经阁。在一尊观音像下面的暗格里她们取出了一件包裹。回到藏身处，“樱花小组”的成员们抑制不住激动立即打开了到手的包裹。在一个非常精美的经盒里放了一只咧着大嘴的铜制癞蛤蟆。天刚蒙蒙亮，施夫人早早醒来，她没叫醒还在熟睡的小凤，独自一人走出小院。当施夫人走到藏经阁外时发现，藏经阁大门洞开里面的一尊观音像下现出一个黑黑的洞口，于是她赶忙敲响了寺里的大钟……藏经阁被盗，震惊了整个华岩寺，而怀空大师被告知丢的就是《贝叶金经》。因为释一指正欧阳云当晚不在房内，所有怀疑的目光都指向欧阳云，只有纪沧海并不这么认为。赵云龙借送取换洗僧袍的机会来到小叶子家，当看到水缸下暗洞里完好无损的经盒时，跟小叶子二人不禁暗自得意。云龙走后欧阳云敲开了小叶子家的门。面对暗恋的意中人，小叶子有点儿心猿意马，不觉在闲聊中说走了嘴，告诉了欧阳云藏经阁中丢失的是假《贝叶金经》，真的藏在自家水缸下。小叶子让欧阳云一定保密，欧阳云一口答应。就在此时，小叶子家窗外有一条人影悄然离去。戴懋玲听完欧阳云汇报，毅然决定先把真经偷偷取走保护起来。入夜，戴懋玲和欧阳云换好夜行衣来到小叶子家，不料跟接到内线密报也来偷经的明子、阿之和美亚碰到了一处，双方大打出手。
