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John在被困的房屋里找不到出路，在第96天即将崩溃时，门打开了，他跑到了Jaha(以赛亚?华盛顿 饰)所在的那个人工智能所在的屋子便昏迷了。林肯和Bellamy准备去7区侦查。Abby认为Clarke(伊莉萨?泰勒 饰)或许就在第7区，Monty和Jsper也跟着Raven一行人前往7区。在路程中，他们发现了方舟的下落在8区。在去往8区的路上，遇到了冰之国的人，为了拿回信标他们杀死了冰之国的侦察兵。之后前往了4区，从中打听到了Clarke的消息，于是一同去寻找Clarke。而Clarke此时正在躲避山地人的追踪。Jaha试图说服John帮助人工智能完成其100年前就在做的事，就在这时，Emori坐着船过来了，原来，Emori早就投奔了人工智能。去找Clarke的Bellamy一行人在加紧赶路，而Clarke被山地人抓住。
Bellamy一行人来到4区，一下车就被人抓住了。而出乎意料的是带头的竟然是认识的，就是从方舟上下来的成人们，其中就有Monty的母亲。他们告知了方舟的人他们需要找到Clarke。而在Clarke这边，她和冰之国的人做了生死搏斗，但却没能逃出。这时Nyko受到冰之国的攻击，负伤回到方舟基地，而Nyko是RH阴性血，其他人的血不能为其供血。这时Bellamy一行人跟到了Clarke和抓她的冰之国赏金猎人，但周围都是冰之国的人，他们无法冒失前行。和Jaha去往光之城的一行人里，Emori趁Jaha不备偷走了科技背包，和John跑走了。Bellamy一行人在冰之国边界，得知了方舟另一些人在雪地降落，但很多遭到了冰之国的人的杀害。这时，Jaha找到John，抢回了背包。Bellamy继续跟踪赏金猎人，想救回她，但却不幸负伤。
部落人的司令和部落首领们开会讨论，冰之国的人不臣服便被踢下了高塔。而天空人基地的一行人前去解救Clarke，而Bellamy一行人进到了基地。而在Clarke这边，冰之国赏金猎人和她谈条件，一起想要杀死司令。这时，天空人得知峰会是个陷阱，但还是只能前往。Marcus和Abby来到峰会，看到这里不再是一片荒芜的地表。司令Heda被Clarke叫过来，她用刀想杀死Heda，但却没有能够下手。到了晚上，Abby终于见到了Clarke，Clarke告诉峰会中Heda想要让天空人成为第十三个部落，就能加入联盟，Marcus和Abby同意了。Clarke将要臣服于Heda。就在晚上峰会进行时，Bellamy一行人闯到了峰会，说峰会是陷阱，但发现这可能是Echo的阴谋。冰之国的人来到伟瑟山，启动了自毁程序，而Raven还在里面，Gina也死掉了，就这样，伟瑟山里的天空人全被炸死了，除了Raven和Sinclair。Clarke留下，其他人回到方舟领地准备发起反攻。
天空人的同胞在伟瑟山被袭击，失去了大半同胞，此时Abby一行人正在商量回击的事。Heda要和冰之国女王进行决战，Heda亲自出站，而冰之国女王让他的王子出战。司令部派来一支所谓的维和部队到方舟领地外，Abby解释无用。方舟的人十分不满，发生了内部矛盾。第二天，在角斗场，Heda和冰之国王子决斗，而冰之国女王被杀死，其子成为国王。夜晚，方舟的Bellamy和Pike一行想要袭击外面的维和部队，被Lincoln阻止，许多天空人站到了Pike这一边。Pike通过选举成为新一任法官，带领方舟的人去袭击维和部队。
Bellamy一行人回到方舟领地，没有人受伤，而在方舟外的地表人全部被消灭，Abby感到十分不可思议。Heda和Clarke赶到维和部队所在地，受伤的地表人告诉他们是Pike袭击了他们，于是通过无线电联系到了Marcus去方舟外取得联系。Jaha(以赛亚?华盛顿 饰)来到了方舟领地，也带来了科技背包。但法官Pike并不相信Jaha所说的光之城。Clarke来到方舟里，见到Bellamy，Bellamy将Clarke拷在了方舟里。Clarke和Octavia(玛丽?艾格洛浦路斯 饰)逃脱出去，计划下一步行动。Clarke找到Heda，说服了她不要攻击。而Raven吞下了晶体，见到了阿莉。
Clark和Heda在司令部，Heda从梦中惊醒，血债血偿是司令部的处世之道，而Heda害怕人们觉得她背叛。这时，阿兹哥达国王送来礼物给Clark，他们打开箱子，是Emerson，Emerson暴怒攻击Clark，被警卫带走。Octavia一行人被Pike派在基地外秘密探查，发现一个地表人孩子，马上追上去，Octavia救了这个孩子，告诉Marcus并不知道Pike的计划。Abby在检查Raven在吞下Jaha的光之城钥匙后有无异常，另一边Jaha正在给更多的人服下光之城钥匙。而Pike正准备扩张领土，他想杀死更多的地表人来取得土地。Reven在加入光之城之后，要帮人工智能找到她的第二个版本。方舟领的的人准备去4区掠夺土地了。Octavia比军队先来到地表人村庄，告知了他们方舟人的到来，让他们放弃土地，她想要阻止战争。而在司令部里，Clark依然反对攻打方舟基地，于是她和Heda与其他地表人们陷入了僵局。Abby没收了Jaha的所有钥匙，要做一些实验来证明这个没有副作用。而在4区的地表人正在布置陷阱埋伏Pike一行军队，他们射出了毒烟雾，击退了天空人。在司令部里，Heda要Clark杀死Emerson，而Clark放弃了，而这也映视了血债不必血偿的理念，希望用此理念告诉所有地表人要和平。Pike正在寻找方舟营地里的叛徒。而Jaha和Reven继续寻找人工智能的第二程序。
在司令部里，正在审讯John，他们问光之城钥匙是怎么来的，John只能说是Jaha给他的。原来在100年前，阿莉逃脱出控制进入网络制造了地球上得核战争，她认为地球上的人太多了。部落人带着Octavia来到司令部里请求真正的正义，因为天空人攻击了他们。联盟决定，将方舟人们困住，并让方舟人废除Pike，但大多数的部落人还是觉得要复仇。John在司令部里发现了第十三个空间站。在多年前，方舟上的博士在研究阿莉二代，就是位子弥补阿莉一代所犯下的错误，在他们要加入方舟是，博士将舱体发送到了地球。司令部即将执行封锁方舟的命令。John想要逃脱单倍制服，他答应展示空间站的故事。在司令部，Clark准备回去方舟了，在出发前，Heda被Titus拿枪枪误伤，失血过多而死。而在多年以前降下的博士正是降到了司令部，而在Heda颈后埋藏了，就是当时的人工智能。
方舟的人发现了地表人的意图，他们被困在了封锁圈。天空人接到了地表人信使，他们要天空人交出Pike，而Bellamy杀死了信使，这代表了他们要反抗地表人的制裁。而Pike下令监控方舟里的人，因为他认为自己的决定有泄露。Marcus得知这个消息，变得更小心谨慎。他找到Pike谈话，想让他自首，但Pike坚定的拒绝了并表示要向地表人开战。Bellamy抓住了Sinclair，他想帮助Marcus破坏Pike的袭击行动。Pike将Sinclair关起来，并没有处死。这个时候Reven利用Jasber找到了第二代阿莉的程序密码。Marcus找到Bellamy希望他加入，但Bellamy并没有这样的意图。Reven发现她在吞下光之城钥匙后似乎忘记了之前的一些事，原来这会让人忘记自己爱的人和事。这个时候，方舟监狱的人越狱了，Marcus开始了他的行动，他讲Pike制服并想要运出营地。在门口被Bellamy拦下了。Pike判处Marcus叛国罪等罪行，执行死刑。
司令部里，即将开始下一届司令的选举。而Clark和John要逃走，而Clark想要Trikru的学生赢得选举，这样才能保证天空人不受攻击。Kane和所有地表人关在监狱中，Pike来到门口告诉他们黎明执行死刑。Bellamy和Monty想要救下他们。而在选举中，冰之国的Ontari赢得了胜利，它将成为下一任司令。而Bellamy出营地见Octavia被其击晕，Octavia要去解救Kane和Lincoln一行人。就在Pike要处决Kane几个时，发现他们的路线被暴露，只好延缓行刑时间。Clark想要偷走司令的火种，被发现了。这时Ontari来了，Titus让Clark先藏起来。她来准备成为下一任Heda。Titus支走Ontari，听Clark说知道Luna，而Luna就是上一届选举逃跑的人，而Titus让她带着火种走，她成为了辅佐官。在方舟基地，Octavia营救了Kane一行人，而Lincoln被迫回去。Ontari得知了火种丢失，而Titus则被冰之国的人杀了，John则留在了司令部，Ontari没有火种但还是上任了。Lincoln回到方舟领地，他要被执行死刑，Octavia远远的看着Lincoln的死，却无能为力。
Kane等一行人回到之前藏身的山洞里，Bellamy问Lincoln去哪了，Octavia告诉他Pike把Lincoln打死了，她对Bellamy拳脚相向，打得Bellamy一脸血。在司令部里，Ontari的上任受到威胁。原因就是火种并不在她的身上。Reven在努力的想摆脱阿莉在她的脑海中，Abby和Jasber进入房间找到她，Reven让他们赶走脑海中的东西。而Monty要马上离开方舟营地，因为Pike知道了他帮助了Kane逃离。而躲藏起来的Kane一行人接到了Monty的求救，而Kane去接应他，同时Kane把Bellamy已经当做敌人。Reven还在努力的想要把阿莉和她的链接阻断，阿莉将她的记忆还给了她，Reven近乎崩溃，她向阿莉顺服了，被人工智能所控制，其他人用麻醉剂昏迷了Abby。而Kane去接应Monty时，Pike果然跟踪了Monty，将他们都抓住了。Bellamy带Pike去寻找剩下的藏在山洞里的人。阿莉用Reven的身体和Abby对话着，想要让她也吞下光之城钥匙。阿莉用Reven的性命做要挟，让她吞下了钥匙。在司令部里，John暂时担任了Ontari的辅佐官，帮她平息了部落里的小骚动。Bellamy带着Pike和Kane一行人来到封锁线，让地表人带走了Pike，而Kane和部落的人一起去了司令部。Jasber挣脱了束缚，跑出去一看，Abby也吃下了芯片，她找到Reven的身体，将她带走了冲出营地，身后吃了钥匙的人紧追不舍，在门口Jsber正好遇到了刚回来找Linclon的Clark，来不及解释就将她带上一起逃了。
