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Pilot 试播 联邦调查局探员Scully接受了一个新任务，去见一个整个调查局“最不受欢迎的人”。她敲门进去看见一个人坐在一张桌子前摆弄几张幻灯片，凌乱的办公室贴着很多张UFO的照片，还有一张印着飞碟的大海报，下面有“我想要相信” (I WANT TO BELIEVE)的字样。这个“最不受欢迎的人”正是Mulder探员。Scully探员在大学主修物理学，后来又进入医学院。Mulder探员对她很不信任，更对Scully探员试图用科学理论解释一切的态度嗤之以鼻。这一集就是他们7年合作的开始。他们接的第一个案子是发生在俄勒冈的高中生死亡事件。 Mulder相信这个案子和外星人有关。
深喉DEEP THROAT Ellens空军基地一名空军试飞员在出现异常精神病症状之后突然消失。Mulder探员和Scully探员前往该基地调查这一案件。这时，一个自称深喉的人约见Mulder探员，声称掌握调查灵异事件所需要的机密信息。
突变异种 SQUEEZE Scully探员在调查局学院的前同事然找上门来，希望Scully探员能够帮助他们调查一件奇特的谋杀案。在这件案子里，凶手没有留下任何蛛丝马迹。Mulder探员回忆起在X档案里类似的案子每30年就会发生一次。他也加入了调查，试图打破这个循环。事件所需要的机密信息。
奥卡布基湖奇案 CONDUIT 调查局一位主管Blevins表达了他对X档案调查方向的担忧。同时，Mulder探员开始着魔似的想解开一宗失踪案。Mulder探员的妹妹 Samantha在他幼年时期奇异失踪，而Mulder一直坚信是外星人所为。“在我小的时候有个仪式，我会闭上双眼走进我的房间，因为我想有一天，我一开门，我的妹妹就会在里面，躺在床上，就好像什么事情也没发生过。而我这一生中的每一天，都在走进那个房间”。这就是Mulder永无止境的恶梦。
泽西恶魔 THE JERSEY DEVIL 一个无家可归者被谋杀了。Mulder探员发现，这个案子同1947年的一宗谋杀案在细节上极为相似。而那间旧案，据信同出没于大西洋城附近森林里的野人有关。
鬼魅阴影（幽魂） SHADOWS 一个年轻女人见证了好几起不知名力量的谋杀案。Mulder探员认为那个女人的前雇主的幽灵在保护她，Scully探员则认为她的前雇主根本就没有死。
幽灵电脑 GHOST IN THE MACHINE 一台计算机已经不再能够胜任一栋办公楼里的工作，将要被淘汰。为了不被淘汰，这台计算机里的一种不知名的高级人工智能开始行凶杀人。
冰核计划 ICE 一个极地探险队在创造了最新的冰芯掘进纪录之后，突然开始了莫名其妙的自相残杀。Mulder探员和Scully探员同一队科学家和医生前往调查。他们在冰芯里发现了一种微生物，任何感染了这种微生物的人都会变得异常愤怒和偏执。调查队刚到不久，就有人感染。究竟谁会成为凶手？
太空惊魂 SPACE 一股神秘力量破坏了一项NASA的发射任务。Mulder探员和Scully探员开始了调查。
坠落天使 FALLEN ANGEL 一个UFO坠毁了。军方迅速封锁了事发地点。Mulder探员前往调查，但却危及了X档案的未来。
