物价飞涨，峒城煤矿工人为了争取生存权益，在共产党的领导下举行罢工，煤矿总经理周雅青周旋于日本人与矿工之间，心力交瘁。矿警队长关天雄默默支持着她，并表示一定会帮她找回罗启明，以及她从小失踪的妹妹周雅雯。周雅青早已做好了心理准备，远在重庆求学的罗启明突然之间音讯全无，他可能已经在日军的轰炸中丧生了。其实罗启明并没有死，而是在毕业前夕被国民政府认定为共产分子关进了监狱。为了与恋人和母亲团聚，六年来他越狱十九次，均以失败告终。就在他濒临绝望的时候，原西南工学院的何主任出现在他面前，表示可以营救他出狱，但罗启明必须为他完成一项任务。任务的具体内容是：以德籍华裔采矿专家沈绍元的身份前往峒城，潜伏进开采系统研发组，调查一个神秘的新矿区。罗启明权衡再三，接受了这项任务。何主任于是救出罗启明，并制造了他被炸身亡的假象。在此过程中，梁喜顺为掩护罗启明而牺牲，这让罗启明完成任务的信念更加坚定起来。何主任把罗启明带到一个隐秘的地方，让他与被俘的沈绍元朝夕相处，以熟悉他即将扮演的角色，同时还对他进行了特工方面的紧急培训。周雅青得到罗启明粉身碎骨的消息，痛不欲生。关天雄意识到机会来了，向周兴中表示要积蓄力量，为周家夺回煤矿。周雅青被关天雄感动，决定以身相许。然而就在这个时候，罗启明披着沈绍元的外衣回来了。
罗启明到司令部向日军指挥官浅野报到，浅野查看了罗启明的证件及介绍信，没有发现破绽。他向罗启明表示热烈的欢迎，并举办了一场欢迎酒会，其实他已接到上级的指令——开采系统研发结束，即秘密杀害“沈绍元”灭口。罗启明做好了迎接各种困难和危机的准备，却没想到从他踏进峒城的那一刻起，他的生命就已经进入倒计时！欢迎酒会上，罗启明邂逅美丽的煤矿医院女医生安藤美惠，他并不知道这是一个日本女孩，两人相处融洽，翩翩起舞。美惠的追求者鲇川早介对此深感气愤，警务处长相原健二暗示他罗启明活不长了。关天雄来参加酒会，看到所谓的德国采矿专家竟然是罗启明，他惊呆了。罗启明假装与关天雄素不相识，一口咬定自己是沈绍元。为试探罗启明的武功，关天雄突然动手，罗启明不敢闪避，被打休克。美惠为罗启明做人工呼吸，将他救醒。浅野命令关天雄向罗启明道歉，狡猾的相原健二却对罗启明的身份产生了深深的疑虑。这时关天雄的徒弟孙达子跑来报告，说矿工和矿警发生械斗，关天雄和美惠急忙离开会场，罗启明追随美惠而去。到了矿区，美惠立刻对伤者展开救护，罗启明看到关天雄将周雅青搂在怀里，很不是滋味。罗启明了解到械斗的原因，给周雅青出了个主意，巧妙地化解了这场危机。周雅青认定眼前这个人就是她等了十年的恋人罗启明，无奈罗启明百般抵赖，关天雄也在旁边作证，周雅青深感茫然。她向关天雄表示，如果罗启明回来了，他们的婚约就必须解除。关天雄决定先查清罗启明的身份，再作进一步打算。
罗启明知道新矿区发生过爆炸事故，幸存者都在煤矿医院接受治疗，为了调查，罗启明跟随美惠来到医院。美惠告诉他，在事故中受伤的中国劳工已经转移走了，只有日本士兵留在医院顶楼的隔离区。趁美惠手术的间隙，罗启明窥探隔离区，发现戒备森严，只好折返。军统特工梦瑶扮作黑旋风进入美惠的办公室，将新矿区事故患者的病历及病情研究资料拍摄下来，正要离开时被美惠发现。两个人交起了手，罗启明见巡逻的日本兵赶来，故意让梦瑶抓自己作人质，梦瑶挟持罗启明离开医院。美惠一路追踪，梦瑶丢下罗启明独自逃走。浅野听从相原健二的建议，安排罗启明住进周府，让周承业暗中监视。他们认为感情是无法造假的，如果沈绍元真的是罗启明，那么他和周雅青生活在一起，就迟早要露出狐狸尾巴。另一边，关天雄安排莲姨和罗启明在街头相遇，莲姨认定这就是自己的儿子。罗启明狠下心用言语刺激、羞辱母亲，纠缠之际，监视罗启明的日本兵冲出来殴打莲姨。罗启明忍无可忍，正要动手，美惠突然赶到，制止了日本兵的暴行。美惠认为罗启明胆小懦弱，对他的态度急转直下。看着美惠搀扶母亲远去，罗启明的眼泪几乎要流了出来。刚刚回到家乡就遇到这么多麻烦，他意识到今后的路必然充满艰险，每走一步都要格外小心。
背负着巨大压力的罗启明来到茱萸寺，向师父法隐倾诉自己的苦恼。法隐将他带到密室，传授衣钵，罗启明这才知道师父就是当年那位黑衣蒙面，行侠仗义的“黑旋风”。法隐告诉他“黑旋风”不是一个人，而是一种精神，中华民族的正义精神，他要做的就是把这种精神传承下去，给黑暗中的百姓带去一缕光明。有了“黑旋风”身份的掩护，罗启明便有了施展武功的机会，他潜入美惠办公室寻找新矿区患者的病情资料，却发现曾经装得满满的柜子空空荡荡。原来浅野听说“黑旋风”进入了美惠办公室，立刻联系美惠的父亲安藤正吉，要求美惠把资料送到司令部保管。罗启明没找到资料，反而被美惠赌在办公室，两个人大打出手。另一边，梦瑶也再次假冒“黑旋风”闯入隔离区，被埋伏的日军开枪打伤。医院大乱，罗启明摆脱美惠的纠缠，跳窗而逃。浅野大发雷霆，命令相原健二逮捕工人中威望最高的李国柱、老崔、铁勇三人，屈打成招，以通共罪处决，震慑反日分子。李国柱正是煤矿党支部的书记，他识破了日本人的险恶用心，坚决不承认自己的身份及所从事的活动，相原健二一筹莫展。周雅青借酒闹事，指责罗启明不肯相认，辜负了她十年的等待。罗启明为摆脱困境，故意调戏周雅青，与周承业发生冲突，故意撞破脑袋，再次来到医院。美惠在给他缠绷带的时候，突然感觉这双眼睛有一点熟悉，她想起了“黑旋风”。护士林娜找美惠抢救隔离病房的患者宇多田，罗启明趁机跟了过去，悄悄拉开病房的窗栓，为自己的潜入做好准备。
罗启明化身“黑旋风”，成功潜入宇多田的病房，将他劫持出去。美惠紧追不舍，被罗启明用“一指禅”击退。罗启明把宇多田带到茱萸寺，请法隐代为看管和照顾。他打算把宇多田作为活标本交给何主任，通过对宇多田病情的研究破解新矿区的秘密。法隐看出宇多田的病情不容乐观，担心他死亡后失去研究的价值，让罗启明尽快想办法送他出城。罗启明问助手小顺子是否有办法，小顺子却说只有依靠李国住的力量，才能把一个大活人弄到城外，但是李国柱已经被关进了警务处的监狱。相原健二发现宇多田病房的窗户完好无损，断定“黑旋风”事先从里面拉开了窗栓，于是进入过这间病房的罗启明成了他的怀疑对象。罗启明遭到浅野的盘问，只好说是美惠要求他进去帮忙。浅野半信半疑，要看看他的腿是否有枪伤，罗启明愤怒地表示这是对自己人格的污辱，要投诉他们。在浅野的坚持下，罗启明脱下裤子，证明了自己的清白。罗启明和美惠相约到夜总会跳舞，其实二人各怀鬼胎，美惠对罗启明的身份产生疑问，罗启明则请求美惠把新区患者的病情资料交给他，由他联系德国的医生朋友，帮助美惠找到治疗方法。美惠拒绝了罗启明的“好意”，并对他的武功加以试探。然而在接触之中，他们却发现了对方心中的善良与美好，反而增加了彼此的好感。美惠告诉罗启明，她之所以痛恨“黑旋风”，是因为“黑旋风”打断了她父亲的双腿，并且还杀了她的母亲。罗启明深感震惊，他觉得这里面肯定存在误会。
为试探罗启明，周雅青向关天雄提出办一个订婚仪式。罗启明听说后却显得无动于衷，令周雅青大失所望。老徐送梦瑶拍摄到的资料出城时，与关天雄相遇，关天雄认出他就是曾经暗杀过自己的那个人。老徐为脱身劫持了周雅青，关天雄、丁虎率人追到山上，在山上勘察地形的运河支队短枪队队长谢玉辉救走老徐。法隐通知罗启明宇多田的病情正在恶化，恐怕坚持不了几天了。罗启明为尽快救出李国柱，决定铤而走险，刺杀浅野。相原健二向美惠询问宇多田的病情后，有了主意。在相原健二的授意下，美惠向罗启明透露维持宇多田病情的药物叫作“呋喃笨胺酸”，相原健二为防止“黑旋风”抢药，已经把医院药房的“呋喃笨胺酸”全部收缴，只有她家里还藏有少许，那是给周兴中准备的，因为“呋喃笨胺酸”也有治疗高血压的效用。罗启明识破了美惠的诡计，没有轻举妄动。罗启明来到夜总会，借与梦瑶喝酒的机会，向她询问厨房的位置，因为从厨房的通风道可以进入樱花会馆，那是浅野每个周末必去的地方。令罗启明意外的是，他闻到梦瑶身上散发出来的香味与那天挟持他的“黑旋风”一模一样，从而确定梦瑶就是军统派来的特工。美惠应鲇川早介之邀来到夜总会，恰好看见罗启明与梦瑶亲昵谈笑，她非常生气，跑回家里对着“黑旋风”的木像拳打脚踢，以发泄情绪。
罗启明从周雅青口中探知周府确实有一些“呋喃笨胺酸”，由管家福伯掌管，每周都要给周兴中打两针。罗启明于是潜入福伯住处，盗出几支针剂交给法隐，用以维持宇多田的生命。周末晚上，罗启明潜入樱花会馆，将正在寻欢作乐的浅野刺杀。相原健二通过对现场的勘察，判断出“黑旋风”是从隔壁夜总会的通风道爬进来的，他一面让特务科长石田光夫搜集浅野遇刺前光顾夜总会的客人名单，一面命令封锁消息，谎称浅野重伤，送往医院抢救。罗启明果然中计，再次潜入医院行刺，被日军包围。幸亏梦瑶装扮的另一个“黑旋风”出现，将罗启明救走，奔逃之际，却又被一名忍者拦住。忍者正是美惠，她用稀奇古怪的忍术力战两个“黑旋风”，罗启明的肩膀被刺了一刀，但他和梦瑶最终还是逃脱了。相原健二一面召开会议，稳定人心，一面向松本将军请求接替浅野，出任莲花镇驻军司令。罗启明趁机要求他释放李国柱，以缓解与工人的矛盾，保证新系统研发工作的顺利进行。关天雄却为了向日本人索取武器，提出武力解决争端。两个人争吵起来，罗启明借此机会戳穿相原健二对李国柱等人的陷害，引得群情激愤。迫于压力，相原健二收回处决的命令。
相原健二拿到夜总会的客人名单，“沈绍元”的名字赫然在列，他眼睛一亮。但是浅野不在了，他不敢冒然采取行动，因为“德国专家”这个身份过于特殊，万一弄错了，他担不起责任。恰好关天雄对罗启明破坏了自己的计划耿耿于怀，向相原健二抱怨。相原健二于是顺水推舟，让他调查罗启明。关天雄买了一套气派的四合院，准备婚后把莲姨接过来一起住。正巧罗启明在对面租了一间房子，关天雄以为他要搬出周府，罗启明却说这是给朋友租的。关天雄觉得奇怪，便让孙达子留下监视，不料住进来的竟是梦瑶。原来罗启明在全力营救李国柱的同时，也为夺取梦瑶手中的胶卷做着努力，得知梦瑶打算搬出夜总会后，便给她租下这间房子。梦瑶将计就计，把一只空白胶卷藏在花瓶里，真正的胶卷却交给了老徐。罗启明在街上遇到出诊的美惠，两人交谈之际，看到小石榴被一名日本兵追赶。美惠拦住小石榴，问明情况，原来是小石榴为病重的妈妈偷了日本兵的饭盒。美惠告诉小石榴即使这样也不能偷别人的东西，随后她和罗启明来到小石榴家，让罗启明背石榴妈去医院。美惠出诊回来，向罗启明表达谢意，并邀请他到家里作客。美惠给罗启明讲述自己苦难的童年，让他看自己肩头的伤疤，然后要求看看罗启明的肩头。罗启明立刻明白了她的用意，他肩膀刚刚被忍者刺伤，是绝对不能暴露的。情急之下，他吻住了美惠。
罗启明的吻令美惠失去了继续试探的勇气，她告诉罗启明，如果他敢欺骗她的感情，她会亲手杀了他。罗启明已经骑虎难下，只能信誓旦旦地表示自己是认真的。两人约定去爬山，不料罗启明刚回到周府，就被等候在那的关天雄逮捕了。关天雄找来樱花会馆的日本艺伎松子小姐，让她辨认凶手，松子的手指向了罗启明。罗启明坚决不肯招认，换来的是疯狂的拷打。美惠没有等到罗启明，为他的失约伤心不已，就在这时，周雅青找上门来，告诉她罗启明被捕了，夜总会打手乔三及松子的证词对他十分不利，恐怕凶多吉少。美惠立刻找乔三逼问真相，乔三被她制服，只好说证词都是关天雄交代的。随后美惠穿上忍者的服装来到樱花会馆，让松子辨认自己，松子说不上来。美惠摘下面罩，质问松子为什么能认出凶手，却认不出自己？松子无言以对，告诉美惠都是关天雄的安排。美惠闯进矿警队监狱，发现罗启明被石榴妈传染了伤寒，便要带他去医院。关天雄拦住他们，美惠说乔三和松子已如实交代，关天雄陷害德国专家，必将受到严厉的处罚。关天雄不为所动，美惠只好去找相原健二。关天雄已经没有退路，他必须在美惠告发他之前拿到罗启明认罪的口供，于是命令手下给罗启明上老虎凳。罗启明奋力挣扎，关天雄忽然看见他胸前挂着一枚顶针，那是莲姨用了一辈子的顶针。
关天雄命令手下退出去，摘下罗启明胸前的顶针。罗启明无话可说，只得与关天雄相认。相原健二接到军部的任命书，令他意外的是新任指挥官并不是他，而是原第九师团参谋长、美惠的父亲安藤正吉。松本将军在电话中告诉相原健二，“黑旋风”已经引起军部的重视，如果相原健二抓获“黑旋风”，自己就能帮他挤走安藤正吉。这时美惠闯了进来，指责相原健二纵容关天雄陷害罗启明，并威胁要将此事告诉父亲。相原健二得知关天雄所说的证据都是假的，只好下令放人。罗启明告诉关天雄自己是回来搞抗日的，借用沈绍元的身份有利于开展工作。但是因为法隐不愿被人知道他的过去，罗启明没有告诉关天雄自己继承了师父的衣钵，成了“黑旋风”。关天雄表示自己从没拿日本人当回事，只要罗启明不打周雅青的主意，他就不会揭发他。安藤正吉率领三和及八名忍者来到峒城，美惠去车站迎接父亲，之后匆匆赶回医院照顾罗启明，并开玩笑说父亲为他们的婚事来了徐州。罗启明信以为真，觉得事情闹大了。通过这段时间的交往，他对美惠有了深入的了解，不愿伤害这个单纯善良的姑娘。安藤正吉到新矿区视察工作，邀请鲇川早介共进晚餐，告诉他今天由美惠亲自下厨，鲇川早介非常高兴。
